一之濑花名因为在高中入学考试前一天患上腮腺炎无法参加考试，而比其他人晚了一年上高中（称作“复读生”）。曾因为这件事实大受打击而不愿出门或是接触其他高中生，隔年顺利参加考试并进入高中，不过这件事花名没有告诉同学。虽然别人可能会认为不算什么大事，但对她来说是个重要的问题，所以想要追赶上其他人。因缘际会之下，花名遇见了三位同学，借由互相交流与理解的方式，逐渐恢复原本正常学生的生活，慢慢向前迈进的故事。

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初中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个“旁观者”的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。他唯一的朋友，是在梦中空想的时空神宙斯，连带着其小使魔姆鲁姆鲁。在日益的交流下，宙斯对于雪辉的价值观感到相当有趣，决定正式推行某个计划。

一天，天野雪辉发现手机的日记出现了不应出现的内容，这日记竟然记录了未来发生在雪辉身边的事，包括考试内容和遇到的危险等，拥有绝对预知的能力令雪辉感到大为欢乐。然而，雪辉亦发现自己被一位神秘的同班同学──我妻由乃纠缠着，而对方亦知道宙斯的存在，甚至也有一部未来日记，记载的是预知雪辉所有动向的“雪辉日记”。之后，宙斯将拥有未来日记的十二个人召唤到“因果律大礼堂”说明自己的计划，原来是因为掌管时空的宙斯寿命即将到达尽头，因此要利用“未来日记”来选出一位继承自己的人。游戏规则为：未来日记持有者要循着自己手上能预知未来的日记，找出其他的持有者，并展开你死我活的生存游戏，而最后生存的人将会成为宙斯的继承者，掌握支配时空的“神之座”。由于雪辉的日记有强大的无差别特性，他旋即被众人视之为头号歼灭目标。真正站在他这一边的，就只有疯狂追随的我妻由乃。

被宙斯编号为1st的天野雪辉和2nd的我妻由乃，就此一同邂逅其他持有者，亦在机缘下牵连了身边的同学和一位刑警等等。于充满背叛和苦衷的言辞中，雪辉多次在战斗中倒下，只能倚赖由乃的高度战斗力，然而我妻由乃不时显现出过分病态的一面，令雪辉不时怀疑我妻由乃的可靠性。随着游戏发展，雪辉惊觉这个一直在身边“扶持”的女孩，可能隐瞒了许多惊天动地的真相。这除了动摇雪辉的信任外，亦使他不得不直接面对世界崩坏的大事……

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“深渊”。

不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，

沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。

“深渊”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。

如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。

住在建造于深渊边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，

梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开深渊的谜团。

这样的某一天，莉可在探索深渊的途中，捡到了有着少年样貌的机器人……？

深渊的分层

深界一层 “阿比斯之渊”（アビスの渊）：0 - 1350米。

深界二层 “诱惑之森”（诱いの森）：1350 - 2600米，底部为监视基地所在的“逆之森”

深界三层 “大断层”（大断层）：2600 - 7000米。

深界四层“巨人之杯”（巨人の杯）： 7000 - 12000 米。

深界五层“亡骸之海”（なきがらの海）：12000 - 13000 米，高度最低、宽度最大的区段，大型地底湖沉积著大量生物残骸。

深界六层“来无回之都”（还らずの都）：13000 - 15500 米。生骸村所在地，“歼灭之莱莎”曾在此发现真身不明、疑似雷古同族的人形生物。

深界七层“最终极之涡”（最果ての涡）：15500 - ????? 米。

深界极点“奈落之底”（奈落の底）：20000 米以下。

深渊的诅咒

自深渊向上返回超过10米高时，探窟家会遭遇因深渊“力场”而对人体（集中在大脑、心脏、脊髓等维持生命的关键部位）造成的作用现象，下潜越深，上升负荷越大，可借由游走力场较弱处或是弹药包来回避。通常来说，离纵穴越远力场越弱。

自深界一层返回 - 轻微的晕眩与呕吐感。

自深界二层返回 - 严重呕吐感、头痛、末端神经麻痹。

自深界三层返回 - 平衡感异常、幻听、幻觉。

自深界四层返回 - 浑身剧烈疼痛、全身孔洞流血。

自深界五层返回 - 丧失所有感觉、意识混乱、自残行为。似乎无法影响人类没有的感觉。

自深界六层返回 - 丧失人性、人体机能，甚至致死。

自深界七层返回 - 绝对死亡。

探窟家的笛

探窟家的笛是通行证，也是身份的证明，一般也常以笛的颜色代指探险者的级别。

持铃生：学生，为了成为探窟家而学习。

赤笛（红色）：见习生，仅能下潜至多550米。

苍笛（蓝色）：可独当一面的探窟家，可以下潜至深界二层。一般要15岁后才能获得。

月笛（紫色）：教师级探窟家。

黑笛（黑色）：大师级探窟家，可以下潜至深界四层。

白笛（白色）：传说级探窟家。其持有的白笛皆为使用遗物“生命回响之石”加工而成，且只有本人可使用，被生骸村的人们称为“梅迪波图特”（人类结晶之乐器，需至少牺牲一名人类）。深界五层“前线基地”内进入深界六层的唯一突破口需要以白笛启动，除此之外还能让身上的所持遗物觉醒，发挥超常力量。

已知的白笛

歼灭卿“歼灭之莱莎”

不动卿“不动如山之奥森”

黎明卿“崭新之波多尔多”

神秘卿“神秘之斯拉乔”

先导卿“天选之瓦库那”