“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑。”
平安末期。眼看平家一族将在权力、武力、财力等各方面极尽荣华。拥有看见亡者之眼的男人·平重盛，遇见了拥有看见未来之眼的少女·琵琶。少女预言道：“你们不久便要灭亡。”
由贵族社会转为武家社会——日本实现历史性变化的、动荡的15年拉开了序幕。
《JoJo的奇妙冒险》描述英国贵族乔斯达家族与邪恶的吸血鬼迪奥·布兰度(DIO)及其后继者之间长达一世纪以上的壮大对决。目前连载至第八部，每一部的主角、主题和故事舞台都不同。每一部的主角都是以“乔乔”(JoJo)作为昵称，而第五部主角虽有日本人血统，但身在意大利，现代标准意大利语中并没有“J”，因此采用“GioGio”。
第一部《幻影血脉》
收录于单行本第1卷至第5卷。舞台是1888年的英国。乔纳森·乔斯达是以绅士为目标的青年贵族。下层阶级出身的迪奥·布兰度(DIO)企图夺取其家产，他谋害乔纳森的父亲，并戴上具有特殊力量的石鬼面，变成吸血鬼。乔纳森为了打倒他，向神秘的绅士齐贝林学习波纹气功。乔纳森最终击败迪奥，与迪奥一起沉入大西洋。
第二部《战斗潮流》
收录于单行本第5卷至第12卷。舞台是1938年的美国。乔纳森的孙子乔瑟夫·乔斯达，天生具有波纹能力。1938年，他卷入了与古代超级生物“柱之男”的战斗，结识了齐贝林的孙子西撒，并接受波纹高手莉莎莉莎的训练。在击倒了柱之男后，乔瑟夫得知了自己的身世并结婚成家。
第三部《星尘远征军》
又称“星尘斗士”， 收录于单行本第13卷至第28卷。舞台是1987年。乔纳森与DIO死斗后一百年，DIO从大西洋中苏醒。同时，乔瑟夫的外孙空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力，DIO的复活令承太郎的母亲陷入病危，为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与他的伙伴们展开为期五十天的旅程，从日本出发，前往埃及并打倒DIO。
第四部《不灭钻石》
收录于单行本第29卷至第47卷。舞台是1999年的日本夏天。乔瑟夫的私生子东方仗助居住在日本小镇“杜王町”，这里有许多看似平凡的居民，但他们其实拥有替身能力，仗助接连地与这些不可思议的人相遇，其中包括了一名潜藏在小镇里的连续杀人狂——吉良吉影。为了守护杜王町，仗助展开和吉良吉影的战斗，最终杜王町重归和平。
第五部《黄金之风》
收录于单行本第47卷至第63卷。舞台是2001年的意大利。围绕在DIO的儿子——乔鲁诺·乔巴拿的故事。乔鲁诺·乔巴拿因误杀一个流氓，而遭到黑手党的追查，他却企图加入这个流氓组织，成为一位“流氓巨星”(Gang Star)。他加入了黑手党后，与伙伴们一边执行任务，一边企图找出黑手党的幕后老大——迪亚波罗并打败他，乔鲁诺在最后成为黑手党新任首领，并扫荡意大利的毒品交易。
第六部《石之海》
收录于单行本第64卷至第80卷。舞台是2011年的美国，空条承太郎的女儿——空条徐伦与男友车祸肇事逃逸，但只有她被捕入狱，承太郎在营救徐伦逃狱时，遭到敌人的攻击，徐伦为了拯救父亲，用替身能力与她的敌人不断地战斗，同时渐渐发现到自己的入狱是遭到DIO的好友——普奇神父的精心设计。故事最后，普奇神父运用他的替身能力加速世界改变了整个宇宙，让乔斯达家与DIO的斗争告一段落。
第七部《飙马野郎》
收录于单行本第81卷至第104卷。舞台是1890年美国，横跨北美大陆的超长程赛马“STEEL·BALL·RUN”即将展开，为了夺得冠军，操作铁球的神秘骑手杰洛·齐贝林参加了比赛，而曾是天才骑手、却因为事故而瘫痪的乔尼·乔斯达，为了从杰洛身上得到能使他瘫痪的下半身行动的秘密，一起参加了比赛。在过程中，他们渐渐发现隐藏于这场比赛真正的意图——美国总统法尼·瓦伦泰打算利用此赛事来收集圣人遗体并使美国强大，而乔尼为了回归下半身健全的生活，开始和各路参赛选手争夺圣人遗体。
第八部《JoJolion》(连载中)
目前已收录于单行本第105卷至第126卷。舞台是2011年，住在日本杜王町的平凡少女广濑康穗在一处泥巴坑中发现一名拥有替身能力的失去记忆的男子，事后该男子被东方家收养并命名为“东方定助”，为了找回失去的记忆，东方定助开始了他的旅程。
独自居住在东京旧市镇的17岁少年·桐山零。被周遭歌颂为天才将棋棋士的零，他幼时因意外事故失去了家人。所以生活上、还是棋盘上都背负着深沉的孤独。在这样的他面前却出现了明里、日向、桃三姊妹。与她们的相处后，在零的内心产生出温暖的心情……各种各样的人究竟会擦出怎么样温馨的故事呢!?
十七岁的桐山零(河西健吾 配音)是一名将棋棋士，悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人，这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活，长此以往，零已经习惯了压抑自己的感情，在心房周围筑起了无法撼动的高墙。
某日，零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴，擅长照顾他人的大姐川本明里(茅野爱衣 配音)、个性开朗乐观，非常不擅长料理家事的二姐川本日向(花泽香菜 配音)和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃(久野美咲 配音)。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖，找回了久违的快乐。与此同时，二海堂晴信(冈本信彦 配音)、三角龙雪(杉田智和 配音)和松本一砂(本村昂 配音)等强劲对手的出现，亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。