设定

故事开始的250年前，世界各地的某些地方喷出火焰，导致陆地四分五裂，也使得许多国家消失、大量生物灭绝，文化发展有些许倒退。部分国家的遗民进入仍然完好的东京皇国生活。受到移民影响，多数人开始将姓和名倒过来称呼，而原国主义者则排斥这种变化并尽可能维持原有传统，因此双方多有冲突。而250年的灾难更被后世称为“大灾害”。

在政教合一、信仰“圣阳教”的东京皇国，部分人类受到原因不明的人体自燃影响而变成“焰人”，第一世代的焰人受其所苦。人类发展到第二世代后，具有操纵火焰的能力，但不能从无生有地释放火焰。第三世代则具释放火焰并操控之的能力；不过无法控制不是由自己释放的火焰，且若用尽体内氧气会陷入晕眩甚至罹患“灰病”。第四世代则是有拥有安德拉爆炎这种火焰的人。为了对抗焰人造成的灾难，皇国组成了特殊消防队与焰人作战并进行镇魂，原本的消防厅、圣阳教教会、东京军队以及专门供给消防装备的巨型企业“灰岛重工”分别建立了首六队，而第七及第八队属于独立于该四个阵营以外而建立的。“安德拉”是被称为地狱的异世界，圣阳教会和灰岛重工利用创造了这颗星球的圣火“安德拉爆炎”为动力，合建火力发电厂“天照”供给更多能源，成为皇国发展的中枢。

剧情大纲

太阳历198年，可以从脚喷出火焰、因而获得外号“恶魔的足迹”的少年森罗日下部加入第八特殊消防队，他的目标是实现小时候的梦想──成为英雄，同时他找出12年前烧死母亲与弟弟的神秘火灾的原因。

第八队从第五队取得的研究资料得知，有人暗中以虫为媒介制造焰人，森罗在潜入第一队调查期间，得知始作俑者被称为“传道者”，他与其旗下身穿白衣的成员(烈火星宫)交战后，得知自己具有安德拉爆炎，也得知传道者的目的。传道者的目标是透过将人变成焰人，借此寻找具有安德拉爆炎的人，在全世界点燃火焰。传道者一事惊动皇国中央，皇王下令讨伐传道者，JOKER则透露森罗的弟弟象不但仍然在世，更成为传道者麾下白衣人组织“灰焰骑士团”的团长。

第八队在一次搜查行动后与第七队结成同盟，在拉拢新成员伏尔甘入队时，与没能达成相同目的、转而谋害伏尔甘的第三队交战，森罗在该次战斗中被象瞬间击败，该次战斗也揭示了第三队长是白衣人的同伙。后来森罗接受第七队的指导并开发出必杀技，和第八队主动向灰焰骑士团出击，双方人马捉对厮杀，森罗再度与象交战，他在对战中逐渐掌握“安德拉连结”的能力，不但得以与象抗衡，两人的记忆更因此连结，让象取回记忆，但森罗最终仍重伤落败。他被送往第六队接受医治，并在痊愈后听闻了12年前自家火灾的真相。

为了理解何谓安德拉连结，森罗到第四队进行调查，期间受到“第一柱”以安德拉连结煽动并失控，却也得知传道者的目的集结具有安德拉爆炎的八个“柱”，为了调查柱，森罗等人组成调查队前往中华半岛，在当地发现另一座天照，并得知天照的动力源是柱，而传道者的目的是凑齐八柱启动天照引发大灾害。JOKER透过调查发现初代皇王、圣阳教的创立者可能是由白衣人(约拿)假冒，借此操控民众思想。由于事涉机密，这些调查成果没有对平民公布。

第八队将调查对象转为与圣阳教共建天照的灰岛重工，期间双方为了争夺被灰岛当成实验对象第六柱(烈火当初的实验对象并对他造成心理阴影)而大打出手，白衣人加入后更演变成三方混战，在第八队和灰岛重工击退白衣人后，他们得知灰岛的目的是得到另一个柱作为天照的备用能源，虽然灰岛的社长表示牺牲第一柱是维持国家运作的必要之恶，而他也愿意协助开发不需要牺牲性命的发电机。

第二队和第八队调查白衣人的地下根据地，遭遇传导者麾下的另一支紫烟骑士团伏击，在击退对方后得知被安德拉之火烧伤的人也能触发安德拉连结。白衣人开始追杀见过安德拉的人，在第四队长遇袭身亡后，消防队、教会和军队团结起来对抗白衣人，但白衣人已入侵皇国中枢，将第八队长以莫须有罪名逮捕。第八队为了救回樱备，不惜成为叛贼前往府中大监狱，在那里遇见杀害第四队长的屠杀者并与其对战。正陷入危机时受到第七队大队长红丸的援助而逃至浅草，森罗也被冠上杀害第一队大队长班兹的罪名。

那是与我们的地球相似，存在着魔力的世界。二十世纪初，突然出现的敌人“涅洛伊(异形军)”，以压倒性的武力与瘴气的污染大举入侵。人类将唯一的希望寄托在能够驱动魔力机械装置“飞行脚”和“翱翔内裤”、具有魔力的“魔女”们身上;而从世界各国齐集的她们，被称为“强袭魔女”。

小说版“索穆斯没人要中队系列”

1939年，欧洲大陆面临异形军侵略的危机，远离欧陆战场的扶桑皇国决定派遣陆海军的魔女援助欧洲。在皇国近海异形军袭击事件“扶桑海事变”中声名大噪、一跃成为国民英雄的魔女穴拭智子，十分期待自己能被派遣至卡尔斯兰。然而，就任的目的地是欧洲最北境的索穆斯，同伴尽是表现不佳、被各自祖国如同资源回收般送到这里、实力与干劲都低人一等的魔女。集结各国问题儿童、被戏称“没人要中队”的“索穆斯义勇独立飞行中队”，究竟要如何抵挡异形军的威胁?

动画版

1944年，欧洲大陆已殆半沦陷，世界各国纷纷为此筹备反攻作战计划。集结各国素质优异的年轻魔女，联合军第501统合战斗航空团“STRIKE WITCHES”就此成立。在这之中，扶桑皇国出身的宫藤芳佳，因为稀有的强大魔力潜能而被501航空团教官坂本美绪相中。尽管最初因父亲之死而相当排斥参与战争，芳佳在领悟自己的能力可以用来拯救受战火波及的人们以后，带着父亲遗留的飞行脚，加入为人类战斗的行列……