很久之后的未来，人类生活在被岩石隔绝的地带“殖民地”(コロニー)。殖民地外面的未开发地带称为“迷宫”(ラビリンス，Labyrinth)。冒着生命危险去开拓迷宫、标示未开发地带的人，就是“标记者”(マーカー，Marker)。

13岁的瑞吉儿·加德纳醒来后发现自己被困在一栋废弃建筑物的地下室。她失去了记忆，甚至不明白自己为什么在这种地方。

在建筑物内徘徊并寻找出口时，她遇到了一个用绷带覆盖脸部并手持镰刀的杀人魔——艾札克·佛斯特。

在两人向对方作出承诺后，她开始在这栋建筑物内发现更多关于自己的事情。