《GATCHAMAN CROWDS》剧中设定每一种生命体都有独自的精神性特异能力，只要利用高科技就能够把这股能力转化为实际的能量物体‘NOTE’。把‘NOTE’原生能量提炼且制作成功的强化服装，即是科学小飞侠“G team”的战斗服。在地球上活跃的科学小飞侠，成员均来自‘评议会’派遣过来的宇宙人、具有潜在特质的地球人。他们的首要任务是保卫地球的珍贵资源和地球人的生命，以免落入企图入侵地球的外星罪犯之手。只不过他们最近接到评议会的指示，开始着手调查一种神秘的存在‘MESS’……

第1期

故事发生在虚构的日本第二首都——2015年的东京都利川市，在高科技的应用下智能手机和社交网络已经成为和人们不可分割的一部分.不过在城市中出现了麻烦与骚乱的未知存在“MESS”，而主角一行则是作为解决此事的“Gatchaman”，利用特殊的笔记本“NOTE”将灵魂的特殊能力实体化为铠甲，并利用这种力量介入事件，维护城市的和平。但同时网络社交媒体“GALAX”也已经悄然对城市有所改变，而“GALAX”的一位名人“LOAD”并不认同“Gatchaman”为城市和带来的意义。通过“GALAX”，不同职业和身份的“GALAXER”——“GALAX”的用户可以各司其职的帮助周围的人，每当“GALAXER”遇到困难时，他们能受到软件自带的人工智能“X总裁”的指导，掌握紧急事件的状况、保持冷静并尝试通过自己和周围的人解决事态。“GALAX”称其为“更新”，GALAX的创立者想通过这个方式创立理想的横向社会。

由于“LOAD”对“Crowds”能力的错误把握，导致了本季故事的最大危机。

第2期

在立川事件过去一年后，CROWDS的力量在日本首相菅山的推广下已经遍及全民，但仍然有对此感到不满的声音存在，其中最为活跃的是一个名叫“VAPE”的组织。他们使用与普通的蓝色CROWDS相对的红色CROWDS引发各种恐怖袭击，使得人们对于CROWDS的不信任感加强。

另一方面，长冈市突然降临了不明飞行物，乘坐它的是名叫杜兰莎的外星人。而居住在长冈、梦想成为英雄的普通少女·三栖立翼，则被选拔为新的GATCHAMAN。

时间为明治64年。舞台为由德川庆喜持续掌权的另一个日本。

得益于对于独特的能源“龙脉”的完美掌控，这个国家实现了江户时代与科学发展的良好结合。

然而，在华丽的都市背后，反体制派组织クチナワ蠢蠢欲动，点燃革命的火焰，企图推翻政权。

为了能够消灭他们，德川政府设立了暗组织“鵺”。

而小时候家里人被杀害的雪村咲羽则成为了“鵺”的处刑人，同时，她也在寻找着她的仇敌——蛇埜目。

作品分为：

爱与悲伤交织的山河篇(爱と悲しみの山河编)

雪仍无法停止篇(雪未だやりやまず编)

维新回天篇(维新回天编)

“鵺”（组织“鵺”的名称由来）

“鵺”(日语：ぬえ)是在《平家物语》中出现的妖怪，是“和鵺叫声相似”所以被称为鵺的不明存在。

在本作中，由于国家表面上并不存在反派体制，所以“鵺”也是非正式的组织。

有着潜藏在无尽黑暗中的不明存在的妖怪的意味。