故事描写了南春香、南夏奈和南千秋三姐妹的日常生活，以及周围人们的故事。漫画只有人物、鲜有背景，人物的水滴嘴是本作一大特色。内容亦有别于其他漫画丰富和复杂的故事情节，以平凡和轻松风趣的故事为主(空气系)，每位人物都带着一份纯真。

在日语版第二册，书带上写着“这个故事描写了南家三姐妹的日常生活。请不要有太大的期待。”，正好描述了作品的风格。而本句台词在动画版第一季和第四季中则由千秋在每集开头念出，作为固定开场白。

故事设定在24世纪。彼时人类在火星上进行地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被称为“水星”(Aqua)。在此星球上有个以过去被称为“水都”的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia)，因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱;而其中有一种驾驶贡多拉穿梭于运河之间、带领观光客游览整座城市的职业，称为领航员(Undine)。

出身于地球(故事中称为“行星Manhome”)的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，在“亚利亚公司”(Aria Company)见习;身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。

在本作品里出现的Undine(本意为水之精灵温蒂妮)指的是专为观光导览的贡多拉操控者。能从事的只有女性，是Aqua的明星职业。

领航员手上是否有戴手套为能力的指标：见习生的手为双手套(Pair)，半熟手为单手套(Single)，能独当一面的老手则无手套(Prima)。这是因为有本事的领航员不必使用过多的力量即可操控贡多拉、手也不大会起水泡，所以也就没有戴手套保护的必要了。

Pair 升级 Single 的测验是操控贡多拉到达称为“希望之丘”的地点，而此为测验内容、其位置与路程皆禁止泄漏;要升格为Prima，虽须通过贡多拉协会特定的考验，但升级并无明确标准，一般是交由各家公司或负责指导的前辈，关于测验的方法或标准完全由主考官决定。Prima 的平均升格年龄为18～20岁，成为 Prima 后便可允许为自己取个通称。

可以自由营业载客的只有无手套，单手套需有负责指导的无手套陪同。渡船(Traghetto)则允许单手套自行营业的，费用上比起Prima 较为便宜，也是由于 Prima 所操控的贡多拉较为安全之故。灯里经常使出“不收取费用，而以朋友的名义乘船”的钻漏洞招数，因为“规则上所禁止的是单手套以下的领航员所控船之营业行为，并非禁止让人一同乘船”，而周遭的人们也会默许。此招的发明者是以消磨时间为目的而想免费乘船的看火人阿晓;动画里的发明者则是小爱，只是后来阿晓也免费乘船。此外，单手套也能以助手的身份搭乘无手套所操控的贡多拉，动画中却有身为双手套的艾里须搭乘雅典娜或晃所操控之贡多拉的场面，小说里同样也有雅典娜的贡多拉让艾里须搭乘的情况。在月刊Undine第3集(18月号)里，艾里须操纵贡多拉，却在有雅典娜搭乘的情况下接受采访，想来也是用这个招数来随机应变。

领航员的制服为统一，夏天为类似水手服的衬衫(亚利亚公司的设计有很大的不同，衬衫的前襟为西服领，只有后领还保留水手服的形式)、贴身衣则为下䙓带有开口的连衣裙，再加上帽子、鞋子、和半指手套，胸口系上领结;冬季服饰方面，从长袖连衣裙的上面、肩膀的地方披着系有领结的短斗蓬(手套的设计也和夏天不同)。每家公司的服饰花样、帽子、领结、鞋子、手套、及连衣裙下䙓的开口位置不尽相同，成为各家公司的特色。另外在袖子和帽子上则带有各家公司的标识。

故事舞台是在现代的意大利都市。政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女，并给予医学治疗和职业训练的社会福利机构，但实际上是洗脑被收容的少女并将她们用义肢和药物加以改造，以使她们成为对抗恐怖份子的尖兵的组织。每位少女都搭配一位辅佐官，每位少女对其辅佐官都抱有洗脑产生的、混合了爱情及亲情的感情，从而绝对忠诚于“社会福祉公社”。这一搭配被称为“fratello”。

和社会福祉公社敌对的组织是“五共和国派”，该组织是以武装斗争方式实现北方同盟（Lega Nord）党首Umberto Bossi提出的波河河谷分离主义的恐怖组织。

用语

义体（義体）

社会福祉公社所开发的生化人，身体有八成以上被人工器官改造，因而拥有超乎一般成年人的身体能力，并可以借此自由改变外表。由于肉体大多为人造品，所以要判断义体的死亡必须是在脑死的情况下。主要弱点是眼球部位，因为会直通脑部，此外，反器材步枪等大口径的枪械也能确实对义体造成致命伤害。

在名为“制约”洗脑程序之下，对组织与辅佐官完全服从。

由于需要进行大量的改造以及进行“制约”等需求，素体多会选择有高适应性与可塑性、精神层面也较单纯的未成年人。

在接受改造后，义体会借由“制约”与临床心理学的技术，塑造出一个绝对忠于公社与辅佐官的全新人格，并灌输基本战斗能力，原本的人格与记忆则会被封锁在内心深处。

封锁的记忆可经由一定的程序解开，“制约”则需要分别由罗连托课长与制约开发者贝利瑟持有的两道密码才能解除，但贝利瑟利用开发者的身份藏了后门，让他可以自行解除制约。

新都灵核电厂事件结束后，幸存的义体在完成数件收尾的逮捕任务后就随公社研究单位撤离到船只上继续进行研究，在船上平静地度过余生。

素体（素体）

受改造者在被义体化以前的称呼。

一期生（1期生）

初期接受改造的义体。性格明显且战力强大，但是有精神面不安定、寿命短暂、维修费用高昂等缺点。

一期生受限于制约技术的发展，个体差异明显，且多数都有改造前的记忆混杂在现在的记忆中的困扰。

由于一期生的义体改造是属于实验性质，因此精神面不稳、短命等多数缺陷都是在第一具义体安洁莉卡出现状况与过世后才得以了解。

二期生（2期生）

第六卷以后登场，在新计划中改造的义体。

寿命是一期生的两倍以上，透过技术交换简化维修程序以降低成本，且由于制约技术的进步，在精神面上也有很大的改善。

与一期生不同，为了保密，二期生不只体内改造，连身高、脸型、身体比例等外貌方面也有极大的改变。

辅佐官（担当官）

义体的指挥者，也是制约技术的基桩。由于义体的精神面问题，应变能力不足，难以单独执行复杂任务，因此大多数情况下义体只会了解任务概要，执行时会由辅佐官当场指挥。

辅佐官也负担控制与监测义体的责任，义体在改造完成之后就会分配给辅佐官培养感情，每个辅佐官与义体的相处方式都不同，但是最终目的都是要避免义体在战斗中失控。

辅佐官多在意大利军警单位中招募，会刻意挑选招募对恐怖组织态度严厉的人员。

兄妹（フラテッロ）

公社内部对辅佐官与义体的组合所用的代号。

制约（条件付け）

公社用来控制义体的手段，是利用催眠、药物、电击等方式进行洗脑，使义体有着“对辅佐官与公社绝对忠诚”、“不排斥杀人”、“为完成目标可以不惜牺牲自己”的特务适性。

公社有时也因应任务内容，透过这些手段使义体拥有特定的知识与技能。

已知这些条件中最优先的是保证辅佐官的安全，在符合条件的情况下，即使是对同为义体的同伴进行反击也在许可范围内。

具有许多副作用，像是丧失味觉、记忆丧失、药瘾和缩短寿命等。

公益法人社会福祉公社（公益法人 社会福祉公社）

简称福祉公社，表面上是致力于协助安置受疾病、犯罪行为或天灾等因素导致家庭剧变的未成年人的慈善单位。

实际上是总理府基于意大利右翼势力扩张以及国内治安混乱之故，于台面下秘密设立的体制外谍报与特种作战机关。

新都灵核电厂事件后，由于五共和国派已形同瓦解，公社被改组为纯研究机构，研究部门撤离到船只上继续进行义体研究，作战部门解散，各自归建原单位或转任正规谍报单位。

五共和国派（五共和国派）

秉持着反国际化主义和意大利传统的地域主义，以激烈的恐怖活动手段来达成其北意大利独立的主张的极右翼分离组织的总称，也是社会福祉公社最主要的打击对象。

库洛奇事件（クローチェ事件）

是正在调查、审理五共和国派的检察官库洛奇一家遭到暗杀的事件。

某日，库洛奇检察官与其妻卡拉、女儿恩莉卡，与儿子吉安的未婚妻苏菲雅在出发度假的时候，遭到贾克摩?旦提设置的IED炸死。当时库洛奇家的长子吉安与次子乔瑟是卡宾枪骑兵的一员，为了令乔瑟能继续担任前线军职而一同前往军方处申诉未同行而幸免于难。

事后五共和国派（漫画中是米兰·北部联盟）宣布是他们犯下了该起案件，也是五共和国派转向为恐怖组织的开始。之后意大利政府秘密组织了“公益法人社会福祉公社”作为超越法规的谍报作战机关来因应恐怖攻击，并将吉安与乔瑟挖角过来作为其中的成员。

新都灵核电厂事件（新トリノ原発テロ事件）

贾克摩·旦提统合了五共和国派的余党，占领了新都灵核电厂后，要求社会福祉公社出面与之正面对决。意大利政府内部的反社会福祉公社派认为这是将两者一起消灭掉的好机会，于是促使社会福祉公社出动，在诸多义体与辅佐官阵亡后成功镇压了该次恐怖攻击；反公社派还趁机派出军队试图侵占社会福祉公社总部，但最后失败。

事后社会福祉公社解散，五共和国派也已名存实亡。