九名高中生前往马库帕星进行“行星露营”，但登陆后不久即被神秘球体吞噬并传送到外层空间，他们找到废弃的航天器，并发现众人身在离家5012光年的位置。尽管资源有限，但他们依旧找到了可尝试的路径，打算沿路补给资源并返回故乡，他们将航天器命名为“阿斯特拉”，由卡纳特担任队长，就此踏上旅途。

在五个多月的旅程中，他们历经五个风貌各异的行星，多次面临生死关头，并得知众人的遭遇并非意外，而是牵涉一桩与自己身世有关的阴谋，同时也发现众人之中有名刺客。根据推论，因为他们都是自己父亲或母亲出于想要常保年轻而制造的克隆人，但由于近日通过的反克隆人法案，他们的父母企图联手暗杀他们，因此选择将他们丢到不会被发现尸体的外层空间。

当他们行经某星球时，发现该处有架废弃航天器，里面的冷冻舱沉睡着宇航員波丽娜，波丽娜在得知年代后非常诧异，在随后的交谈中，波丽娜发现这些高中生们的故乡是阿斯特拉，而且竟不知何谓地球。在对照历史后，他们得知阿斯特拉和地球在1962年以前的历史皆相同，但阿斯特拉的历史在该年因古巴导弹危机导致第三次世界大战，之后幸存者组成的世界政府；而波丽娜表示在地球上，科学家发现2057年将有小行星撞击地球，因此人类借着虫洞撤离到另一个行星。波丽娜推测，移居后的地球人成功定居在阿斯特拉，但出于某个原因伪造历史。

在其他伙伴的协助下，卡纳特根据线索推论并捉到了刺客谢鲁斯，而谢鲁斯也坦白自己的身份和伪造历史的原因。地球人移居阿斯特拉后，为抢多资源而开战，虫洞被视为武器来使用，导致世界人口减半，最终形成的单一政府决议销毁虫洞并改写历史和历法，以防虫洞再次被当成武器。众人得知真相后，决议公之于众，在即将返回阿斯特拉时，他们先将消息传回，里面包括了他们行经每个星球的冒险。

之后，一批太空舰队迎接他们返回阿斯特拉，并告知他们那些非法进行克隆人和暗杀未遂的“父母”已被逮捕。这群人在回乡后一举成名，之后卡纳特和谢鲁斯说服政府公开真实的历史，而航天器“阿斯特拉”号则被放进博物馆收藏。七年后，众人各有各的成就，而卡纳特则买下了阿斯特拉号，和伙伴再度探索未知的太空。

每集列表

和山田进行LV.999的恋爱漫画，恋爱对象是最终boss级!?攻略男子高中生玩家!

女大学生木之下茜因男友出轨网络游戏的女玩家而被甩，她在郁闷之际打开了这款网游，正好遇上了同个公会的“山田”。

茜向“山田”大吐苦水，却被对方回以“没有兴趣”。

没想到在这款游戏的一周年线下活动中，茜与“山田”发生了命运的相遇。

海鸥学园的奇妙传言之一。据说旧校舍第三层女厕所的第三间里的花子同学，会实现前来拜访者的愿望，非常喜欢超自然现象的萝卜腿少女八寻宁宁为了实现自己的愿望，将之托付给了学园怪谈，他们因此成为了好朋友。

用语解说

海鸥学园

故事的主要舞台，是间充斥着幽灵妖怪的学校。在校考试成绩不及格的学生，将会依照科目数增加课后补习时数。学校每年固定于特定时期举办招集学生们在夜晚编织竹编艺品、直至天明的“每月集会”，后来则演变成让高一学生在教学楼里住宿一夜，体验传统竹编艺品制作的惯例合宿学习活动。

校园七大不可思议

流传于海鸥学园的传说；所谓的七大不可思议就是指在自己支配的区域里是最强的怪异。只有灵力强大的对象、妖怪、将死之人才能看见七大不可思议的存在。

传言（噂）

由人类口述的奇异传闻，演变成妖怪的行动规则。大部分的妖怪都无法违逆传言，不按照传言行动的妖怪，会慢慢的从此岸消失不见。但是人类可透过自身行动改变传言，进而改变妖怪的命运和行为。

恶灵

生与死之间有着一段很大的间隔，能够跨越的只有抱负着强烈怨念的恶灵，所以恶灵能触碰到人类。据说拿着凶器的幽灵就是在生前曾用那凶器，把谁的生命给夺走过。

神之附体／依附物

能够给予七大不可思议的特别力量，多半是七大不可思议寄附情感的珍视物件，特征是物件上方贴著特殊的符咒。每一位七大不可思议都有属于自己的神之附体（依附物），一旦破坏掉七大不可思议就会大幅度弱化。