未来世界，人类被未知病毒“毒蛇”所杀死，人类全部毁绝。没有被“毒蛇”杀死的人被转换成了量子数据，并把所有数据资资料转移到了分散于世界各地的量子服务器，并生活在量子计算机中的虚拟世界。真实世界被名为“世界蛇”的东西所控制，世界蛇不断建造实验场破坏地球。在虚拟世界中，有一些人发现自己是生活在虚拟世界中，称为“引导者”。“引导者”的目标就是为了把所有数据化的人类重新还原到现实世界，成为引导者后，会被传送到“海神号”，成为“枪手”或“术士”并和世界蛇对抗。

主角是快活的游泳少年，他在千叶县舞滨近郊的高中上学，是个忙碌于恋爱和友情的普通高中生。但是，有一天在神秘的转学生紫雫乃的引导下，被卷入了异世界的巨大机器人的战斗中。于反复的战斗中怀抱着各种疑问并且苦恼著的京，为了保护自己与同伴而挺身投入战斗之中……

每集列表

黑之契约者

十年前，被称为地狱门的不可侵领域突然出现在东京。 真正的星空消失，取而代之的是虚假的星星。世界各地开始出现被称为“契约者”的超能力者。这些本是普通人类的能力者丧失冲动的情感，只遵循“合理性”而行动。围绕“门”的谜团，各国势力和契约者们展开了殊死的利益争夺。“门”里出现的未知事物，昭示这个世界不可避免的走向终结。在静谧绝望的黑暗中，人类、契约者和Doll之间上演着一幕幕人间故事。

漆黑之花

“东京大爆炸”后数周。离奇的连续杀人案件，持有神秘黑花的契约者，如乌云般笼罩这座城市。其中，还有仍然徘徊在这座城市的契约者——BK201的身影。

接受黑花移植的女高中生——月森梓，变成了拥有超出想像之力量的“觉醒者”，并开始了她的复仇。随着事件的深入，与潘朵拉、“组织”和黑花有关的新的黑幕渐渐浮出水面……

流星之双子

东京大爆炸的两年之后，以冬季的俄罗斯为舞台，契约者黑以及少女苏芳两人的相遇，展开全新的故事。

名词解说

“门”(ゲート)

第一季10年前，由谜之光束贯通地球形成口径10公里的未知领域。两个“门”分别是位于巴西的“天堂门”(ヘブンズ・ゲート)和位于东京的“地狱门”(ヘルズ・ゲート)。伴随着门的出现，平流层以外的空间变成不可侵入区域。除太阳以外的天体都从天空中消失，夜空被“虚假的星空”所取代。“门”导致契约者和Doll的出现，并产生多种神秘物质和物种。其内部弥漫着特殊的粒子(“门”粒子)，是各种物理现象都被扭曲的死亡区域。

“门”的流出物质和衍生技术对人类社会产生深远的影响，也被各国视为极重要的资源而垂涎。围绕“门”的利益争夺曾导致南美的大战，而日本则将地狱门的主权移交给联合国以避免遭受战祸。第一季5年前以来，天国门已被半径1500公里的隔绝领域包围，人类可以接触的仅剩地狱门。后者亦被500米高的巨大围墙保护起来禁止一般人进入。研究证实一旦把门消灭，地球上所有的契约者也会随之消失。

“门”的出现和变异都被三鹰文书在50年前所预言。第二季结尾随着复制地球的完成，地狱门也随之“打开”。到底是谁、出于何种目的创造了“门”，门内产生出来的又是什么，人们无从知晓。只是“门”的存在昭示著许多年以后某种事物的开端，同时也是世界走向终结的开始。

契约者(契約者)

随着“门”的出现，由人类突变而来的超能力者。成为契约者不需任何理由，而是随机的。典型的契约者，其精神构造为利己的合理性思维，会采用最有效的办法来达到目的，故一般显得冷酷无情。契约者还须为能力的使用而支付“代价”(自身的强制行为或变化)，这也是“契约者”之名的由来。契约者可能持有相同的能力，但代价的内容和支付方式却多种多样。能力和代价之间并无绝对的关联。

契约者和虚假星空里的星星一一对应。使用能力时有光谱反应，死亡时则化为流星坠落。通常经由天文部分析过的契约者之星都会被安排一个梅西耶编号。契约者发动能力的另一标志现象是瞳孔亮起红光，身上则释放出青色的拉塞尔诺普特放射光。

一直不支付代价的契约者会变成“延迟支付者(Moratorium)”而无法控制自己的能力，最终则彻底丧失自我成为Doll。亦有一次付清代价(如失去本体)的特例。根据奥莱优的说法，契约者是未能完全从人类变成Doll的“残次品”。

除以上特点以外，契约者和普通人类没有区别。契约者和契约者结合，生下的后代一如常人，并不见得拥有契约能力。

Doll(ドール)

契约者的同类。同样因为“门”的出现而由人类突变而来，也会随“门”的消灭而灭绝。看上去完全丧失感情和自主意识，如人偶一般，没有收到指令就无法自己行动(但故事中出现的Doll往往有例外之举)。通常会被灌输用以维持最低限度生活能力的人格程序。

虽然没有契约者一般的超能力，但可通过一定触媒放出名为“观测灵”的隐形分身(能被契约者所见)，常用于进行大范围谍报活动。除被情报机关收容外，外形漂亮的Doll也会在黑市被作为赏玩物品高价交易。

在“进化”程度上高于契约者。拥有可以彼此沟通的精神网络，即Doll Network。Doll也在进化之中，变得拥有独立人格和人形化的观测灵。若有感情的长久共处会加速这种进化，且感情越不安定加速越快。