原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜，某天突然遇到像吉祥物的生物，却获得能变成邪恶组织女干部的能力，并与原本憧憬的魔法少女们对抗。

故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。

主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。

本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。
 

办公街附近的商店街一角，以狗的看板为标志的杂居大楼的地下一层，那一间店就在那里。

门上画着猫图案的食堂“猫屋西餐厅”。

创业五十年来，一直满足着办公街上班族们的胃。

虽说是西餐厅，但西餐以外的菜单也很丰富——这一点勉强算得上是其特征，就是如此普通的食堂。

但，对于“某个世界”的人们而言，它就变成了特别的仅此一家的店铺。

“猫屋”有着一个秘密。

每周六的店休日，“猫屋”就充满了“特别的客人”。

随着叮铃叮铃的铃声响起而来，出身、成长、就连种族都千差万别的客人们所追求的是，世间罕有的不可思议美味料理。

不，对于办公街的人们而言都是见惯也吃惯了的料理。

但，对于“星期六的客人们”=“某个世界的人们”而言，那些全都是见所未见、闻所未闻的料理。

端出特别的绝品料理的“猫屋”，被“某个世界”的人们如此称呼。

——“异世界食堂”。

本周，叮铃叮铃的铃声也再次响起。