某一天，在一直孤单地一人生活的男主角丹童子有马面前，突然出现一位带领著执事和女仆的少女蓝羽瑠璃。蓝羽的目的是希望能借用丹童子那寄宿在他身上的Sacred Seven力量。但是，在过去因曾经使用了那力量而伤害其他人的丹童子理所当然地把瑠璃她们赶走。另一方面，这个平稳的城市中突然出现了石之魔物“恶石”，并同样为了丹童子身上的力量而来。原来，瑠璃是能够把丹童子身上的Sacred Seven力量真正地解放出来，并练成宝石，使丹童子能够击退“恶石”。本篇的男主角丹童子由于过去力量的暴走，使他变得会避开周围的人，并因此过著孤单的学园生活，但会因为瑠璃的出现，而使他开始正视Sacred Seven的力量。

丹童子有马（寺岛拓笃 配音）是一名高中二年级的学生，看似沉默寡言严肃内向的他，其实有着一段不堪回首的过去。为了避免再伤害周围的人，有马选择了形单影只的孤独生活。某日，一位名叫蓝羽琉璃（中岛爱 配音）的少女带着执事镜诚（入野自由 配音）出现在了有马的面前，提出了希望利用有马身上“恶石”的力量。

恶石的力量虽然强大但难以控制，有马曾因此而犯下令他追悔莫及的错误。而蓝羽琉璃则拥有“善石”的力量，能够牵制和压抑有马的暴走，在蓝羽琉璃的不断恳求下，有马终于决定走出过去的阴影敞开心扉，两人共同要面对的，是因为恶石力量而幻化而成的魔物。

每集列表

19岁的主人公佐桥皆人考了两次大学都没考上。他没有好朋友，更没有女友。突然在他面前出现了巫女装束的巨乳美少女。这个名叫“结”的少女后来因为饥饿昏倒后，皆人给了她一些吃的。少女对他产生了好感，透过接吻等的黏膜接触，使他成为自己的伙伴(称为“苇牙”)。原来少女是“鹡鸰计划”的参加者，这个计划是要让108位鹡鸰互相残杀，直到剩下最后一个鹡鸰，这个鹡鸰可以和她的伙伴一起支配世界的命运。

用语

鹡鸰计划

2020年M.B.I社长御中广人所发动的计划，让108只鹡鸰在新东京都展开死斗。为了作为鹡鸰们的战场，新东帝都被封锁，只有普通人能自由进出。

鹡鸰

鹡鸰计划的中心。共有108羽，其中1羽是成体、8羽是幼儿、99羽是胚胎、一共108羽鹡鸰。为了给苇牙引导到嵩天而被放出。外观是人，有共通的鹡鸰纹，每一只都有不同的战斗能力。大部分是女性，也存在男性的鹡鸰。对苇牙的出现会有反应，必须靠接吻等的黏膜接触使之羽化。以及鹡鸰心思及灵魂都会显示在能力上面，愤怒、憎恨、喜悦、悲伤及恋爱情感等等，当这些感情改变的幅度越大，能力受到的影响也会越显著。

鹡鸰调整

鹡鸰调整必须在幼时进行，成年之后就不需要。

祈祷语

鹡鸰加强自身力量或是使另一个鹡鸰停止机能所使用的咒语。若是要增强力量需要和苇牙进行黏膜接触;停止鹡鸰机能则需要触碰对方的鹡鸰纹。每个鹡鸰都有自己专属的祈祷语。

苇牙

鹡鸰的生存意义，苇牙能够帮助鹡鸰使用祈祷语。而如果苇牙死了的话，苇牙所羽化的鹡鸰会全部机能停止，但苇牙死亡鹡鸰就会机能停止的这一件事是M.B.I的秘密，所以只有少数苇牙知道，皆人是在和夏朗见面时夏朗觉得好玩而说出来的。

本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。

地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。

在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。

P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。

故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。

在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。