夜晚。如同逃跑一般奔驰在城市中的藏原走。他的侧面，突然有辆自行车冲来。素不相识的男子，对阿走发问了。 “你喜欢跑步吗?”

男子的名字是清濑灰二。就这样，阿走在灰二的引导下，到达了名为竹青庄的老旧公寓。 9名个性丰富的住民住在那里。阿走来到最后的空房间，虽然感到困惑，却仍然被强行留下。他怎么也没有想到，自己会成为这里的“第10个男人”……。

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时间是2019年的夏天，“口袋电脑”变得普及，扩张现实亦已成为普遍现象。中央种子岛高中的“机器人研究社”面临着即将废社的危机。社内仅有的两名社员之一的八汐海翔在这样的情况下，依旧对机器人社提不起兴趣，整天猛玩机器人格斗游戏。而莽莽撞撞的社长－“濑乃宫秋穗”以完成“巨大机器人”为目标，为了避免被废社而奋斗着。

就在这样的某日，海翔发现名为“君岛报告”的 A.R.标注。里面记载一位名为君岛孝的人物，揭发一项将世界卷入其中的巨大阴谋。

本作是继《CHAOS;HEAD》和《Steins;Gate》之后，5pb.和Nitro+的协作企划“科学ADV系列”的第三部作品。

故事背景位于2019年的种子岛，世界线变动率“1.048596％”，也就是《Steins;Gate》中 TRUE END 的世界线。 因此部分《CHAOS;HEAD》和《Steins;Gate》的角色也会在本作中登场。

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2040年代的虚构日本城市新滨市，经过第三次和第四次世界大战洗礼的近未来科技已可将人类除大脑外的所有身体器官用生化电子的义体代替，并将人类大脑改装成与具有互联网功能的电子脑。上层社会和有经济条件的中产阶级人类纷纷进行义体手术，加装先进的电子脑，并用性能更高的人造义肢替换原有的身体器官——赛博格（生化人）已然渐渐成为社会常态。

人类社会的全面义体化（电子化）虽然带来了巨大的便利，却也不可避免地催生出了一种新的犯罪方式——电子犯罪。电子化并互联网化的人类开始受到黑客攻击，暴露在大脑被入侵、记忆被篡改等危险之中。日本政府因此专门成立了首相直属的特别情报机构“公安九课”（也就是所谓的“攻壳机动队”），来应对这种新兴的犯罪。故事中女主角草薙素子自幼便全身义体化，装备有最先进的军用义体，并在电子设备中如鱼得水，是出色的黑客。2029年正式加入公安九课，并以她卓越的指挥能力获得了队员们的信赖，被亲切地称为“少佐”。

《攻壳机动队》系列因其赛博朋克并带有反乌托邦性质的世界观著名。作品中对于未来科技有着精密的设想、考据和描绘，很多出现在其中的概念如今已然成为了现实，《攻壳机动队》也因此获得了众多硬科幻爱好者们的赞赏，并对后世的许多科幻作品有着显著的影响。（具体细节请参考#总体评价）

就《攻壳机动队》的不同版本比较来说，士郎正宗原著的漫画以短篇单元剧为主，人物通常比较轻松幽默，剧情也并非异常复杂，但往往有探讨研究各种科技或社会问题的大段对白文字，因此在分类时属于青年漫画。押井守导演的著名动画电影则十分严肃，人物角色完全没有漫画中轻松的儿童个性，以探讨深刻的哲学话题为主，电影整体也营造出一种沉闷、昏暗并略悲观的氛围。神山健治导演的电视动画则大概介于两者之间，如要分类的话应该是含有大量政治剧情的科幻警察刑侦电视剧。