佐野裕司是在某黑心企业上班的社畜，工作非常辛苦。有一天，他如常把工作带回家做时，电脑萤幕出现了一个神秘视窗——“你被召唤到异世界了!同意请点选YES，不同意请点选NO。”裕司还在疑惑时，因“使用者未点选——已视为同意”而被传送到异世界。他眼前的能力数值视窗显示他已成为“魔兽使”。

《GATCHAMAN CROWDS》剧中设定每一种生命体都有独自的精神性特异能力，只要利用高科技就能够把这股能力转化为实际的能量物体‘NOTE’。把‘NOTE’原生能量提炼且制作成功的强化服装，即是科学小飞侠“G team”的战斗服。在地球上活跃的科学小飞侠，成员均来自‘评议会’派遣过来的宇宙人、具有潜在特质的地球人。他们的首要任务是保卫地球的珍贵资源和地球人的生命，以免落入企图入侵地球的外星罪犯之手。只不过他们最近接到评议会的指示，开始着手调查一种神秘的存在‘MESS’……

第1期

故事发生在虚构的日本第二首都——2015年的东京都利川市，在高科技的应用下智能手机和社交网络已经成为和人们不可分割的一部分.不过在城市中出现了麻烦与骚乱的未知存在“MESS”，而主角一行则是作为解决此事的“Gatchaman”，利用特殊的笔记本“NOTE”将灵魂的特殊能力实体化为铠甲，并利用这种力量介入事件，维护城市的和平。但同时网络社交媒体“GALAX”也已经悄然对城市有所改变，而“GALAX”的一位名人“LOAD”并不认同“Gatchaman”为城市和带来的意义。通过“GALAX”，不同职业和身份的“GALAXER”——“GALAX”的用户可以各司其职的帮助周围的人，每当“GALAXER”遇到困难时，他们能受到软件自带的人工智能“X总裁”的指导，掌握紧急事件的状况、保持冷静并尝试通过自己和周围的人解决事态。“GALAX”称其为“更新”，GALAX的创立者想通过这个方式创立理想的横向社会。

由于“LOAD”对“Crowds”能力的错误把握，导致了本季故事的最大危机。

第2期

在立川事件过去一年后，CROWDS的力量在日本首相菅山的推广下已经遍及全民，但仍然有对此感到不满的声音存在，其中最为活跃的是一个名叫“VAPE”的组织。他们使用与普通的蓝色CROWDS相对的红色CROWDS引发各种恐怖袭击，使得人们对于CROWDS的不信任感加强。

另一方面，长冈市突然降临了不明飞行物，乘坐它的是名叫杜兰莎的外星人。而居住在长冈、梦想成为英雄的普通少女·三栖立翼，则被选拔为新的GATCHAMAN。

秘密、无法割舍的感情证明就是回忆，而以人类时间为食的恶魔被称为“计”，操纵时间与其对抗的人被称为时间支配者“chronosruler”。

被计夺走“时间”的维克托，与最亲密的伙伴雾，凭借著“时之契”操作时间的能力，来讨伐吞噬人类时间的怪物“计”来夺回过去!

王牌时间支配者维克托和伙伴们找寻当年跟他签订契约的“计”，因此而陷入了巨大的阴谋…

利用“时之契”讨伐吞噬人类时间的怪物“计”的人被称为——“时间支配者”。传说中，只要在月圆之夜跟“计”签订契约就可以让时间倒流回到过去，实际上不过是“计”为了吞噬人类的时间而设下的巨大陷阱……利用人们的后悔意念吞噬人类时间的“计”，使用“时之契”讨伐“计”的“时间支配者”，被夺去时间的少年“王牌”支配者……这是一场追逐时间的战斗。为了找回失去的记忆和时间，主人公维克托和伙伴们踏上了找寻当年跟他签订契约的“计”的旅行。但是，“计”的背后似乎有着更大的阴谋，维克托的『时之契』也好像有着非一般的秘密……