上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

秘术“森罗万象”是忍者世界“隐世”最强大的力量，而这力量就在六条壬晴的体内，各方忍者为了得到这个秘术，而展开了一场争夺战。

性格冷漠，对周围的事毫不关心的六条壬晴(钉宫理惠 配音)，看似只是一个平凡的高中生，但其体内却蕴含着忍者世界最强的秘术“森罗万象”。这种能力遭到了忍者世界诸多人的觊觎，更引来了伊贺忍者部落的集体出动，誓把壬晴带回挖掘出其体内的秘术。与此同时，壬晴的英语老师云平(浪川大辅 配音)和其同学相泽虹一(日野聪 配音)则是万天之里的忍者，被分配的任务就会保护壬晴的安全。一场关于“森罗万象”的争夺就此展开，各色人物也将悉数登场。而壬晴想要过回平常人的生活，只有一个办法，就是成为传说中的隐王……

本片改编自镰谷悠希在《月刊gfantasy》上连载的同名漫画，目前连载已完结。

作品以神奈川县的江之岛电铁沿线的镰仓市为背景。在动笔之前，作者曾经到镰仓观光，拍摄了许多景点的照片，作为故事情节发生的舞台，例如借鉴了镰仓文学馆作为故事中的藤之谷女学院的设定。

“青之花”一名来源于德国18世纪的浪漫主义诗人诺瓦利斯的著名未完成小说《海因利·封·欧福特丁根》(Heinrich von Ofterdingen，日本一般译为“青い花”)。

本作剧情

就读于“松冈女子高等学校”的万城目富美在高中入学当天，在镰仓站与10年没见的青梅竹马、就读于贵族学校“藤之谷女学院高等部”的奥平明偶然重逢。两人从此一起上学，很快就找回了往日的友情。当时，沉湎于失恋痛苦中的富美遇到了英俊的学姐杉本恭己;而与此同时，小明的同学井汲京子也陷入对恭己的单恋中……