不起眼的男高中生药院次郎，在“夫妻实习”的课堂上，和绝对不可能有关系的班上的美少女渡边星一起生活。他们对彼此的印象也很差。“阴”和“阳”不匹配非常刺激。洗完澡后的突发事件，突然的接触麻烦！？次郎虽然闷闷不乐，但还是下意识地想……“喂，真的好好地玩夫妻游戏吧”互相有想法的次郎和星为了得到交换组合的权利，认真地扮演夫妻。然而，酸甜苦辣的夫妻生活逐渐让彼此意识到各自的魅力。比“恋人”更刺激的，辣妹和无异性缘男生的“夫妻游戏”开始了。
四月十日。春假在昨天结束，今天早上就是所谓的开学日。五河士道被可爱的妹妹琴里吵醒后，原本以为今天也会如同往常般度过平凡的一天;直到他遇见一名被称为“精灵”的少女，伴随着一阵突如其来的冲击波，街道就这样消失得无影无踪。在宛如陨石撞击而变成环形山的街道一隅，一名少女正站在坑洞的正中央。“你也是来杀我的吧?”摧毁世界的灾难、充满谜团的怪物、被世界否定的少女。阻止这一切的方法只有两种：歼灭或对话。身穿军服的琴里对士道说：“所以你必须与精灵约会，并且让对方迷恋上你!”新世代“Boy Meet Girls”故事，隆重登场!
精灵(精霊(せいれい))
在与这个世界相异的邻界存在着神秘的生命体。关于其产生的原因与存在的意义至今仍被谜团所包覆，并且在战斗上拥有强大的能力，而当之出现在这边的世界之际，会引起被称为空间震的大爆炸，人类便将这些引发特殊灾害的特定生命体，当成是天敌般的存在并畏惧著。
精灵的外貌性格各不相同，但共同的特点是，都具有强大的战斗能力。其战斗力来自每人独有的被称为“灵装”的力量服装，以及被称为“天使”的独有武器。小说中借用了卡巴拉(生命树)的概念，生命树的十大要素质点与精灵一一对应，精灵名字中的数字为质点编号，天使名为质点守护天使名，灵装名为质点神名。目前得知的精灵除威斯考特外皆为女性，且外表皆为年轻少女，实际年龄不明。
根据二亚所言，所有精灵原本可能皆是人类。而从澪口中证实，除十香外，其他精灵均为吸收灵魂结晶的人类。在三大“罪人”艾略特·伍德曼、艾萨克·威斯考特、艾莲·梅瑟斯的不明目的下，创造出了第一个精灵。变成精灵后，身体将不会再成长，不过被封印的精灵能够正常的成长。
空间震(空間震)
当存在于邻界的精灵现界时，会造成空间的剧烈摇晃及造成损坏的大爆炸，空间震即此一状况之统称。在爆炸中心的建筑物及地面设施都会像火山口一样被消灭殆尽，而周围也会因为爆炸的产生而蒙受损坏。最初一次空间震发生于30年前，造成了近1亿5000万人的死伤人数，被称为“欧亚大空灾”(ユーラシア大空災)，其后世界各地皆频繁发生此一现象。而在那之后的六个月──南关东大空灾之后就像平息似的，不再发生空间震。但是在5年前，在士道他们所居住的天宫地区又开使发生此一灾害。在爆炸“余震”到来以前，会发生名为“空间的地震”此一征兆现象，就如把石头丢入水中会有涟漪，涟漪就是空间震。
一般人并不清楚造成此一现象的原因，知晓此现象的仅有以对付精灵为目的的AST、SSS及DEM公司与以保护精灵为目的的〈拉塔托斯克〉Ratatosk。另外也有精灵现界但却没有发生空间震的情况，造成此一现象的依然成谜。
再者，也存在着依据精灵自身的意识所引发的空间震，当引发的空间震的规模与另一空间震相同时则可以被相抵销。
现界、消失(現界、消失(ロスト))
当平常在另一个相邻的世界休眠的精灵出现在人类世界的情况被称之为“现界”，而当精灵从人类世界返回相邻的世界实则谓之“消失”〈LOST〉。在邻界休眠的精灵由于不知名的原因被人类世界“拉扯过来”伴随着“现界”的现象引发而产生空间震，经过一定的时间后再“消失”返回邻界。发生这样的现象不仅无关精灵本身的意志，而且精灵也不知道产生的原因。而“现界”的情况又依据空间震的产生有无而划分定义为2种，其前者(有产生空间震)的情况被称之为“通常现界”，而后者则称为“静穆现界”，但同样无法得知产生现界差异的原因。
通常现界后的精灵，必定会遭遇AST的袭击。也不知是否有与此有关，在与AST有交战的状况下，与本人意志无关的“消失”现象会发生在较短的时间内，当“消失”现象产生，AST的该次精灵讨伐作战行动旋即告终。但是，也有不被AST观测到的静穆现界的精灵，一如作品中所述，能长时间内停留在人类世界。十香第一次的静穆现界发生时遭到AST的攻击，再加上被激怒之故(其深信士道已遭杀害)，而将AST逼至全员歼灭绝境，该事件最终并没有“消失”的现象。
被士道封印力量的精灵无法从人类世界“消失”返回。
故事发生在持续发生大规模杀人和猎奇杀人的社会中，其中调查组织“藏（也译作仓）”用着从罪犯的杀意（思想粒子）构筑的无意识世界（杀意世界）的系统（罔象女）与鸣瓢秋人在“井”（日语：イド）中的身份名侦探·酒井户，协助通过揭开井的奥秘来帮助追查追捕杀人魔的罪犯行踪，其中几个杀人魔的井中出现了同样面貌的以约翰·沃克为命名的人影。
里面的调查人员有能力进入杀手的潜意识，看到他们精神的碎片，而井是一种可以通过数字输入来收集有关杀手的受害者、犯罪现场甚至动机的线索的心理平面，当一个人通过“井”时，他们的视线和行动就像真实世界中的数字投影，供调查人员实时分析。
由于人的无意识思维很少被组织起来，井内的一切都呈现出破碎或象征性的状态，包括人和地点，只能由调查井内的人暂时拼凑在一起。此外，井只能由其他杀手进入。
虽然在井中受伤或死亡是可能的，但“名侦探”可以被移除并重新注入井中，尽管之前在井中的记忆将会消失。现场分析人员使用一种名为“稚产灵”的工具协助井调查人员，这是一种探测和收集细微的“思想粒子”的手持雷达枪，它是由一个人的杀人意图发出的。
扫描程序可以收集特定罪犯的杀人意图，并将这些信息添加到他们的井中。这有助于充实杀手的身份，以便进行更彻底的调查。此外，在井中遇到的受害者的记忆也可以为环境增加重要的信息。
在一切事情发生的两年前，鸣瓢秋人的女儿穆库被一名连环杀手残忍杀害，导致鸣瓢的妻子自杀。这些死亡促使他追捕并杀害了凶手，使他被判入狱。
后来他的任务是潜入各种连环杀手的井，期间他仍然为妻子和女儿的死亡感到沮丧和困扰，但他也以此为动力，认真对待自己的工作，帮助拯救其他连环杀手受害者。然而，鸣瓢分析杀手的心理弱点的能力也导致了多个连环杀手在监狱期间自杀，调查小组对此很警惕。然而，尽管如此，这表明大多数鸣瓢的同事都非常尊重他的工作。
另一边，在现实世界中追捕犯罪分子的新手现场外务分析官本堂町成为一个重要的人物，利用不顾自己的行动能力和洞察力，成功抓住了犯罪分子。但是，由于他在“挖墓”事件中表现出了自杀与杀人行为，因此被推荐转向了名侦探。井端从约翰·沃克监视杀人魔的痕迹中，寻找起藏成立以前的“单挑”事件的线索，让在事件中的杀死了杀人犯单挑，并产生了让本堂町潜入的井。井中还有个井，里面有一个叫飞鸟井木记的，亦是百贵救出并调查下落的杀人犯单挑的最后的受害者。