住之江圭太是个中学三年级的高中联考应届考生，他与一对和他没有血缘的双胞胎姐妹亚香与理香一起生活。尽管圭太一开始不喜欢他的二个姐姐积极诱惑他，后来他渐渐地被他的二个姐姐吸引住。而他们的父母亲亦鼓励圭太与亚香和理香其中一个或一起结婚。

而且在进入高中后遇上担任班主任的桐生夕月，初中学妹同时是桐生夕月妹妹的桐生三日月，加上同级学生三国美春，与众人纠缠的关系，令圭太的生活每天都充满刺激。

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《寻找失去的未来》作为一款十八禁恋爱冒险游戏，玩家须与游戏中4名女主角互动以推动剧情发展。玩家在游玩《寻找失去的未来》时将会花费大多数时间观看出现在萤幕上的文字叙述、人物对话以及角色心理等，借由这样的方式除了让故事获得进展外，也可以与游戏角色对话进行交流。玩家可以选择不同选项，并随着游戏的进行而与女主角关系渐趋亲密，甚至最后还有可能发生更加亲密的关系。

玩家于游戏中能够体会到4条主要故事路线。在每次阅读故事发展以及与其他角色对话后，玩家便有机会能够在与角色互动时、从游戏提供的数个选项中挑选其中一项。这时游戏会暂停一会儿以提供玩家依据先前的对话作出决定，玩家在某些关键选项之中的抉择则会影响到游戏朝特定方向展开，并进入各式分支情节中。借由决定于数个选项抉择的方式来让游戏系统判定玩家攻略的故事剧情，同时游戏中所做的决定也会影响这些角色故事后半段呈现不一样的结局。

天文学会所属的秋山奏，与很有才能的副会长佐佐木佳织、文武双全的才女会长支仓爱理、策略家的大小姐华宫凪沙、美国的交换留学生长船?KENNY?英太郎成员的独特个性，共同解决内滨学园的骚乱。

因为放学后在保健室旁的奏，听到校舍内发出震动与怪声，跑去现场后发现，全裸的少女倒在地上。自称叫唯的少女，完全不谈论当时的情况，为何好像知道奏的名字，隔日加入天文学会。

之后天文学会收到了学生会的委托，负责“校内出现幽灵”、“内滨症候群”、“事故多发地区”的事件调查。

在史上最大规模的世界大战结束后，各国认知到战争太不符合成本效益，于是在缔结和平协议，摒弃明刀明枪的光明战争后，投入大量资源训练间谍，展开以资讯战为主的影子战争。

女主角之一、代号“花园”的百合是迪恩共和国的间谍学生，因自己冒失的性格而成为学校中的吊车尾。有一天，她被招募到由实力强大的间谍“燎火”克劳斯刚创立的“灯火”小队。“灯火”是专门解决“不可能任务”的间谍组织。虽然怕死但一心想着出人头地的百合到了“灯火”的根据地“阳炎宫”后，在大堂遇见其他六名少女，才发现这支小队除了长官克劳斯之外，其他成员都是跟自己年龄相近，而且在其他间谍学校也是吊车尾的问题学生。再者，克劳斯虽然身怀极为高超的间谍技术，却因自己太过于天才而缺乏教导他人的能力，更令百合对一个月后的任务担心不已。她们在阳炎宫一起生活时有一些规矩，包括第26条“七人合力生活”、第27条“外出时要拿出真本事”等等，也是莫名其妙。就这样子去执行“不可能任务”，恐怕难逃一死。百合面对眼前的必死困局，下定决心展开计划。

原来在迪恩共和国最强的间谍团队“火焰”覆灭后，克劳斯身为仅存的成员，亲自从各大间谍学校中挑选多名少女，创立间谍团队“灯火”。他根据“火焰”最后任务惨败的情形，判定“火焰”中存在叛徒，而且阳炎宫内可能存在窃听器，因此在各大间谍培育学校中，刻意选取尚未毕业的吊车尾学生，以避免人员情报外流。在第一次任务前，“灯火”一直假装成团队内只有七人来混淆视听。在成功完成生化武器夺还任务后，克劳斯原本打算解散“灯火”，并将成员送回培育学校。不过，在成员的坚持下，“灯火”继续运作。