“京乃圆（まどか）”是个打从心底热爱自己故乡千叶县鸭川之海的女高中生，同时也是一人社团“鸭女运动服社”的成员，以“要是遇到需要帮助的人就要挺身而出”作为中心精神进行社团活动的17岁少女。

某日她与神秘的美少女“兰（ラン）相遇，第一眼就认为对方是同类的圆，热烈地想要邀请她一同加入运动服社中。此时又有一位不可思议的转学生“麦波（ムギナミ）”转入了圆的班级中，面对着一口气增加成三人的社团，他们能不能守护好鸭川呢……？

故事发生在千叶县鸭川，京乃圆（石原夏织 配音）是一位平凡的十七岁少女，就读于私立鸭川女子高中。生性活泼善良的京乃圆喜欢帮助他人，因此成立了名为“Jersey部”的团体，虽然京乃圆是这个团体里的唯一成员，然而，能够一步一步实现自己的理想，京乃圆感到十分幸福。

一次偶然中，京乃圆邂逅了名为兰（濑户麻沙美 配音）的神秘少女，尽管兰个性冷静沉默，但在她的身上，京乃圆还是感受到了和自己相似的气息。就这样，兰成为了京乃圆的同伴。之后，名为麦波（茅野爱衣 配音）的转校生亦加入了京乃圆的团体，当三人相聚之时，命运的齿轮开始了旋转。

首部结合偶像歌手、恋爱、战机变形机器人等元素的动画剧集，当时掀起一波热潮。西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。

重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行，直至战争结束，地球恢复平静，这艘ASS-1终于重建完成，并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天，马克罗斯突然失控自动发射主炮……