在这个世界，人类的生活遭到被称作“耳无”的神秘生命体威胁。只有能插上（Plugin）战斗装甲“装备”（Equipment）、并操纵它的能力者“祈手”（Prayer）能够与耳无对抗。生活在废铁城市“里弗切斯特”的少年“艾可”，自从10年前目击到耳无和祈手（Prayer）在大战“Fes”中留下传说的祈手“吉米”以来，暗地里对祈手产生强烈憧憬的同时，他也闷闷不乐地生活着。然而在某天，一如既往在垃圾山做着采掘工作的艾可，与丧失记忆的少女“缪”相遇了。腰间有着插孔（Input Jack）的她也曾是祈手。不久，两人为了追寻缪的出身以及身为Fes的中心人物却谜团重重的人物吉米，踏上了旅程。

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犬屋敷壹郎是个平凡的上班族，58岁的他为人懦弱，虽然为家人奉献心力，却得不到尊重，在得知自己罹患胃癌后，他在公园抱着宠物狗花子痛哭，碰巧和另一名少年狮子神皓一起被坠落的幽浮炸死，外星人将他们改造为机械，虽然外表如同以往，但全身强健且具有超凡的能力。犬屋敷在公园见到袭击游民的不良少年，挺身而出挡下攻击，救了人命的他因而感受到自己活着的价值，并立志要拯救更多人命。而和犬屋敷有着相同遭遇的皓却用超能力四处残杀无辜，借此感受自己仍是活着的人类，皓后来成为通缉犯，而走上相反道路的两人注定相遇。

皓的友人安堂直行无法认同他的恶行并与他绝交，安堂联络上犬屋敷，担任他的助手协助他练习使用能力。皓潜藏在暗恋自己的女同学渡边紫音的家中，他持续残杀无辜百姓以及在网络上批评自己的人，并向紫音坦白自己的心路历程，紫音哭着希望皓能留在自己与祖母身边，受到感动的皓停止杀戮并开始治病救人，但这不但让他走漏行踪，紫音和其祖母也被前来缉捕他的SAT重伤，皓在治好她们后，闯入警署展开大屠杀。

犬屋敷的女儿麻里长期与父亲不睦，她发现自己的父亲与安堂相谈甚欢，她尾随两人进入医院，发现父亲是救人无数的英雄，而父亲也非常支持自己成为漫画家的梦想，她因此对他改观。皓向日本宣战，随机杀害平民，让数十架飞机坠毁，犬屋敷尽力对抗，才让几架飞机得以迫降在海上。被因为坠机造成的火灾困住的麻里向父亲求救，犬屋敷在前往搭救的途中遇见皓，双方激烈交战，犬屋敷险胜之后救活了濒死的麻里，并将火场内的人一并救出，之后犬屋敷向家人坦白自己的超能力，一家人的感情变得比以往和睦。

NASA监测到一颗即将撞击地球的小行星，美俄中等国组成的团队竭尽全力仍无法阻止，尽管整个世界陷入目无法纪的状态，但仍有许多人发出求救的声音，因此犬屋敷决定为人类奋战到最后一刻。他飞上太空试图以爆炸偏移小行星的坠落轨迹，意外发现皓正在小行星上做与自己一样的事，皓表示即使是自己也有珍视的对象，接着便自爆，但这不足以影响小行星坠落。在犬屋敷向安堂表示自己将会返回地球后，他也自爆并成功炸毁小行星，成功保护了地球。此次事件之后，犬屋敷的儿子刚史学会反抗霸凌自己的人，麻里的漫画作品得了奖。