“这是预言哦。你们五人，终会迎来重大的危机。那时，能够保护大家的人是你”

小时候曾遭到绑架的高中2年级生·堂岛大介，与儿时的好友剀、露、玛丽玛丽、庆作一起，被卷入了不可思议的现象——“涩谷漂流”。

涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。

不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”，并要求他们守护涩谷。

绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。

孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而与“未来”战斗。一定要回到原本的时代——

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学生相扑篇（1-159）

仅有一人的大太刀高中相扑社来了一位新生潮火之丸，他在小学时代就展现才能，被誉为“鬼丸”且被视为未来的横纲的人选，但上中学后的火之丸却因为身高矮人一截而逐渐无名，甚至被认为是遭到相扑之神厌弃。火之丸对相扑的热情并没有消退，他透过比别人更多的训练弥补身高的差距，并在高中加入由小关信也担任社长的相扑社、开始展露头角。

在集结五条佑真、国崎千比路和三桥萤三位社员后，他们参加了新人赛，虽然火之丸止步于16强，但他激起了前任横纲之子久世草介的竞争心。在火之丸小学时的友人桐仁加入社团并担任教练后，众人为了夏季高校联赛而努力。桐仁安排火之丸到柴木山相扑馆拜师，在经过一个月的训练后，他们在与石神高中的团体战中取胜并赢得全国高中大赛出赛资格，在个人战中，负伤的火之丸连胜国崎和小关，取得优胜。他们获得全校的欢呼，佑真的妹妹礼奈也因此入社担任社团经理。为准备全国大赛，在柴木山的安排下，相扑社到名古屋与现役大关练习，火之丸受到前任横纲骏海赏识，接受他的指导。

全国大赛开幕，火之丸在个人赛中对上前任高中横纲、也是自己的目标天王寺狮童，尽管奋战不懈，但他仍落败负伤。大太刀在缺少火之丸的情况下直落三击败对手，在火之丸治好伤势后，大太高更在团体战中接连取胜。在最终日，火之丸接连使出伙伴们的招式击败了天王寺，并使出自己的绝招“鬼车”战胜草介，率领大太高获得团体赛优胜。之后，火之丸参加了全日本相扑大赛，虽然他因为左臂负伤只获得第三名，但还是取得了进入大相扑的资格。

大相扑篇（160-250）

成为力士的火之丸在赛事中伤了右臂，使得他无法使用“鬼车”并因此休养两年。在七月场所里，位列西前头第13名的火之丸以12胜3败的成绩完赛。达成44次优胜的现任横纲刃皇宣布如果下次获胜就要引退，相扑界为之哗然。火之丸和礼奈遇见了刃皇及其妻子由美。刃皇认为以火之丸正在走向死路，并质问他想追求何种相扑之道；火之丸并在由美刺激下，确认了自己对礼奈的心意。当晚，礼奈以相扑的形式把火之丸推倒，两人就此交往。

为了击败刃皇，火之丸参加大和国班的合宿练习，而礼奈跟着由美学习，让自己能成为火之丸的助力。合宿期间，火之丸确立了自己要追寻的是不让师兄弟蒙羞的相扑道，是拼命也想证明的“爱”的型态，但他这种找死的心态也让礼奈感到不安。火之丸晋升到西前头第3名，面对即将到来的九月场地，刃皇向所有参赛者放话，质问他们是否有“爱”。火之丸在九月场地首日险胜，但次日惨败给刃皇，还被他借机提点，再加上与礼奈的促膝长谈，终于让明白自己的相扑必须带来为他人带来幸福和喜悦。透过高中时代的伙伴襄助，火之丸施展鬼车取胜，并在对决中展现出“爱”，他还在获胜后向礼奈求婚，之后也获得礼奈的家人首肯。

火之丸找回右臂受伤前的手感，接连击败草介、天王寺、小关等劲敌，最终与刃皇再次于土俵上交锋。刃皇展现出神一般的实力，而一路以来反抗相扑之神的火之丸抓到了刃皇的破绽，将他搏倒。火之丸取得了首次的优胜，尽管大相扑的路仍遥远，但他在获胜的当下感到无比幸福。

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本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。

地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。

在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。

P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。

故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。

在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。