木之幡米拉在小时候参加露营时遇到了一位年纪相仿的男孩，并与他在观察星空时做下了约定，要找到新的小行星并以男孩的名字取名。2017年，进入星咲高中就读的米拉原本打算加入校内的天文社，却被告知天文社与地质研究会已经合并成地学社，并在拜访地学社时遇见了当年遇见的他，其真实身份是名为真中蓝的女孩。加入地学社的两人便与天文组（天文班）的森野真理、地质组（地質班）的樱井美景、猪濑舞三位学姐一同展开了社团活动。

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在这个世界，人类的生活遭到被称作“耳无”的神秘生命体威胁。只有能插上（Plugin）战斗装甲“装备”（Equipment）、并操纵它的能力者“祈手”（Prayer）能够与耳无对抗。生活在废铁城市“里弗切斯特”的少年“艾可”，自从10年前目击到耳无和祈手（Prayer）在大战“Fes”中留下传说的祈手“吉米”以来，暗地里对祈手产生强烈憧憬的同时，他也闷闷不乐地生活着。然而在某天，一如既往在垃圾山做着采掘工作的艾可，与丧失记忆的少女“缪”相遇了。腰间有着插孔（Input Jack）的她也曾是祈手。不久，两人为了追寻缪的出身以及身为Fes的中心人物却谜团重重的人物吉米，踏上了旅程。

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西历30世纪，魔法成为了极普通的存在；在100年前的人魔大战以人类的胜利为终结，元气大伤的文明也逐渐恢复。这时，一名魔女将婴儿放置在教堂门口即离开。婴儿长大后就是本作的主角－纱伊阿九斗，他常给周围的人带来麻烦。

长大之后的阿九斗考入了康士坦魔术学院高等部，遂离开养父，自己一个人生活。在前往学校的公共汽车中，他和少女服部绚子立下友情之誓约。在之后进行的职业适应性调查中，阿九斗竟被人工精灵这样告知：“编入号021号·纱伊阿九斗，将来的职业：魔王。”阿九斗不明白为什么适合自己的职业竟是给世界带来破坏和绝望的魔王，而传言很快地传遍学校。在和绚子关于班长的争论中，他体内的魔王之力引发了大爆炸。从这天起，阿九斗的“克服成为魔王的命运之试练”开始了。