私立开盟学园，通称“SKET团”，以帮助学生适应学园生活、解决委托人的烦恼为宗旨。虽然有着很漂亮的口号，但实际上只是大家口中的杂佣团，不论是寻找失物、打扫清洁，SKET团都是最好的帮手。
社团由无所事事的团长藤崎佑助(Bossun)、曾经是不良少女的鬼冢一爱(姬子)以及情报高手笛吹和义(Switch)三人组成。每回都会接受不同的委托，并且因而接触帮助了更多人，故事就此展开下去。
因为故事和JUMP上的《银魂》相近，而作者篠原健太曾担任空知英秋(《银魂》作者)的助手，常被戏称为“校园版《银魂》”，《银魂》动画第26集神乐称其为"劣质版的《银魂》"。
长篇
原则上故事多为1话完结的短篇故事，但有时也会有连载超过3话的情况。
话剧对决篇
单行本第二集(10~12话)
Sket团和学生会(话剧社)的对决。
不能看的DVD篇
单行本第二集(15~17话)
八木所遗落的DVD是不能看的?带有推理风格的故事。
GVB篇
单行本三集到四集(25~35话)
Sket团和学生会的对决。真人参加用手机游戏为题材的比赛，比赛分为前锋、次锋、中锋、副将和大将五回合战。
SWITCH OFF
单行本第五集(连接回41话，42~44话)
Switch的过去前篇。揭露了Switch之所以不说话的原因。
开盟摇滚祭篇
单行本第六集(49~51话)
Sket团为了激励犹豫出国留学的同学，组乐团的故事。
OGRESS
单行本第七集(连接回56话，57~62话)
姬子的过去篇。揭露姬子过去被称为不良少女“鬼姬”的过去。
玻璃男篇
单行本第八集(69~71话)
Sket团寻找打破玻璃的犯人，却……?带有推理风格的故事。
Happy Birthday
单行本第十集(连接回81话，82~86话)
Bossun过去篇。揭露Bossun乐心助人的原因和身世。
Happy Rebirthday
单行本第十集(87~90话)
时间回到现在，在Bossun生日兼校庆时，又有更大的秘密揭露?
电子情书
单行本第十三集(110~112话)
Bossun透过振藏交了电子笔友，约出来见面，没想到对方竟然是……
椿与浅雏
单行本第十三到十四集(116~119话)
Daisy被不良少年纠缠，知道这件事的椿会如何?
毕业旅行狂诗曲
单行本十五到十六集(132~138话)
Bossun和姬子交换身体?这个旅行会有怎么样的发展?
trouble travel
单行本二十六集(227~232话)
黄金周到了，姬子的朋友小堇邀请姬子到大阪旅行，到底在大阪会发生什么事呢?
Switch ON
单行本二十八集(241~251话)
Switch过去后篇。揭露Switch加入Sket团的原因及Sket团成立的经过。
Last Dance
〔280~285话〕
Sket团最后的工作!开盟学园遇上最大的危机，到底Sket团怎样解决?
番外篇
番外篇-伤心邂逅
收录于第三集。使用浪漫的漫画以作中作的方式呈现的故事。
番外篇-正义侠盗团 准之章
收录于第三集。舞台来到江户时代的忍者风故事。
番外篇-BlSCUIT DANCE~大家都是好朋友之卷
收录于第四集。主角们变成幼童的四格漫画。
番外篇-偶戏DANCE
收录于第五集。主角们变成布偶戏的四格漫画。
番外篇-渡假DANCE
收录于第五集。女性角色穿泳衣在沙滩玩文字接龙的故事。
番外篇-ROCKET DANCE 遭遇
收录于第六集。舞台来到宇宙的科幻风故事。
番外篇-SILENT DANCE 人情巧克力好难送之卷
收录于第七集。描述姬子送巧克力给Bossun的故事。
番外篇-BlSCUIT DANCE 最喜欢老师了之卷
收录于第八集。糟糕泽变成幼稚园老师的故事。
番外篇-“两人好紧张” 夏日热炎炎 心却冷冰冰之卷
收录于第九集。作中作的草稿。
番外篇-BISCUIT DANCE 开心的游艺会之卷
收录于第15集。以极短篇形式呈现。
番外篇-QUEST DANCE 旅程的开始
收录于第17集。主角们在RPG世界中组团准备讨伐魔王。
番外篇-ROBOT DANCE
收录于第22集。舞台来到机械工学发达的太空城市。
舞台设置
故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。
剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。
本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。
本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。
魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源，可以感知魔女存在的位置，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。
魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。
使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。
在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。
情节展开
出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。
当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……
居住在日本九州福冈县空美町里的男主角——樱井智树，以和平至上为座右铭，自小睡觉时偶尔梦见同一个梦：一个长了翅膀的女性向自己求救。然后有一天晚上遇到从天而降及自称是“娱乐型人造天使”的不明生物——伊卡洛斯，伊卡洛斯把降落后见到的第一位人类，也就是智树称呼为“主人”，自此两人同居在一起，开始智树的脱轨生活……。