设定

人类的负面情绪累积混杂后会形成咒灵并对人类造成危害，日本每年不明死亡或失踪年均超过1万人大部分因此造成，只有使用被称为咒力的能量才得以祓除，而负责祓除的人称为咒术师。由于咒术师是利用负面能量(具体分为咒力和术式)与咒灵现场战斗的人，常常亲眼经历无辜杀害或悲惨死状，他们面对死亡时不可能不带有悔恨恐惧或愤怒，所以常见他们每一个战斗时总会呈现一副狰狞或者感到兴奋的模样，因此带出个人战斗风格和各自性格阴暗短处，而平常生活训练中咒术师也必须自主学会控制汲取负面情绪如杀意作为咒力。日本有两间咒术教育机构，分别位于东京和京都的咒术高等专门学校。咒物是带有强大咒力的物品，通常因难以破坏而被咒术高专保管，若经过妥善封印，可以当作地方设施辟邪。一旦出现事故，就派遣咒术高专相关人员进行处理。

剧情

高中生虎杖悠仁的祖父在逝世前嘱托他要尽可能助人，并希望他能在众人簇拥下死去。虎杖悠仁遇见来学校寻找特级咒物的伏黒惠，他为了解救因咒物而身陷危机的学长姊，吞下诅咒的手指，让“宿傩”这种诅咒跟自己合而为一。他得知只有自己能对付宿傩后，认为这是自己的使命，便加入东京咒术高专，成为最强咒术师五条悟的学生，和伏黑惠、钉崎野蔷薇成为同学。

宿傩不断地想支配虎杖的肉体。在对抗某个咒灵时，虎杖为了击败它而让宿傩控制了自己的身体，虽然宿傩轻易地取胜，但也将虎杖杀死。在宿傩和虎杖缔下誓约后，他便将虎杖复活。虎杖接受训练后，跟随咒术师七海参与实战，他们击退了由对人类的负面情绪产生的咒灵“真人”。真人决定与诅咒师夏油一派合作，共创一个只有诅咒、没有人类的世界，为了达此目的，他们要抑制五条悟并集齐宿傩的二十根手指，让宿傩取回完整的力量。

在东京与京都的咒术高专交谊会中，京都的校长下令杀掉身为宿傩容器的虎杖。在团体对战竞赛中，虎杖透过与东堂的切磋，学会控制咒力的方法。在双方热战方酣之际，真人和花御等特级咒灵入侵交谊会，取得高专保管的手指。五条在学生时代的过去表明，夏油在某次任务后对保护非咒术师的信念开始动摇，并想创造一个只有咒术师存在、不再有咒灵的世界，因此和五条分道扬镳。夏油之后遭五条杀死，但遗体被不明人士利用。

夏油一派以涩谷平民为人质，逼五条孤身对阵，尽管五条展现压倒性的强势，但他还是被以特级咒物“狱门疆”封印，虎杖等人动身营救他。

曾为咒术师的诅咒师一派，与现今身负除妖重责的咒术师们，各自为了自身的目的而相互战斗，一段惊天动地的咒术大战，逐步在日本上演。

本作设置在一个人类与机器人共同生活的时代，以七位“世界上最优秀机器人”之一——瑞士的“蒙布朗”在一场森林大火中被破坏为开端。同时，在德国声援《机器人保护法》之团体的干部兰肯也遭杀害。两人的尸体头上都插著形状类似“角”的物体。凶手疑似是机器人，但机器人都被规范不能杀害人类，因而引发骚动。以高性能著称的机器人刑警——德国的“盖吉特”开始调查这一连串看似相关的案子，结果却意外发现包括自己在内的七位“世界上最优秀机器人”都被凶手列入杀害的目标。

盖吉特至日本与那里的七大机器人之一“阿童木”交换情报，而后阿童木在下一起命案的现场发现，数年前第39次中亚冲突中联合国派去调查波斯王国的毁灭性机器人的“波拉调查团”也被盯上了。与此同时，又有两位七大机器人——英国的“诺斯2号”和土耳其的“伯朗德”相继不敌凶手而遇害，盖吉特的记忆也开始出现异状。随着第39次中亚冲突的背后逐渐揭露，众人发现凶手是为了报复战争中波斯王国被推翻、破坏之仇，憎恨的漩涡也开始席卷众人。

与此同时，今波斯共和国的亚伯拉博士来到日本，暗地里操控著一台长著双角的机器人“布鲁图”，要他去杀了阿童木。阿童木为了保护家人而迎战布鲁图，遭到击败而陷入昏死。与此同时，反机器人的激进团体“KR团”的成员阿道夫认定盖吉特是杀害他哥哥的凶手，于是决定暗杀盖吉特，却反遭组织追杀，负责保护他的盖吉特从他持有的资料中发现目前入狱的波斯王国国王大利乌十四世知道此次事件的秘密。

剩下的七大机器人之一——希腊的“海格力斯”单独迎战凶手，不敌身亡。阿童木的制作者天马博士亲自对阿童木进行修复，但即便机体修好也因为电子脑陷入混沌而无法醒来。另一方面，与阿道夫同行期间，盖吉特被人工窜改的记忆逐渐恢复，想起自己的确因为机器人养子被阿道夫之兄杀害，出于憎恨而杀死了他。盖吉特到监狱找大利乌十四世会谈，得知了敌人是大规模毁灭性机器人的情报，以及一个名为布鲁图的存在。盖吉特前往今波斯共和国找线索，查到了一个神秘男子萨哈多的信息，随后循线找到荷兰地下的秘密空间，发现布鲁图就在那里。盖吉特用火力压制布鲁图，并向警方报告这一切事件的幕后凶手是亚伯拉博士，是他利用家人死于战争的恨意，唆使附身在布鲁图体内的儿子萨哈多所犯下的。

然而，就在盖吉特已经找到真相之时，亚伯拉操控盖吉特认识的卖花机器人阿里袭击他。在盖吉特眼中阿里的身影化为养子的身影，他不由得泪流满面，随后腹部被炮弹击穿而重伤死去。阿童木的创造者天马博士为了让阿童木从昏死状态中醒来，将盖吉特遗留下来的存储芯片植入阿童木的脑，注入偏差的情感——恨意，让脑中的混沌统一。这时仅存的七大机器人——澳洲的“艾普希伦”决定和布鲁图做个了断。艾普希伦在打斗中凭着“光子力”占上风，但始终没有给予对方最后一击，企图将萨哈多从仇恨中解放，最后反被杀害。

阿童木怀着对杀死大家的布鲁图的恨意醒来，写出了一组毁灭地球的反阳子炸弹方程式，平复后拥有了真正人类的心。透过盖吉特的芯片，阿童木已经知道了真相和亚伯拉的真正目的——毁灭地球。亚伯拉算准伊甸公园底下的火山濒临喷发，在伊甸公园底下埋了搭载反阳子炸弹的行星改造机器人“波拉”，引发的爆炸威力足以让大部分的人类灭绝，但机器人可以活得下来。阿童木前去伊甸公园迎战布鲁图，成功压制对方，恨意上冲就要杀死布鲁图时，盖吉特的意识告诉他：“仇恨是不会创造出任何改变的”。阿童木因而停下了手，而萨哈多也终于从恨意中解脱。最后萨哈多牺牲自己拆除反阳子炸弹，世界免于毁灭。闪现的记忆残片中，盖吉特将养子取名为罗比达，看着他的身影，终于了解到活着的意义。因为这一切的事件都起因于憎恨，阿童木于是许愿道：“祈愿有一天世界上会……不再有任何仇恨……”。

每集列表

《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。