星元122年――
在众多企业扩展到宇宙并构筑巨大经济圈的时代，
有一名少女自边境地区·水星转来MS产业的最大企业“贝纳里特集团”旗下所经营的“阿斯提卡西亚高等专门学园”。
她名为苏莱塔·墨丘利。
内心纯真的少女随着胸口鲜红的闪烁亮光逐步迈向新世界。
机械设定
制作方公开的本系列作品中登场MS采用了与以往作品中出现的机动战士所不同的设计，有着独特的腿部构造，使其在动作表现上较以往更为出色。
风灵高达（ガンダム?エアリアル，Gundam Aerial）
主角机动战士风灵高达采用与历代高达一样的三色配色，有着圆润的腰部、前卫的装甲以及醒目的腰身。在万代公开的HG模型中，该机在头部、胸部和腿部都使用了透明部件，胸部则有着如预告片中一样的类似发光的部分。头部下巴位置线条干净给人以女性的感觉，在模型SD化后，比HG和设定图稿更明显地体现出了头顶天线部位半透明结构，以及双眼间白色面具上类似鼻子的设计。大腿部的装甲在直立时遮蔽住的膝关节，在活动时才会显露。
采用了“GUND型”的机动战士“GUND手臂”的其中一机，装备了由十一个GUND单元组成的盾牌，亦可以用作全方位攻击，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。
魔灵高达（ガンダム?ルプリス，Gundam Lfrith）
与正片主角风灵高达不同，魔灵高达在同样前卫的设计下较少显现透明部分。该机在胸口黑色部分呈现出本作系列机械设计的感觉，且在双肩开口部展现出类似管状设计。
采用了革新技术“GUND型”的机动战士“GUND手臂”，装备了由七个GUND单元组成的盾牌，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。
魔灵高达 量产试作型（ガンダム?ルブリス 量産試作モデル，Gundam Lfrith Pre-production model）
魔灵高达的量产试作型，背包装备了收纳GUND单元的大型发射器。
异端审判者（ベギルベウ，Beguir-Beu）
异端审判者在机体各处凸显了半球状设计的部件。投入了最新技术的高性能机体，搭载了两颗有线式兵器“非动力炉”，可射出攻击。
H历，使用武力的战争已经灭绝… 纠纷不是以枪支解决而是干涉人的精神的方式进行。一种名为“催眠麦克风”的特殊的麦克风出现。 “催眠麦克风”的歌词会通过刺激人的交感神经和副交感神经。使人体达到各种不同的状态。 人们用Rap来决定胜负。男性生活在“中王区”之外的六个DIVISION中: “池袋”、“横滨”、“涩谷”、“新宿”、“名古屋”和“大阪”。 每个DIVISION的代表MC战斗之后，胜者可以获得其他区域的部分领土。 不是兵器，而是用语言为力量的世界。他们赌上自己的威信，开始了领土之间的对战。
武力支配的流血历史已迎来终焉，用语言来统治的时代已到来。手持可以作用到人类神经的特殊麦克风——催眠麦克风，池袋、横滨、涩谷、新宿等各区域代表的MC组合，使用「说唱」进行对决。赌上选手们威严的领土之战一触即发！
某天地球上空出现了无数网球大小的孢子，这些孢子飘落到物体上便裂开，外表像蛇的生物从孢子中爬了出来。
其中一条“蛇”爬进了一间屋子里，并逐渐向一名熟睡的男子头部接近，然后从男子的耳孔爬入。男子随即惊醒，并且无法自制地五官扭曲，从口中发出“格格”的怪声。妻子因男子的怪异行为而惊醒，询问发生何事。而此时男子便静静地睡着了，不再有痛苦的表情或怪声，妻子也不再深究，不久亦入睡。
镜头一转，故事的主人公——平凡的高中生泉新一正在床上听着随身听，此时有一条“蛇”从窗外悄悄爬进屋中。但因为新一戴着耳机，“蛇”决定从鼻孔进入新一的头脑。新一因为有异物钻进鼻孔而打了个喷嚏，看到“蛇”的时候吓了一跳，并打算以报纸把那条“蛇”打死。正当新一全神贯注防备时，那条“蛇”突然跳向新一的头部，他本能地以右手阻挡，“蛇”于是钻进新一的右手里，并不断往上爬，新一立即以耳机的电线捆着手臂，阻止“蛇”的行动。就在这时，被新一房里的声响吵醒的父母走进房间，他们对新一所说的有蛇钻进他手中表示怀疑。新一亦在此时发觉右手已无异样，不觉得痛，因此也上床就寝。
到了早上，镜头回到被“蛇”钻进耳朵的男子，只见他在镜子面前，不断做着各种各样的奇怪表情。不久妻子叫他要吃早饭再去上班，该男子突然双手按著妻子肩膀，口中慢慢地吐出“吃…早…餐…”三字。只见男子的头部突然裂开，宛如盛开的百合，带着成排的尖牙，整个朝妻子咬噬而去，妻子顿时身首异处，血花四溅。
镜头回到右手被入侵的新一，自学校回家的途中，他的右手也开始变得怪异，例如自行变换形状、不听使唤地四处扰人等等。右手甚至在电车上惹火了一群不良少年，又自动把他们全部收拾了，新一感到异常惊愕。回到家后，他尝试以小刀插向右手，却发觉右手已没了感觉，而在此时，右手的食指和中指之间突然裂开，变成了一张淌血的嘴，中指和无名指变成了眼睛，那“右手”甚至口吐人言：“遗憾…我…右手…失败了。”新一问道自己的右手在哪，那生物表示右手被它吃掉了，新一打算再次以小刀攻击它时，它动作利落地把小刀接下并把部分刀片折了下来，射向新一背后的天花板，吓得新一浑身颤抖。它告诉新一自己还不太会说话，希望新一教他。
从此开始，新一就与这奇怪的生物共存，虽因无法向任何人吐露真相而非常困扰，他与这生物之间的关系却也渐渐起了微妙的变化。同时，这生物的同类也接连出现在他们面前……