在架空世界的日本，为了公序良俗等理由，政府制定了侵犯人权的“媒体良化法”（媒体优质化法），并成立了“媒体良化委员会”（媒体优质化委员会）与“良化特务机关”（优质化特务机关）来进行媒体检阅工作。与这个强权机关对抗的唯一组织，即为“图书馆”。一群热爱图书馆自由的人们，武装自己与良化机关进行战争，守护图书馆的自由。笠原郁在高中的某一天看到了想买的书，却遇上了良化委员会的成员，这时却出现了一名图书队员，使对方离开。公元2019年（正化31年），笠原郁加入了战争……

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《GATCHAMAN CROWDS》剧中设定每一种生命体都有独自的精神性特异能力，只要利用高科技就能够把这股能力转化为实际的能量物体‘NOTE’。把‘NOTE’原生能量提炼且制作成功的强化服装，即是科学小飞侠“G team”的战斗服。在地球上活跃的科学小飞侠，成员均来自‘评议会’派遣过来的宇宙人、具有潜在特质的地球人。他们的首要任务是保卫地球的珍贵资源和地球人的生命，以免落入企图入侵地球的外星罪犯之手。只不过他们最近接到评议会的指示，开始着手调查一种神秘的存在‘MESS’……

第1期

故事发生在虚构的日本第二首都——2015年的东京都利川市，在高科技的应用下智能手机和社交网络已经成为和人们不可分割的一部分.不过在城市中出现了麻烦与骚乱的未知存在“MESS”，而主角一行则是作为解决此事的“Gatchaman”，利用特殊的笔记本“NOTE”将灵魂的特殊能力实体化为铠甲，并利用这种力量介入事件，维护城市的和平。但同时网络社交媒体“GALAX”也已经悄然对城市有所改变，而“GALAX”的一位名人“LOAD”并不认同“Gatchaman”为城市和带来的意义。通过“GALAX”，不同职业和身份的“GALAXER”——“GALAX”的用户可以各司其职的帮助周围的人，每当“GALAXER”遇到困难时，他们能受到软件自带的人工智能“X总裁”的指导，掌握紧急事件的状况、保持冷静并尝试通过自己和周围的人解决事态。“GALAX”称其为“更新”，GALAX的创立者想通过这个方式创立理想的横向社会。

由于“LOAD”对“Crowds”能力的错误把握，导致了本季故事的最大危机。

第2期

在立川事件过去一年后，CROWDS的力量在日本首相菅山的推广下已经遍及全民，但仍然有对此感到不满的声音存在，其中最为活跃的是一个名叫“VAPE”的组织。他们使用与普通的蓝色CROWDS相对的红色CROWDS引发各种恐怖袭击，使得人们对于CROWDS的不信任感加强。

另一方面，长冈市突然降临了不明飞行物，乘坐它的是名叫杜兰莎的外星人。而居住在长冈、梦想成为英雄的普通少女·三栖立翼，则被选拔为新的GATCHAMAN。

羽鸟智世是个无依无靠、没有求生欲望和方法、一无所有的十五岁少女，却有一名非人类的魔法使艾利亚斯·恩滋华斯以五百万英镑买下智世，并把她当成“徒弟”和“新娘”，她心中停止已久的时间也开始慢慢地运转……

不论是能够回去的地方，还是生存的理由，亦或是活下去的手段，她都一无所有。除了一种与生俱来的特别力量之外。将这样的智世收为弟子，以及迎作未来新娘的是，异形的魔法使·艾利亚斯。在融入自然、生活了悠久时日的魔法使生活当中，智世一点一点地取回她所重视的某些东西……。这是为了知晓世间美丽，而编织的故事。