瓦古娜利亞北海道某城市分店，一班充满独特个性的店员，包括喜欢小东西的主角小鸟游、有如吉祥物般的种岛、患有男性恐惧症的真昼、腹黑又掌握所有人底细的相马、原本是不良少女的店长杏子……等，而新加入的工读生也带来了更多有趣的话题。

上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

就读岐阜县立田茂农林高等学校（简称“农林”，同时也是两女主角名字的第一个字）的生产科学科2年A组栽培专攻的畑耕作，是个对偶像草壁由佳非常沉迷的偶像迷。耕作与同为A班栽培专攻，体贴的青梅竹马中泽农、可靠的眼镜美少年好友过真鸟继、A班畜产专攻的巨乳少女良田胡蝶等伙伴，为了成为未来日本农业的栋梁，每天都过着热闹的高中生活。某日，草壁由佳突然宣布引退，让耕作大受打击，把自己关在宿舍房间中不肯出来。同样住在宿舍里的农与继，想尽办法将他拉到教室，刚好年近40的班导户次菜摘和转学生一起进入教室，转学生名为木下林檎，是个和偶像草壁由佳长的一模一样的美少女。

名词解释

岐阜县立田茂农林高等学校（岐阜県立田茂農林高等学校）虚构的农业高中，位于日本岐阜县，简称农林。设立满100年的老学校，每个学年有5个班，分别为A、B、D、E与F班，每个班级学科不同，A班为生产科学科，B班为生物工学科，D班为流通科学科，E班为造园学科，F班为林业工学科。其原形为日本岐阜县美浓加茂市的加茂农林高校。

青田寮（青田寮）

学校附设的学生宿舍，以前有很多学生入住，但现在只有耕作等5名学生，故没有管理人员，由耕作担任寮长。

四天农（四天農）

A到F班的学级委员，在学校内最有影响力的学生，虽叫四天农实际上却是五个人。

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