故事发生在建立于日都岛(日都ヶ島)的小镇之上，男主角网代慎平由于青梅竹马小舟潮的逝世而重回故地，却卷入了牵涉到日都岛一个古老传说的重大事变中，并开始尝试和同伴们一道阻止即将到来的灾祸。

故事发生地的原型为友岛(友ヶ岛)，位于纪淡海峡，与淡路岛隔海相望，现实中是无人岛群，直到二战结束前都是军事要地，禁止一般人进入，颇具神秘色彩。

故事设定

“影子”为本作的虚构生物，能够复制其他人类、生物，甚至死物的讯息，并借此构成自己的外观。影子的设定随着剧情发展而慢慢揭露。在故事开首，提及日都岛的传说相传“见到自己的另一个(影子)不久就会死去”。

影子能够通过对人或物发出闪光照射来获得目标人类或物件的全部信息(包括肉体遗传信息、记忆、人格等)，然后生成类似投影的立体物。影子的本体是平面，受伤害后不能自行恢复，需要重新照射原件来重新获得信息修复;而立体身体受伤害后可自行恢复。立体的人体能潜入影子本体中来快速移动，但身体就会无法呼吸。影子本体讨厌被碰触，而成为慎平等人判断的方法。影子本体被钉固定就能限制其行动。影子本体受到对应人体的致命伤害则可以被消灭。影子的数据会慢慢消失，需要将复制的本体弄死后侵蚀消去才能永远存在，本体被消去的表面会留有黑印;对于物品也是同样，否则复制出来的物品无法使用。影子可以使用自身的一部分复制出其所掌握数据的实物。影子复制其他数据过多会劣化，失去拟态的能力，成为野生影子，退居野林。被影子复制过的本体，在其对应的影子被消灭后，就不能再被复制。影子复制的信息能被带到慎平的每次轮回中。除了影子波稻能多次复制出子代影子外，其他影子只能复制子代一次。

慎平曾在一次轮回中推断认为这是来自地球外的陨石带来物，然后通过复制海底生物为生，直到1732年(享保十七年)复制成鲸鱼而被冲上日都岛岸边，复制了渔民的女儿雁切波稻，再将全岛居民变成影子后度过饥荒，并设立蛭子神来供奉。最终目的似乎是2018年7月24日祭典上将岛上全部人侵蚀，菱形青铜后来交代是为了让影子波稻回到自己的故乡。
 

日俄战争结束后的1907年冬天，原隶属陆军第一师团士兵杉元佐一因服役期满退役。受了于1904年（明治37年）战死的同乡战友遗嘱“请治好我妻子的眼睛”之托，故而需要大量金钱的杉元，听闻北海道的河川充满沙金，便只身前往北海道淘金。在淘金时，杉元偶然听闻一起牵涉到约值八亿日圆的黄金劫案。

之后，杉元遭到熊攻击，在击退熊的过程中，结识了阿伊努族少女阿席莉帕，而阿席莉帕的父亲正是死于那起抢案的其中一人。为了探寻父亲身亡的真相，阿席莉帕同意与杉元共同行动：由自战争中生还的杉元负责战斗、因阿伊努信仰而不愿意杀人的阿席莉帕，则运用阿伊努人的智慧负责追踪与野外求生。这特别的二人组就此踏上追寻黄金的险恶之旅。

星元122年――

在众多企业扩展到宇宙并构筑巨大经济圈的时代，

有一名少女自边境地区·水星转来MS产业的最大企业“贝纳里特集团”旗下所经营的“阿斯提卡西亚高等专门学园”。

她名为苏莱塔·墨丘利。

内心纯真的少女随着胸口鲜红的闪烁亮光逐步迈向新世界。

机械设定

制作方公开的本系列作品中登场MS采用了与以往作品中出现的机动战士所不同的设计，有着独特的腿部构造，使其在动作表现上较以往更为出色。

风灵高达（ガンダム?エアリアル，Gundam Aerial）

主角机动战士风灵高达采用与历代高达一样的三色配色，有着圆润的腰部、前卫的装甲以及醒目的腰身。在万代公开的HG模型中，该机在头部、胸部和腿部都使用了透明部件，胸部则有着如预告片中一样的类似发光的部分。头部下巴位置线条干净给人以女性的感觉，在模型SD化后，比HG和设定图稿更明显地体现出了头顶天线部位半透明结构，以及双眼间白色面具上类似鼻子的设计。大腿部的装甲在直立时遮蔽住的膝关节，在活动时才会显露。

采用了“GUND型”的机动战士“GUND手臂”的其中一机，装备了由十一个GUND单元组成的盾牌，亦可以用作全方位攻击，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。

魔灵高达（ガンダム?ルプリス，Gundam Lfrith）

与正片主角风灵高达不同，魔灵高达在同样前卫的设计下较少显现透明部分。该机在胸口黑色部分呈现出本作系列机械设计的感觉，且在双肩开口部展现出类似管状设计。

采用了革新技术“GUND型”的机动战士“GUND手臂”，装备了由七个GUND单元组成的盾牌，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。

魔灵高达 量产试作型（ガンダム?ルブリス 量産試作モデル，Gundam Lfrith Pre-production model）

魔灵高达的量产试作型，背包装备了收纳GUND单元的大型发射器。

异端审判者（ベギルベウ，Beguir-Beu）

异端审判者在机体各处凸显了半球状设计的部件。投入了最新技术的高性能机体，搭载了两颗有线式兵器“非动力炉”，可射出攻击。