“魔剑”是指在一步一杖的距离内，一旦施放就绝对无法闪避和招架的必胜剑技。世界已知有六种魔剑。

金伯利魔法学校是一所名校，每年都吸引了不少新手魔法师入学。这些新生内心怀抱着骄傲与使命，但迎接他们的却是各种威胁，例如是地下迷宫、强悍的高年级生、以及派系斗争等。主角奥利佛努力地与同伴一起在这样的魔境当中求生，并在这段期间遇见了武士少女奈奈绪，与她缔下不解之缘。

春天──名校金伯利魔法学校今年也有新生入学。

他们身穿黑色长袍，将白杖与杖剑扠在腰间，内心怀抱着骄傲与使命。

迎接这些新手魔法师的，是开满樱花的盛开之路与魔法生物的游行。

然而，他们也只有一开始能够满怀期待。

金伯利内暗藏着各种威胁，会随意吞噬学生的地下迷宫，

像怪物一样的高年级学生，以及围绕亚人种的人权议题展开的派系斗争──

奥利佛努力与同伴一起在这样的魔境当中求生，

并在这段期间遇见了于腰间扠著一把日本刀的武士少女──奈奈绪，

与她缔下不解之缘。

以两人的魔剑为中心展开的故事，如今正式开始。

设定

因着繁星引导，或者是其他人为原因，会有来自日本的“迷途人”误闯至异世界。这些迷途人在转移至异世界时，会有“纯粹概念”固定在其灵魂，让他们获得异于常人的力量。远古时期的迷途人曾经以其特殊力量建立过先进文明，以致于全世界文化统一，连语言都统一为日语。然而，那时因迷途人力量失控，引发大型灾难，导致文明毁灭之余，影响持续至千年之后的现今。其中以“四大人灾”（Human Error）最为严重，包括让整片西方大陆化成白盐，溶化于海的“盐之剑”、让白雾笼盖南方诸岛的“雾魔殿”（Pandemonium）、支配东方未开发区域的“络缲世间”和使北大陆中央部漂浮在空中的“星骸”。

自此之后，为免重蹈覆辙，教会将“迷途人”视为禁忌。教会人士位属“第一身份”（Faust），贵族阶层为“第二身份”（Nobless），而世上其他大部分人都是“第三身份”（Commons）。第一身份监察，第二身份管理，第三身份劳动，故第一身份的地位最高。也因为第一身份权力甚高，故必须由未婚女性担任，并终身不能成立家庭，以消除世袭风险。除了迷途人、纯粹概念外，还有“发动原罪魔导”、“持有三原色宝石”等禁忌。

这个异世界存在伟大的“力”，又称为“导力”。人们可使用“导力”经由不同纹章和素材来发动“魔导”。如神官能够以结构复杂的“教典”作为媒介来使用魔导，也能将纹章刻在武器上来发动简单魔导。魔导除了可以攻击（如教典·第三章第一节：“来袭的敌人听见了，响彻四方的钟声”）和防御（如教典·第二章第五节：“是的，你们应当知道保护虔诚羊群的墙壁不会崩塌”）之外，也能作通讯（如教典·第一章第四节：“主的意志通达天地，直到千里的彼方”）、记录（如教典·第一章第一节：“应将映照在这双眼中的奇迹留存下来，誊写于书中”）等战斗以外的用途。

剧情

玛瑙是隶属于教会的神官“处刑人”，有着消除禁忌的职责，其中就包括杀死迷途人。教会得知位属第二身份的王国召唤了异世界人，为此派遣玛瑙解决事件。玛瑙虽然找到了来自日本的灯里，却发现自己无法杀死她。为了寻找杀死灯里的方法，二人踏上旅途。

故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。

主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。

本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。