光之美少女（第1期）
运动万能、拥有正义感，在班上最受欢迎的美墨渚。成绩优秀，永远是班上的第一名，但有点天真的雪城穗乃香，两人同是就读菲诺奈学院女子中学部二年级的学生。某一天，小渚和穗乃香各自遇见了不可思议的神奇生物梅普鲁和米普鲁，他们由于故乡光之园遭到邪恶的攻击，因而逃到虹之园来。
两人被梅普鲁和米普鲁赋予神奇的力量，携手变身成光之美少女“Precure”。性格和兴趣都完全相反的两个人将同心协力，和来自暗之领域的邪恶敌人展开战斗。
光之美少女 Max Heart（第2期）
新学期开始，小渚和穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生，过着普通女孩的学校生活。而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。此时在光之园，在激战后受了伤的女王分裂成数个部分，消失在远处。同一时间，小渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。
突然，梅普鲁和米普鲁苏醒过来，两人使用新的变身器再一次变身成“Precure”，而且力量居然也提升了。为了让失去记忆和原本姿态的女王恢复原样，小渚和穗乃香，以及苏醒后力量提升的梅普鲁、米普鲁和保伦，将和不可思议的少女，九条光展开新的故事。
保伦和光之园的长老由于发音相近，因此偶尔会把“Precure”故意说成“光之美小女（Precura）”。
这是一个既非发生在地球上也不是采用公元纪年的故事。故事之始是30年前曾经爆发过大战的世界，由于开发新型兵器而一跃成为军事强国的——格里安共和国，侵略并占领了曾经繁荣非常的——鲁贝尔斯公国，格里安共和国准备以原鲁贝尔斯公国为踏板，逐步推进对莱古兰周边诸国的军事介入。
在原鲁贝尔斯公国的国境内，有一所战前便拥有悠久历史和高素质的教学而闻名的名校——〝CLUSTER－E.A.〞通称Cluster学院，这里的学生都是来自世界各国的精英子弟，尽管鲁贝尔斯公国已经灭亡，但是在学校活跃于各界的毕业生的努力下，学院得以在鲁贝尔斯公国灭亡后继续存在，井保持正常的教学活动。于是在这个为求与世隔绝的象牙塔里，一群从12岁到17岁的学生继续着他们的求学之旅，在与世隔绝的世界中自由的享受着安稳的校园生活，然而外界纷飞的战火还是不可避免的影响着本应平静的校园。
故事之始讲述鲁贝尔斯公国认为人类的生命在战场上互相杀戮而毁灭十分悲哀，因此开发研究能代替其战斗的存在，成功制造出力量超越人类的人造战士，人造战士的存在使战况形成一边倒，但这情况井没有维持很久，格里安共和国开发出专制人造战士的新型兵器——民族炸弹，新型兵器为这场战争划上休止符。
格里安共和国与鲁贝尔斯公国签下和约，并全国发布禁止私造人造战士的规定，战争过后人们遗忘替他们战斗的人造战士，忘记了他们的牺牲，排斥他们的存在。
战后教团在人造战士的工场搜获出一副天使的残骸和一本记载着关于毁灭之神的书籍，教团经过漫长的研究得知制造毁灭之神的方法，他们深信毁灭之神会毁灭世界后化身创造之神再次创造一个美好的世界。教团在穆拉斯柏库的人造战士工场偷偷培殖‘毁灭之神’，可在培殖中工场被人造战士破坏，在容器内培殖中的‘毁灭之神’——阿加特亲眼目睹杀戮的发生，因为精神受刺激迫使力量失控化身‘毁灭之神’，没法自控的阿加特不断破坏城市；这时候遇上人造战士的人权拥护运动的指标——卡鲁塞德尼·莱尼埃鲁，因为卡鲁塞纯洁的心所以阿加特的攻击对他并没有用，卡鲁塞的心吸引著阿加特，神冰冷的指尖探索著卡鲁斯的心，阿加特从卡鲁斯的身上取出卡鲁斯儿时美好的记忆，如复制般阿加特继承了卡鲁斯的记忆，卡鲁斯的记忆使毁灭之神变得不完整令阿加特成为了不完整的人类。
阿加特把卡鲁斯的回忆当成是自己的记忆，并把卡鲁斯当成是自己的哥哥，在卡鲁斯离开后阿加特亦从教团失去踪迹。
在这段不安的时期里，一位名叫阿加特·弗洛莱特的少年转入各国的名家子弟的名校——〝CLUSTER－E.A.〞。他特有的直率性格、那前所未闻的行动和单纯天真的笑容，像一阵清新的风吹入了向屈服于既定未来的优等生白瑞、有钱少爷的溤和最后生产的人造战士酷洛姆等人对将来迷茫的心中。不仅如此，阿加特有着一个连自己都不知道的出生秘密，还拥有着从出生起就有的引发奇迹的神奇力量……
本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。
地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。
在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。
P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。
故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。
在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。