舞台设置

故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。

剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。

本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。

本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。

魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源，可以感知魔女存在的位置，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。

魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。

使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。

在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。

情节展开

出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。

当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……

“谜”所指的就是谜团，在充满恶意（小至恶作剧，大至恨意）的谜团（谋杀事件）解开之时，会释放出大量的能量。

本书的主角——魔界的变种生物食脑奈罗，就是专门吃“谜”为生的魔界异种生物，在吃完了魔界的“谜”之后，来到人间寻找最极致的“谜”，而魔界的“瘴气”若是魔人的氧气，而“谜”就是魔人的粮食。刚到人间时遇到了因为父亲遭到杀害，而失魂落魄的女主角弥子，于是便露出真面目强迫弥子当她的代理人。之后，借着弥子的手顺利的解开了数个事件。凭着奈罗对于“谜”的敏锐感觉，弥子成为了著名的大侦探，谜虽然是由奈罗解开（吃掉）的，但是、用手指出犯人并且说出“犯人就是你！”的却是弥子，之后两个人便成立了一间侦探事务所，共同寻找极致的“谜”。

本作具有鲜明的人物性格、精妙的讽刺与黑色幽默、抽象画般怪异的构图和高度的独创性，是少年JUMP里独树一格的怪作，也因此在2004年获得获得Jump十二杰新人漫画赏。尤其当犯人被揪出来之时、犯人的“变脸”可以说是本作的代表特征。本作并不以本格派试着创造出一个又一个的精密陷阱算计以及犯案手法为主，也不特意铺陈凶手之所以形成犯案动机的经过，而是塑造了接近心理病态的犯案动机。另外，别于其他侦探漫画、主角走到哪里就死到哪里的模式，本作反其道而行，不是让事件找上他们，而是他们寻找事件。在本作中的各大事件并不会看到相似且公式化的犯罪内容和动机。

此外、在本作中使用了如潘洛斯三角、魔鬼叉子等含有视觉假象的图形做为封面或背景。

每集列表

昭和30年（1955年），6名17岁少年因犯罪而进入“湘南特别少教所”的二舍六房。他们对同屋里较年长的樱哥的教导铭记心中，出狱后，面对世间的痛苦、不合理，坚强地开始各自的人生。

上世纪中叶，漆黑阴森的湘南特别少年院二舍六房迎来了新的住客：因伤害罪和杀人未遂被捕的水上真理雄（小栗旬 配音）、强壮孔武的远山忠义（黒田崇矢 配音）、偷窃欺诈成性的前田升（朴璐美 配音）、有着异国英俊面容的横须贺丈（羽染達也 配音）、酗酒暴力的怪力男松浦万作（脇知弘 配音）以及狡诈精明的野本龙次（藤原啓治 配音）。黑暗的过去，悲伤的童年，让这群少年的未来充满绝望。幸运的是，二舍六房的前辈樱木六郎太（小山力也 配音）担当起教育少年们的责任，在芜杂的战后日本社会以及混乱黑暗的少管所内，樱木带着6名少年朝着光辉的梦想矢志不移前进……

本片根据安部让二的同名漫画原著改编（漫画家柿崎正澄但当作画）。

每集列表

漫画与动画的差异

阿丈逃狱：漫画一开始是阿丈和水魚。动画只有阿丈逃出。

卷心菜女友：漫画中提及卷心菜女友在湘南特少进行演出慰问事件。动画未提及。

佐佐木参选：漫画中六人报复佐佐木事件中旅馆的床上有个被打伤的男孩。动画改为床上只有被服。

检控官拜访：漫画中检控官取消对真理雄的监控后有去野本家吊唁故友。动画未提及，改为一句带过。

阿丈登台：漫画中乐队Golden Boys的吉他手在阿丈获邀音乐节后求阿丈加入其乐队，被拒绝后到原来阿丈打杂的乐队Five Lemons处寻事，遭到报复。动画没有提及。

兵哥在部队：漫画中提及兵哥在部队已经晋升为一士以及在部队中的一些事。动画未提及。

台风登陆：漫画中提及台风在关东登陆时六人的际遇，重点描写兵哥跟随自卫队为防范河川泛滥而出动的相关故事。动画未提及。