第一部 无印篇

《神奇宝贝》（Pocket Monsters）共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三篇，其中城都联盟还包括了一小段漩涡列岛大赛的故事。在橘子群岛时，小刚留在内木研究所，换小建和小智、小霞一同旅行，直到城都联盟，才又由小刚回锅。该系列简称为“无印”（因没副标题得称）。

大部分观众以为，《神奇宝贝》只有275集（这里指由石英篇到城都篇一般TV版），实际上神奇宝贝有276集，中国台湾的中视及中国香港的无线电视没有引进第38集“电脑战士3D龙”，因为日本在播出第一年（1997年）的12月16日，许多日本观众（青少年以下观众居多）因看了这集动画而引发光敏性癫痫送医，造成一阵大轰动，史称3D龙事件。原因就出在那集皮卡丘从3D龙身上跳出来，对迎面而来的导弹使出电击绝招，导致导弹爆炸发出强烈的闪光，红色和蓝色的光快速替换，如果一直盯着萤幕看的话，就可能会引发所谓的光敏性癫痫。这次的事件让神奇宝贝停播了一段时间，不过在日本观众热烈的反应及支持下，隔年4月16日终于复播了，但当地收视率大跌，并且制作公司也对制作动画的规则重新作了讨论，避免以后再发生类似的事故。而之后这集也被日本官方冻结，也导致3D龙和其进化型系列再也没出现在动画上。

第二部 超世代

后来，为了因应电玩GBA版（红宝石、蓝宝石版）的推出，精灵宝可梦于2002年11月21日播出《精灵宝可梦 超世代》（Pokémon Advanced Generation）系列。在城都联盟结束后，小霞跟小刚因为各自有事而和小智告别，小智为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚重新加入，于是四人展开全新的冒险，在传统故事上保持角色互动的新意。

《精灵宝可梦 超世代》共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一同奋斗。全新的比赛内容在支持者间得到好评，使之在系列往后有所延续。

第三部 钻石&珍珠

2006年秋季，为配合电玩NDS版（钻石、珍珠版）的上市，动画同步推出全新的系列《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl）。对战开拓区篇结束后，小遥为了挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小刚也因为道馆有事而回去了，小智则受到了小茂的激励，独自一人带着皮卡丘和偷偷跟来的长尾怪手前往新的地区神奥地区。新登场的女主角小光，其蓝本取自于电玩NDS版（钻石、珍珠版）的女主角。另外于2007年，为庆祝电视版播映十周年，东京电视台曾多次播映一小时特别篇（即连续播映两集）。

在《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》中，新人训练家小光为了成为顶尖的协调训练家，而从双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取宝可梦。而同一时间，小智也抵达了神奥地区，并在那里和为继续宝可梦培育家（饲养家）修行而前来的小刚再度会合。在因缘巧合下，小光救了小智的皮卡丘并把火箭队打飞，三人于是结伴旅行，展开了在神奥地区的冒险。故事和《精灵宝可梦 超世代》一样是有两个主线：小智为参加神奥联盟，挑战道馆；小光则为成为顶尖协调训练员而参加华丽大赛及华丽大型庆典。本作和以往不同的是小光的戏份大幅增加，于其比赛中经历比其他女主角更多高低起跌，也有更多需要单独应对的剧情处境，戏份可说是第一个有办法和小智相提并论的。

第四部 超级愿望

第一季

而后于由于任天堂于2010年推出NDS版全新作（黑、白版），动画也跟着推出新作，新作名为《精灵宝可梦 超级愿望》（Pokémon Best Wishes！），于2010年9月23日开始播映，在结束了神奥地区的旅程后，小智与妈妈和大木博士一同乘飞机前往合众地区。在那里，小智结识了带着牙牙的少女艾莉丝，及宝可梦酒侍兼道馆馆主天桐，三人于是一同展开在合众地区的旅程。艾莉丝的蓝本是取自电玩“精灵宝可梦白版”的第八道馆训练家（黑版2、白版2则成了冠军），动画则设定为以成为龙之大师为目标的少女 动画的角色成长设定的还不错 也是目前唯一会超能力的女主角。原本担任搞笑恶役的火箭队两人一猫组，在此作改变形象，成了认真的反派角色，并且秘密地执行神秘任务，为往后的剧情埋下了一些谜样的伏笔。而此作恢复为只有一个主线──小智为参加合众联盟而挑战道馆。

第二季

随后于2012年夏季，为配合电玩NDS版（黑版2、白版2）的上市，动画也正式进入第二季。在第二季中，除了原班人马外，更请回了前作的女主角小光和神奥冠军竹兰回来助阵，不仅许多第一季没有出现的旧宝可梦纷纷登场，同时更加入了“幻之宝可梦”美洛耶塔作为小智等人的伙伴，并且增添了新的主轴—火箭队对美洛耶塔的阴谋、世界锦标赛及合众联盟，为新一季带来了不一样的风气。

之后于2013年，在合众联盟结束后，动画又另外推出了两个第二季的新章节“Episode N”和“Da！”（杰可罗拉冒险！）章，“Episode N”是以游戏中的超人气角色N及反派等离子团的阴谋做为主轴所展开的故事。尽管在游戏（黑、白版）中N是偏向反派定位的角色，不过在动画中更多是做为较为正向的角色。另外原先于前一章结束任务的火箭队两人一猫组亦再次回归，并再次结合其前几部的形象，退场时会说“好讨厌的感觉”。而在“Da！”章，小智一行人告别了合众地区，打算搭船回到关都地区，顺路经过了杰可罗拉群岛，在那里遇见了很多宝可梦及新鲜或怀念的事，也为接下来的《精灵宝可梦XY》做了缓冲。

第五部 XY,XYZ

第一季, XY

2013年秋季，精灵宝可梦电玩进入了全新的3DS纪元（X、Y版），动画亦再次推出全新的系列《精灵宝可梦XY》（Pokémon XY）。告别了艾莉丝与天桐，这次小智在“Da！”章结识的记者三色堇带领下，前往卡洛斯地区，在那里他邂逅了天才发明少年，同时也是道馆馆主的希特隆、以及他的妹妹柚丽嘉、和小时候曾有一面之缘的少女莎莉娜，并与他们一同展开在卡洛斯地区的冒险。和以往的女主相比，莎莉娜的设定有些不同，除了以前曾和小智见过面外，甚至还是继小霞以来再次对小智拥有好感描述的女主，加上开播以来深入刻划人物性格的剧情及高品质的作画，尽管收视率初期没预想的高，仍受到观众不少正面评价。其冒险地图“卡洛斯地区”是以法国做为蓝本，因此多处场景皆是取材自法国实地场景。此作从中段开始再次分为两个主线：小智为参加卡洛斯联盟而挑战道馆，而莎莉娜则以宝可梦表演家为目标参加三冠卫星赛。

第二季, XYZ

在《精灵宝可梦XY&Z》动画中，首次大幅增加“传说宝可梦-基格尔德(Z)”的动画原创剧情，也首次在动画中出现正统游戏中未出现的宝可梦型态变化(牵绊变身)，更是替主角小智原创了一只型态差异的宝可梦小智版甲贺忍蛙，也是在游戏中未曾出现的宝可梦。

第六部 太阳&月亮

《精灵宝可梦 太阳与月亮》简称日月，内容为主角小智留在家中的宝可梦魔墙人偶在抽奖活动抽中大奖，一家人而前往阿罗拉地区度假。后来小智就读宝可梦学校，并暂居库库伊博士家里，在此认识了洛托姆图鉴和许多就读宝可梦学校的伙伴，如卡奇 水莲 玛奥 马玛内 莉莉艾。并和他们一起加入究极防卫队，让究极异兽回到原本的世界。在阿罗拉地区得知地区型态与Z纯晶/手环，而主角小智也获得一只卡璞·鸣鸣给的Z手环。本作以跟过往不同的软Q画风呈现人物，喜剧效果演出也大幅增加，并跟随游戏设定，以有限范围内的日常生活剧情代替持续旅行为主轴。在动画启播20周年的契机下，电视动画和剧场版动画的故事不再有关连和制作计划正式分离。

第七部 新无印/旅途篇

本作在播放前，官方率先预告内容不会单纯对照游戏《宝可梦 剑／盾》，而是会整合系列至今为止所有地区和宝可梦，制作全新的世界旅行故事，并确认不会加入副题。此外，本作亦直接采用了剧场版第20作重新设计的标志。

这部动画评价两极，加入被网友戏称“一球超人”的小豪做为主角之一，对大部分宝可梦几乎都是一球收服，既不重视培育、视宝可梦如大量收集之玩物，也去掉过去宝可梦与人的羁绊。引起极大的争议，且将过往传说宝可梦如水君，不仅被一球收服、且被过场的猎人虐待，更造成大量观众不满。

但是由于小智这部没有弱化、热爱对战、展现出优秀的冠军、好前辈等形象，而且掌握Mega进化、Z招式、极巨化三大对战系统，本部小智的目标挑战世界锦标赛，最终打赢丹帝成为世界最强训练家。

《中华一番！》

清朝末年，咸丰至光绪年间，四川国营餐馆菊下楼将举行新任大厨继位之争，刘昴星是已逝的前任大厨阿贝的儿子，他的对手是背叛母亲阿贝的徒弟绍安，在麻婆豆腐对决中，刘昴星击败绍安赢得大厨之位，但他按照比赛评审李提督的建言前往广州南鲜酒家持续精进。刘昴星拜该餐馆的副料理长丁油为师，认识师傅的独生女梅丽、并结交师兄三杰。在刘昴星协助三杰克服他过去的障碍与使用菜刀的恐惧感后，三杰立刻回到故乡上海，他相信刘昴星将来一定会成为一个了不起的厨师。

有一日来自法国的大厨巴杰鲁造访广州并贬低中国料理，愤怒的刘昴星与他进行炒饭对决并击败他，巴杰鲁心有不甘、纵火烧毁南鲜酒家，刘昴星在李提督的帮助下揭发巴杰鲁的罪行。为了重建餐馆的刘昴星参加广州饺子大赛取得优胜及奖金，餐馆重建更名为阳泉酒家。刘昴星依据饺子大赛评审朗文大师的建议去参加特级厨师测验，他在测验中结交了与自己水准相当的好对手兰飞鸿，与他一起通过测验，成为中国史上最年轻的特级厨师。在测验中发现自己实力尚浅的刘昴星展开修行，他造访广西、贵州及云南的城镇精进厨艺，旅途中收了四郎为徒。

《真·中华一番！》

刘昴星回到阳泉酒家后的某日，一位号称“钢棍”解师傅前来阳泉酒家踢馆，与刘昴星不打不相识，进行烧卖对决后结为好友；不久后阳泉酒家接到“面具厨师”李严所寄来邀请函，李严甚至企图杀丁油与梅丽报仇，在败给刘昴星之后向他透露企图以料理统治中国的“黑暗料理界”之事；数日后、刘昴星与曾是阳泉酒家学徒的“七星刀”雷恩进行鲷鱼料理对决，并在比赛中得知“传说中的厨具”之事。这批藏于中国各地的厨具各个具有神奇力量，传说只要能吃上以所有厨具做出的料理便能长生不死。为了不让该厨具落入黑暗料理界手中，刘昴星、梅丽、雷恩、解师傅和四郎组成“光明厨师团”展开搜集厨具的旅程，同时也一同对抗黑暗料理界。

众人造访上海遇见三杰，他们接到黑暗料理界的挑战，双方各派出四名厨师、以争夺记有“传说中的厨具”地点的藏宝图为目标展开筵席料理对决，刘昴星在第四回合对决中与堕入黑暗的师兄绍安再会，并在豆腐对决中再度取胜，绍安悔过后投海自尽。接着、厨师团接连取得几项传说厨具，但刘昴星却在长江一战中险败于黑暗料理界的干部“五虎星”之一的“豹子头”亚刊，并因此与解、雷两人分离打算再次找寻剩余的传说厨具。

刘昴星、四郎和梅丽与兰飞鸿重逢，回到四川菊下楼的刘昴星与趁隙渗透的五虎星之一的“飞天大圣”朱七对决，击败他后与他成为好友，之后、他主动进攻黑暗料理界总部“梁山泊”击败“五虎星”之一的“豹子头”亚刊。另一方面、在敦煌的解师傅和雷恩也为了传说厨具与五虎星之一的“青眼虎”密拉对决。为争夺最后两项传说厨具，众人齐聚北京紫禁城展开对决，五虎星之首“入云龙”凯由企图以毒膳谋害担任评审的慈禧太后，但遭刘昴星识破并击败，并因谋反而遭乱箭射杀，而另名五虎星“浪子”颜先也自知不敌兰飞鸿而阵前投降，黑暗料理界势力因而瓦解，传说厨具因沾上凯由的血而尽数失效。在那之后刘昴星等人再度展开旅程，用料理带给大家幸福。

《中华一番！极》

刘昴星回到故乡四川参加亡父玛琉的祭礼，菊下楼遭神秘势力炸毁，同为参加祭礼的龙厨师兼玛琉的弟子路以认为这个事件是与他的师傅玛琉有关，认为玛琉仍然活着，刘昴星决定展开寻找父亲的旅程，并且解开父亲失踪多年的原因，查出太极料理界的所有谜团的源头。

特殊用语

传说中的厨具

是作品中虚构的八样特别厨具，由唐朝一位名为修力的厨师以天上掉下来的陨石打造而成，只有足够资格的厨师才能成为厨具的正统继承人并完全发挥厨具的灵力，但若经常使用这些厨具就会削减该人寿命。传说若有人能吃到超能厨师用八样传说中的厨具所做的料理，那个人便会“长生不老”，不过该料理无法为负责制作的厨师延长寿命。续作《极》提到，据说只要集结所有厨具使其共鸣再全数粉碎，就会使传承修力血统之人在同一时间全部灭绝。

一旦厨具被用于料理以外的用途(例如杀人、沾到人血)就会失去灵力，之后得用山上涌出的清泉净化，持续不断地清洁厨具，才能让厨具恢复原本的灵力。若是厨具封印成石头的程度，必须等待厨具呼应玉龙锅而复苏，并让所有厨具相会才能完全复活。

第一厨具“永灵刀”

所在地：广州

使用者：刘昴星、雷恩

能使其切过的海鲜类恢复鲜度。正统继承人会使其浮现霸龙纹。首作最后第二度被血封印。

第二厨具“转龙壶”

所在地：上海

使用者：刘昴星、唐三杰

放入食材后就能瞬间让汤汁快速成熟发酵。正统继承人会使其发出强光。首作最后被血封印。

续作《极》中被送回上海，交由龙镇酒家负责保管，并由三杰定期保养，之后呼应玉龙锅而复苏，三杰见其复苏伸手去碰，但转龙壶因不明原因而龟裂，为此三杰带去西湖寻找“中华四大”之一的水镜先生寻求修理，经水镜说明转龙壶并非损坏，而是呼应玉龙锅而逐渐复苏，又因受到三杰悉心照料，亦认可三杰为继承人。

第三厨具“魔圣铜器”

所在地：安徽九华山

使用者：翁声誉→刘昴星→凯由

能让干货以数百倍的速度泡水恢复成原状。正统继承人会使其发出强光。首作最后被血封印。

第四厨具“迦楼罗刀”

所在地：四川

使用者：陈建→兰飞鸿→刑科

能在切割之间净化一切鸟兽之肉。正统继承人会使其浮现瑞凤纹。首作最后被兰飞鸿第二度丢入谷底。

续作《极》中由太极料理界“凤凰八仙”之一的刑科持有并成为其继承人。

第五厨具“贪狼壶”

所在地：山东泰山

使用者：颜先及其助手

只要把材料全放进去，无论要剁碎或切丝都能立刻办到。首作最后被血封印。

第六厨具“灵藏库”

所在地：敦煌

使用者：雷恩、解师傅、密拉

只要任何食材放进去，就可以永远保持新鲜。首作最后被血封印。

续作《极》中被送回敦煌，之后呼应玉龙锅而复苏。

第七厨具与第八厨具“玉龙锅”

所在地：北京御膳房

使用者：北京御膳房(双)→敖华→太极料理界

一组双锅，相传“唯有持有此物之人，才能持有全部八样厨具”，效果不明。正统继承人会使其发出强光。首作最后作为全国料理大赛的奖品但被血封印。

续作《极》中留在皇宫的玉龙锅发光复苏，其中一口被人带出皇宫，后由西安首富杨家远赴洛阳时取得，并作为该年西安面条大赛的奖品，之后太极料理界出手夺取玉龙锅，一度被敖华阻扰，但太极料理界挟持阿飞和路以作为交换条件夺走了玉龙锅。

三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者“近界民”，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。被称为境界防卫组织“BORDER”的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。

四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲(空闲有吾)的熟人，并认识了三云修。修为了了解近界民的真相，决定指引及监视游真，两人的故事随着“BORDER”与“近界民”的战斗展开。

邂逅篇(漫画第1～13话;动画第一期1～7话)

对周围隐瞒自己是BORDER C级队员的中学男生三云修，班上转学来了迷之少年空闲游真。经过一系列奇遇，修和游真互相坦白了修是BORDER队员、游真是近界民以及来这边世界寻找父亲友人的事实。修被游真各种折腾，为了防止不习惯这个世界的游真做出太过脱线的事，决定监视他而一同行动。这期间，与实力派精英迅悠一和被近界民盯上的少女雨取千佳相遇。

黑触发争夺战篇(漫画第14～32话;动画第一期8～16话)

某天，游真是近界民的事被BORDER得知了，游真以一敌四与三轮队战斗后大胜，后来在迅介入调解的情况下结束了战斗。但是，BORDER本部司令城户策划消灭游真回收他的黑触发。对此迅让游真加入BORDER玉狛支部来保护他。游真最初拒绝了入队，最后为了帮助想入队寻找和救助被掳去近界民世界的哥哥和友人的千佳，决定与修一起入队。

为了夺取游真的黑触发，本部向玉狛支部派去了城户派的远征部队(太刀川队、冬岛队、风间队)以及三轮队，要他们四队联手拿下游真，但是迅和忍田派联手，与A级5位的岚山队共同作战，迅使用黑触发的力量成功打退了对方。之后，迅以自己的黑触发风刃换来了游真的BORDER入队许可。

BORDER入队篇(漫画第33～43话 ;动画第一期17～21话)

游真和千佳终于如愿以偿的进入BORDER。当天进行的训练中两人展现出了超于常人的才能。另一边，修也和A级队员风间进行了模拟战。

大规模侵略战篇(漫画第44～85话 ;动画第一期22～37话)

某天，三门市再次开启了无数的门，近界的其中一个国家，军事大国阿夫特克拉托尔来侵略。开始了和新型三离子兵拉比特以及包含黑触发使用者在内的多名人形近界民的大规模战役。

逃亡者篇(动画第一期49～64话)

动画原创故事，讲述未知的乱星国家强行袭击。

B级RANK战上篇(漫画第86～116话 ;动画第一期38～48话、第一期65～73话)

游真和修将在侵略战获得的点数全部给予千佳让她得以升到B级，而游真则靠着个人RANK战赚取点数，也同样升到B级。

之后三人正式结成B级部队“玉狛第二”，开始以入选远征部队为目的参加B级RANK战。

远征舰防卫战篇(漫画第117～136话 ;动画第二期1～4)

为了抵抗神之国的附属国-伽罗普拉要阻止玄界的远征计划，而开始了和三离子兵爱朵拉、三离子犬多葛以及伽罗普拉多名人形近界民的远征舰防卫战役。

B级RANK战下篇(漫画第137～199话 ;动画第二期5～)

高层同意让休斯加入到Border组织，其条件是要先让雨取独自加入远征队，因此三云他们为了可以加入远征部队而朝着B级前两名队伍可入选远征部队为目的迈进。

远征选拔篇(漫画第200话～)