内容描述一位平凡且善良的高中女生小春，在一次放学途中用棍网球球把救了一只猫，意外开启了一趟奇幻冒险经历。小春救的是猫王国的王子，“猫王国度”的猫国王为了报答她，不断送她礼物(甚至还有老鼠)，并邀请小春到猫王国作客，猫国王希望她嫁给猫王子。

无助的小春向“猫咪事务所”的猫男爵(バロン)求助，遇到肥猫胖胖(ムタ)、乌鸦多多(トト)。突然，小春被一大群猫强行带往猫国，猫男爵和胖胖、多多紧追进入猫国。待在舒服的猫国中，小春渐渐地长出猫胡须和猫耳朵，小春快变成真正的猫了。在猫王的阻挠之下，小春、猫男爵和胖胖拼命的奔往迷宫出口，想让小春在天亮之前重回人类世界，否则将永远做猫。

21世纪初，日本的首都东京被外部入侵者“姆”(Mu)用半圆形的障壁与外界隔绝，身处障壁外部的人称该障壁为“东京木星”(Tokyo Jupiter，因障壁的外观酷似木星)，身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后，居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中，遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中，遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”，并在她的引导之下，到了一座地下神殿。此时，东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”，并与绫人产生了“共鸣”，使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中，绫人说了一声“RahXephon”。然后，神殿内的“巨人”觉醒了……