突然出现在的神秘飞翔体“灾”，压倒了人类的航空战力。为了与之对抗而开发的，便是对现有机体进行改造，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。

它──竟拥有少女的外表。与鸣谷慧相遇的是闪耀鲜红光辉的战斗机，以及驾驶它的阿尼玛·格里芬。作为人类王牌的少女，还有一心向往天空的少年，两人的故事就此展开。

每集列表

讲述冈岛绿郎，本来是一位普通的日本公司职员，在一次运送公司违法资料的途中被绑票，期间向公司求助时被公司抛弃后在一个名为黑礁商会的佣兵船队里做见习水手的故事。故事的地点设在一个虚构的泰国海滨城市——罗阿那普拉（Roanapur）。黑礁商会的雇主多为聚集在罗阿那普拉的各个黑帮势力，任务一般是在海上运送各种各样的“货物”或协助别人逃跑。黑礁商会主要的运输工具是一艘配备鱼雷的海上快艇。

本作包含大量对暴力和犯罪的描述，同时亦加插了些许黑色幽默。从故事的背景设定以至角色和其对白都可以看出作者对科恩兄弟和昆廷·塔伦蒂诺等导演，与及暴力美学的致敬。同时基于作者对枪械的浓厚兴趣，在黑礁里出现的各种武器和运输工具大部分都在现实中存在的。而在动画中对武器的描写也非常细腻，因此黑礁无论是漫画抑或动画均受一部分军事、枪械迷爱戴。

世界观设定

黑礁商会

罗阿那普拉当中小有名气的运输业者，与大部分组织的关系良好，目前成员只有四个人，主要的受雇工作内容大多都是以运输军火和窃取重要文件等非法物品运输业务为主。

莫斯科大饭店

俄罗斯黑手党，为罗阿那普拉众多黑帮中最强的势力之一。，在罗阿那普拉的分枝由巴拉莱卡带领，成员大多为前苏联红军。

三合会（中国香港黑帮三合会罗阿那普拉分部）

在罗阿那普拉担任调停以及联系各帮派的和事佬角色，与莫斯科旅馆和黑礁商会的关系良好。

暴力教会

当地的一家教堂，由神职机构以及慈善事业的掩护下进行军火走私以及毒品贩卖，为故事中当地最大且唯一被其他黑帮所同意下经营的军火供应商，所有神职人员都一律配带武器，此处为中立地带，任何擅自以武力攻击此处者都会遭受毁灭性的反击。

裴洛基欧家族

罗曼阿普拉的意大利黑帮，由于无法在当地占据有利地位而被祖国的总部施压，原本打算以汉赛尔与葛丽特打乱平衡，趁机占有一席之地，但计划失败后打算将双胞胎灭口，却反被汉赛尔与葛丽特全部铲除。

国家社会主义白人团结党

美国的少数派激进政党，信奉纳粹主义，企图建立新纳粹的势力。

鹫峰组

日本东京的黑道组织。

香砂会

和鹫峰组同为加盟和平会的黑帮。

真主党

存在于现实的伊斯兰教恐怖组织，为黎巴嫩的主流党派之一，立场上与以色列敌对，较为同情巴勒斯坦，因此多次与以色列隔空交火，甚至支持对以色列进行恐怖攻击的巴勒斯坦解放组织（PLO），令临近的沙特阿拉伯和约旦敌视。

“我愿意成为你的式神，一直在你身边，永远保护你。”

很久以前，年幼的男孩对着女孩定下约定，在他还不知道“将来”的意义之前──

大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而重新建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔，土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，而夜光成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。

但在大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不只做为执行者的夜光身亡，还强烈的扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。

土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能可言，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来，将要引领他走向充满曲折的“未来”。