东京篇
主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)
京都篇
前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)
漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。
追忆篇
故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)
OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。
人诛篇
雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)
番外篇
结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。
第零幕
2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。
北海道篇
2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。
因失眠而烦恼的高中男生中见邂逅了有同样烦恼的伊咲。
放学后，在现已成为仓库的学校天文台，
转瞬即逝的睡眠后，一段共有秘密的奇妙关系开始了……
读着读着就会开心地笑起来，然后和他们一同陷入恬静的睡眠中。
同时也直接描绘了男生女生从友情到恋情的青涩。
“你的不眠之夜一定也有其意义。”
在每四个日本人中就有一人患有睡眠障碍，青少年的失眠症患者也在剧增的现代，
在疲惫不堪却又睡不着的痛苦的漫漫长夜里，
这是一部告诉你“不再孤单一人”的作品。
《键等》故事描述，“私立键等学园”，这是一个跨越 20 年，赚取 Key 粉丝热泪超过琵琶湖总水量、汇集传说猛者们的魔境…不，应该说是理想乡。粉丝们的眼泪已无法满足他们，因此他们决定将世界的隔壁破坏，集结在一起，讴歌著这无比快乐、无比自由，仿佛梦一般的世界。
登场人物
Kanon
相泽祐一（相沢 祐一，声：杉田智和）
月宫亚由（月宮 あゆ，声：堀江由衣）
水濑名雪（水瀬 名雪，声：国府田麻理子）
川澄舞（川澄 舞，声：田村由香里）
美坂刊（美坂 栞，声：佐藤朱）
泽渡真琴（沢渡 真琴，声：饭冢雅弓）
AIR
国崎往人（国崎 往人，声：小野大辅）
神尾观铃（神尾 観鈴，声：真田麻美）
雾岛佳乃（霧島 佳乃，声：武田彩良）
远野美凪（遠野 美凪，声：柚木凉香）
CLANNAD
冈崎朋也（岡崎 朋也，声：中村悠一）
古河渚（古河 渚，声：中原麻衣）
藤林杏（藤林 杏，声：广桥凉）
藤林椋（藤林 椋，声：神田朱未）
坂上智代（坂上 智代，声：桑岛法子）
伊吹风子（伊吹 風子，声：野中蓝）
一之濑琴美（一ノ瀬 ことみ，声：能登麻美子）
春原阳平（春原 陽平，声：阪口大助）
Little Busters!
直枝理树（直枝 理樹，声：堀江由衣）
枣铃（棗 鈴，声：民安友绘）
枣恭介（棗 恭介，声：绿川光）
井之原真人（井ノ原 真人，声：神奈延年）
宫泽谦吾（宮沢 謙吾，声：织田优成）
神北小球（神北 小毬，声：柳濑夏美）
三枝叶留佳（三枝 葉留佳，声：铃木惠子）
能美·库特莉亚芙卡（能美 クドリャフカ，声：若林直美）
来谷唯湖（来ヶ谷 唯湖，声：田中凉子）
西园美鱼（西園 美魚，声：河原木志穗）
Rewrite
天王寺瑚太朗（天王寺 瑚太朗，声：森田成一）
神户小鸟（神戸 小鳥，声：斋藤千和）
凤千早（鳳 ちはや，声：篠宫沙弥）
千里朱音（千里 朱音，声：喜多村英梨）
中津静流（中津 静流，声：铃木惠子）
此花露西娅（此花 ルチア，声：朝树里沙）
篝（篝，声：花泽香菜）
planetarian
星野梦美（ほしの ゆめみ，声：铃木惠子）