故事的主角是萊因布安王国被遗弃的公主帕希菲卡。第5111个圣格林德预言说她是“毁灭世界的猛毒”，时间是当她满16周岁时。因为这样，当帕希菲卡还是婴儿时就被人从山崖上丢弃。直到她15岁时，无人知道她依然还活着。帕希菲卡被一位巫师所救并且被卡斯爾家族收养。卡斯爾家族的长男夏農和长女拉克維爾更成为了她的保护者。夏農是一位剑客，拉克維爾是位魔法师。他们的能力都很强。

在整个故事中，他们一直跟着帕希菲卡，保护她免于遭到那些害怕预言结果的人杀害。另一方面，帕希菲卡却没有什么能力可以保护自己。随着故事的发展，预言的真相渐渐地浮上了水面。帕希菲卡将要毁灭世界的说法好像是谎言，而帕希菲卡则必须意识到她潜在的命运。原来自从5000年前以来，人类世界就一直受秩序守护者所控制。人类文明也被局限在中世纪的发展阶段。而帕希菲卡是唯一一个可以改变这个局面的人。因此帕希菲卡被称为律法破坏者，这才是她被追杀的根本原因。

时间线

这个故事发生在公元7000年至7500年之间。故事中说中世纪发生在6000年前。如果我们认为中世纪大约为公元500年到1500年，我们可以加上6000年得出故事发生的时间。

第一章 怒涛般的一日(怒涛の一日目)(小说第一卷、漫画第一章全11话、动画第一季第1-3话)

身为家里蹲的少年菜月昴，在从便利商店回家途中突然发生意外被传送到异世界。少年原以为自己完全没有任何特长。但本来应该因为遭遇袭击死去，回过神来后一切却都被重置。发现自己“死亡回归”的特殊能力后，为了拯救少女，少年跨越无数次绝望，一次次地死亡并重新来过。

第二章 动荡的一周(激動の一週間)(小说第二卷-第三卷、漫画第二章全19话、动画第一季第4话-第11话)

醒来时发现自己身在罗兹瓦尔宅邸的昴，认识了双胞胎女仆——拉姆和雷姆，以及守护禁书库的碧翠丝。昴争取以男仆身份入住宅邸，在双胞胎女仆的指导下，开始进入罗兹瓦尔宅邸的新生活。然而，却在某天醒来后发现自己又开始了死亡轮回。为了守护最重要的人，即使面对无数绝望，昴也要从死亡的命运中开拓未来，突破这无尽的轮回。

第三章 再访王都(再来の王都)(小说第四卷-第九卷、漫画第三章全53话、动画第一季第12话-第25话;第二季第26话)

昴在罗兹瓦尔宅邸期间生活一周后，王都使者造访宅邸，向爱蜜莉雅传达王选的消息。昴与爱蜜莉雅于是重返王都，并与之前分别的旧识们重逢。在王都昴结识了众女王候选人，并决心帮助爱蜜莉雅争取王位，却因为误会而遭到了爱蜜莉雅的拒绝。在最恶劣的情况下和爱蜜莉雅别离，昴逃避般寄身至库珥修宅邸，但此时爱蜜莉雅陷危的消息传到了他耳中。他试图挽回一切，但真正的“恶意”正挡在前头……

第四章 永远的契约(永遠の契約)(小说第十卷-第十五卷、漫画第四章9话(连载中)、动画第二季第27话-)

从王都带着避难村民归还的昴与爱蜜莉雅，与女仆法兰黛莉卡会谈后决定前往“圣域”一探究竟。然而爱蜜莉雅却在踏入圣域的瞬间昏迷，醒来后更被告知已无法离开圣域。被迫进行“试炼”的爱蜜莉雅与意外获得“试炼”资格的昴面对陆续降临的危机。昴必须在困境中找出正确选择，拯救被束缚在禁书库中四百年的精灵，缔结永远的契约。

第五章 镌刻历史的群星(歴史を刻む星々)(小说第十六卷-第二十卷、动画第二季)

离开圣域后一年，爱蜜莉雅阵营迎来了新的冒险——水门都市普利斯提拉。在那里等待着的是新的相遇与命运的再会，但平静背后暗涛汹涌。昴来到异世界后最大的危机——愤怒、贪婪、色欲与暴食大罪司教一同袭来。都市的陷落与挺身对抗的王选阵营，只有勇于挑战命运的人，才可能成为镌刻历史的群星。

第六章 记忆的回廊(記憶の回廊)(小说第二十一卷-)

极东大瀑布旁的奥古利亚沙漠，全知者驻留400年的监视塔。像是偶然又似乎命中注定地，昴前来挑战这数百年来无人能到的难关。凶恶的魔兽与魔女的瘴气，未知的魔法与瞬间夺命的狙击。“贤者”夏乌拉是否真能为昴释疑?监视塔里又藏有什么秘密?原为了终结而来，过去却接踵而至。在昴一行人之前铺排著的，无疑是来自这世界记忆回廊的一出恶戏。

2040年代的虚构日本城市新滨市，经过第三次和第四次世界大战洗礼的近未来科技已可将人类除大脑外的所有身体器官用生化电子的义体代替，并将人类大脑改装成与具有互联网功能的电子脑。上层社会和有经济条件的中产阶级人类纷纷进行义体手术，加装先进的电子脑，并用性能更高的人造义肢替换原有的身体器官——赛博格（生化人）已然渐渐成为社会常态。

人类社会的全面义体化（电子化）虽然带来了巨大的便利，却也不可避免地催生出了一种新的犯罪方式——电子犯罪。电子化并互联网化的人类开始受到黑客攻击，暴露在大脑被入侵、记忆被篡改等危险之中。日本政府因此专门成立了首相直属的特别情报机构“公安九课”（也就是所谓的“攻壳机动队”），来应对这种新兴的犯罪。故事中女主角草薙素子自幼便全身义体化，装备有最先进的军用义体，并在电子设备中如鱼得水，是出色的黑客。2029年正式加入公安九课，并以她卓越的指挥能力获得了队员们的信赖，被亲切地称为“少佐”。

《攻壳机动队》系列因其赛博朋克并带有反乌托邦性质的世界观著名。作品中对于未来科技有着精密的设想、考据和描绘，很多出现在其中的概念如今已然成为了现实，《攻壳机动队》也因此获得了众多硬科幻爱好者们的赞赏，并对后世的许多科幻作品有着显著的影响。（具体细节请参考#总体评价）

就《攻壳机动队》的不同版本比较来说，士郎正宗原著的漫画以短篇单元剧为主，人物通常比较轻松幽默，剧情也并非异常复杂，但往往有探讨研究各种科技或社会问题的大段对白文字，因此在分类时属于青年漫画。押井守导演的著名动画电影则十分严肃，人物角色完全没有漫画中轻松的儿童个性，以探讨深刻的哲学话题为主，电影整体也营造出一种沉闷、昏暗并略悲观的氛围。神山健治导演的电视动画则大概介于两者之间，如要分类的话应该是含有大量政治剧情的科幻警察刑侦电视剧。