《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。

瘦弱的高校一年级学生—小早川濑那，因时常跑腿而有惊人的速度，因此被“泥门恶魔蝙蝠队”队长蛭魔强迫拉拢入队，充当着神秘的“光速跑者21号”。小早川濑那加入泥门高校的美式足球社后，目标是与泥门恶魔蝙蝠队的队友们一起打入“圣诞节大赛”，之后则是与日本各地明星球员组成日本代表队一起迈向“美式足球青年世界杯大赛”，打倒美式足球的起源国——美利坚合众国。

星元122年――

在众多企业扩展到宇宙并构筑巨大经济圈的时代，

有一名少女自边境地区·水星转来MS产业的最大企业“贝纳里特集团”旗下所经营的“阿斯提卡西亚高等专门学园”。

她名为苏莱塔·墨丘利。

内心纯真的少女随着胸口鲜红的闪烁亮光逐步迈向新世界。

机械设定

制作方公开的本系列作品中登场MS采用了与以往作品中出现的机动战士所不同的设计，有着独特的腿部构造，使其在动作表现上较以往更为出色。

风灵高达（ガンダム?エアリアル，Gundam Aerial）

主角机动战士风灵高达采用与历代高达一样的三色配色，有着圆润的腰部、前卫的装甲以及醒目的腰身。在万代公开的HG模型中，该机在头部、胸部和腿部都使用了透明部件，胸部则有着如预告片中一样的类似发光的部分。头部下巴位置线条干净给人以女性的感觉，在模型SD化后，比HG和设定图稿更明显地体现出了头顶天线部位半透明结构，以及双眼间白色面具上类似鼻子的设计。大腿部的装甲在直立时遮蔽住的膝关节，在活动时才会显露。

采用了“GUND型”的机动战士“GUND手臂”的其中一机，装备了由十一个GUND单元组成的盾牌，亦可以用作全方位攻击，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。

魔灵高达（ガンダム?ルプリス，Gundam Lfrith）

与正片主角风灵高达不同，魔灵高达在同样前卫的设计下较少显现透明部分。该机在胸口黑色部分呈现出本作系列机械设计的感觉，且在双肩开口部展现出类似管状设计。

采用了革新技术“GUND型”的机动战士“GUND手臂”，装备了由七个GUND单元组成的盾牌，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。

魔灵高达 量产试作型（ガンダム?ルブリス 量産試作モデル，Gundam Lfrith Pre-production model）

魔灵高达的量产试作型，背包装备了收纳GUND单元的大型发射器。

异端审判者（ベギルベウ，Beguir-Beu）

异端审判者在机体各处凸显了半球状设计的部件。投入了最新技术的高性能机体，搭载了两颗有线式兵器“非动力炉”，可射出攻击。