东京篇

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)

京都篇

前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)

漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。

追忆篇

故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)

OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。

人诛篇

雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)

番外篇

结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。

第零幕

2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。

北海道篇

2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。

上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

作品背景设定在被称为“杰米娜（ジェミナー）”的异世界中，而在这里各国之间的战争总是纷乱不绝，而该时使用的兵器是由古代遗迹中发现的巨人所复制的“圣机人”，而故事便由15岁的主角柾木剑士被召唤到了这个世界之后展开。

用语

克洛

外貌可爱且拥有感知能力的生物，被各国当作警报器。

圣机人

使用亚法技术的兵器，使用亚法动力炉（亚法结界炉）的人型武器就是“圣机人”。

而圣机人是将从古代遗迹发掘出来象征力量的圣机神作为原型发展出来，为了和圣机神“盖亚”有所区别，因此改名为圣机人。

圣机人是在埃纳海中发挥巨大力量的绝对兵器。

但是圣机人有一个很大的缺点，那就是搭载在其身上的高出力亚法动力炉会在回转时会发出阻碍大脑生理机能的特殊震动波，一般人如果受到这特殊震动波的影响会做成亚法醉的状态。

其实是古代文明做为竞技娱乐开发出来的战斗机器人，密集召唤异世界人做为机师，但被称为圣机神的盖亚失控暴走使该文明毁灭。

根据天地无用第四期OVA，古代文明已掌握星间航行能力，但经历文明毁灭数千年目前仍归类在初期文明，因此树雷皇家的干涉受到限制，否则一艘树雷船舰便能轻松击毁圣机神。

圣机师

是指对搭载的高出力亚法动力炉在回转时会发出阻碍大脑生理机能的特殊震动波拥有高的耐性的人，而有极高耐性的人大多数都是从异世界被召唤而来的人。

另外，圣机人因操控的圣机师的特性而变化形状。也就是看圣机人的形状就能确定圣机师。

然而，圣机人的数量受到教会的严格限制和管理，各国在不能增加数量情况下，只能圣机师提高质量，虽然操纵技术可以后天修得，但是耐久持续力则是先天的，而且实际上圣机人成本比起庞大的军队与武器来要便宜许多，所以各国会对优秀的圣机师给予各种特权。

同时，各国为了生下高能力的后代，圣机师的婚姻都受国家管理，女性圣机师尽到了义务后就可以自由恋爱结婚，但在尽到义务前，女性圣机师的腰部会加上避孕结界(代表在尽义务前也可以发生性行为!?)，因男性圣机师的出生率极端般的低所以没有自由恋爱结婚这个权利，由国家完全控制和管理。

异世界人

只能通过在待定星象的情况下进行召唤仪式从异世界召唤过来的人，其中黑暗精灵便是先史文明所召唤的（黑暗精灵所特有的负面时间便是因异世界（杰米娜）环境所造成的）。

只是柾木剑士是特别例子，因为他不是召唤过来，以是异世界（地球）传送过来（杰米娜）。

其作为圣机师能力必然很高，因此地位及发言权也相对极高，而因他们的喜好和推广产生许多奇怪的风俗。如：带猫耳著高叉泳衣为圣机师加冕时正式服装、女性游泳时是著薄纱睡衣来游泳、哈伯利亚的传统欢迎礼仪--枕头战等等。

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