东京篇

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)

京都篇

前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)

漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。

追忆篇

故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)

OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。

人诛篇

雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)

番外篇

结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。

第零幕

2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。

北海道篇

2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。

首部结合偶像歌手、恋爱、战机变形机器人等元素的动画剧集，当时掀起一波热潮。西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。

重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行，直至战争结束，地球恢复平静，这艘ASS-1终于重建完成，并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天，马克罗斯突然失控自动发射主炮……

创圣记0011年，地球发生了一场大异变。南极的冰层溶解，原本在1万2千年前被毁灭的亚特兰迪亚浮现，长着羽翼的民族坠天翅族苏醒。坠天翅族拥有超过人类的高度智能与特殊力量。1万2千年前他们在亚特兰迪亚建立起高度的文明，对他们称为无翼者的人类肆意捕杀。然而人类也没有放弃反击的机会，自海底遗迹挖掘出在“创圣之书”中，传说的兵器——3架古文明的战斗机Vector Machine，借由不同的组合的变形、合体。Vector Machine可化成不同形态的人形兵器机械天使。当时坠天翅族最强的守护天翅阿波罗尼亚斯，便是与人类靠着机械天使的力量，将原本优势占尽的坠天翅族逼进灭亡的深渊，为了与坠天翅族对抗，新联合国设立了地球再生机构—DEAVA，负责运用机械天使。因此，一群拥有特殊能力的少男少女被召集起来，训练成为机械天使的驾驶员。

DEVEA的兵器

机械天使

“机械天使”是本作登场的巨大人型机器人。由三台形状不同被叫作“Vector Machine”的战机加以“合体”成三种不同造型。另外也有量产型的“强攻型”存在。

身为设计者的河森正治自己公开说、上述的合体的理念是要向盖塔机器人致敬、并且无视本作构造上的不可能而要实现“完全变形?完全合体”的想法（但事实上却造不到，本作唯一的可变形玩具最后只有万代的DX超合金，却有不少额外配件要装上及拆下，被玩家们投诉，更于发售时因销量不佳而要大幅度降价贩卖）。河森以前在用纸作盖塔机器人时、无法再现变形和合体，于是想到“有天要来作看看”而成为本作的原点。虽然这样讲，但实际上和盖塔机器人号是完全不同的构造（上半身下半身由两台合体成一个人型、剩下的一台合体成背部，可以说第三台机体是可有可无的。）。每台Vector Machine的造型都很美丽，分离时的的确确能看出比盖塔机器人号更为进化的设计。但构造上，合体时因为无法改变背部沉重（占全重量的1/3）的事实，所以说是独立于盖塔机器人号和同样的玩具则是有点困难，实质玩具上如不用上支架支撑的话几乎是站不稳，更勿说要摆出不同造型。

因为这样的缘故，河森当初就很热切希望就这样依据作中的构造而加以玩具化，于是用乐高积木作出试作品并且拿到本作的赞助商万代那边给他们看。因为对于它的高完成度印象深刻，于是万代的人员在他的协助下，和动画制作同时期制作出超合金模型，而大致完成如印象般的机械天使。机械天使的可动部位因为相当多使得它的变形自由度比想像的高，而游玩超合金试作品的河森反过来发现新的型态，也似乎有让这个型态在动画中登场，而“强攻型机械天使”的ARMAGEDDON形态、AssaultWalker这两个型态也是因为这样的过程而在动画中登场。之后“强攻型机械天使”也以DX超合金模型身份加以商品化，而且还附送有无限拳用的辅助模型。玩具上最后因设计不佳，以及拥有多项缺点，例如不能独自站立，外型古怪（其中一些手臂过短，一些却手臂过长），需要额外配件才能变形合体，造不到原本概念中的完全变形等等，最后曾数次把定价降低来出售。虽然河森正治说机械天使的设计是要向盖塔机器人致敬，但与之相比，机械天使的设计过于简单，甚至连盖塔机器人最基本的三位一体概念（事实上只需两台已可合体）都做不到，在推出后被大量动漫迷们唾骂，指出其是对盖塔机器人的侮辱，可以说是河森正治的机器人设计生崖中的最大败笔。

Vector Machine

三台Vector Machine并没有特定的驾驶员、会因应状况而从元素人之中选出驾驶员。

太阳战机（Vector Sola）

从古雷塔岛海洋的海底遗迹发现的战机、为“Vector Machine”中的一台。特性是可让搭乘的元素人（驾驶员）的“气”和“特异功能”增强。机首的两旁武器为二门光束炮。大部分由阿波罗驾驶。

月亮战机（Vector Luna）

特性是可让搭乘的元素人的“感受性”和“回复力”增强的Vector Machine。从西薇亚开始、大多由女元素人驾驶。

火星战机（Vector Mars）

特性是可让搭乘的元素人的“智力”和“作战指挥能力”、“思考力”增强的Vector Machine。机首和翼部总计有四门光束炮。大部分由希乌斯和皮耶尔驾驶。

机械天使基本3形态

由搭乘各战机驾驶员的精神在加以同步后、一起念出“念心合体、GO！机械天使！”然后排出阵式（阵式的名称也会由各驾驶员来加以决定、但共通点都是排成三角形飞行）来开始合体。这时，所有人会有暂时性的恍惚状态（即是“好舒服”的状态）。

必杀技的自由度相当高、也没有特定的必杀技。因此能使出像体术或剑术等各种能力（所以时常的状况和自己的情绪也会跟着变成能源）。

太阳机械天使（Sola Aquarion）

（上半身：太阳 下半身：火星 背部：月亮） 全高48m／重量88t

能够引出元素人格斗能力且重视攻撃力的形态。可说是拥有最强的攻撃力。与其他形态相比，对元素人能力的増幅程度更高、当太阳羽翼打开时更能发挥出它的力量。另外也会增加它的物理防御力。只要得到擅长剑术的元素人之力就能使出太阳剑。必杀技分别有、阿波罗使出的“无限拳（むげんパンチ）”、阿波罗和皮耶尔使出的“火焰神拳”等。顺便一提，也有下半身是欧美加战机的版本。

月亮机械天使（Aquarion Luna）

（上半身：月亮 下半身：太阳 背部：火星）

左手持有大型的弓“月亮弓”、也能放出光波手里剑等投掷道具。拥有能操控风和波浪等自然现象的力量。当羽翼全开时，还拥有浮空能力。另外对于敌人的魔术攻撃，也能使出防御结界。必杀技分别是、丽花使出的“昇龙天雷（ライトニングドラゴン）”、西薇亚使出的“月亮弓”、“螺旋箭”。似乎可以使出月光剑、但在本编并未使用。顺便一提、是剧中最初登场的形态。

火星机械天使（Aquarion Mars）

（上半身：火星 下半身：月亮 背部：太阳）

能使用星空剑等擅长剑术的形态。与其他形态相比，速度相当快。是3形态中脚最长、重心也最高的、无论什么样的姿势都能砍杀敌人。另外、对于电撃和光束等能源攻撃有很高的防御力也是特征。必杀技分别是，西乌斯使出的“延伸剑”“嫉妒变性剑（ゼーロテュピアーグラディウス）”、皮耶尔使出的“烈火爆裂踢（ファイヤーキック）”等。

强攻型战机

阿尔法战机

新国连军和DEAVA秘密共同开发的量产型Vector Machine的其中之一、以太阳战机为原型。在植入堕天翅的羽翅后、能力异常强化而由元素人驾驶。机首的中央部分、装备有Impact加农炮。

OVA版中、成为DEVEA的主要战力。拥有合体功能、由于和原装版也能合体成功所以他们的合体结构似乎和原版版一样。

戴尔塔战机

以月亮战机为原型的量产型Vector Machine。驾驶室装备有能使用堕天翅羽翼的操纵装置。装备有2管30mm攻击型弹荚。

欧美加战机

以火星战机为原型的量产型Vector Machine。和戴尔塔一样、驾驶室同样装备有能使用堕天翅羽翼的操纵装置。

强攻型机械天使基本3形态

阿尔法机械天使

（上半身：阿尔发 下半身：欧美加 背部：戴尔塔）

使用巨大的Impact加农为武器的形态。可以用堕天翅羽翼发射出PSG量子反应炮。

戴尔塔机械天使

（上半身：戴尔塔 下半身：阿尔发 背部：欧美加）

能从两手腕部连射导弹的形态。两腕装有枪弹荚、也能够把它们当作拐棍一样使用。

欧美加机械天使

（上半身：欧美加 下半身：戴尔塔 背部：阿尔发）

双手以30mm攻击型枪弹荚为武器的形态。也可能使用头部的二门格林机枪。

机械天使及强攻型机械天使的特殊形态

太阳月亮机械天使

能把自己的手腕拿掉来移动太阳机械天使的身体、背部的月亮则是头部和手腕所组合的特殊形态。不但有着太阳的力量、也能使用丽花的拳法和弓箭攻撃。由丽花所命名（命名瞬间，还让皮耶尔发出惊叹声）。

高次元合体机械天使

三个元素人的心?体?魂同步而合体、然后从亚空间召唤质量而变巨大的太阳机械天使。必杀技为三位一体的“超3D无限拳（こうじげんむげんアタック）”。

莉娜用机械天使

因为理娜的普娜拉能源吸收能力，而闪耀白银光芒的太阳机械天使。必杀技为“吸血银色十字架”。

妄想型机械天使

由从异空间冲出来的捷陆毕姆兵与席鲁斯驾驶的火星战机加以合体、而变成设计相当简单的火星机械天使。但和通常以3DCG描绘的机械天使不同的是，是用2D来描绘。

机械天使 Angel

（上半身：欧美加 下半身：月亮 背部：太阳）

由于希乌斯的背叛而失去火星战机、于是让本来没有预计要和原版Vector Machine合体的强攻型欧美基战机加以合体成功而出现的机体。合体时的口号为“紧急合体”。能叫出剑柄部分为黑色的星空剑。必杀技分别是，西薇亚的“哀天使剑（かなしみのエンジェルソード）”、继美的“爆爱无限光”。

强攻型机械天使?ARMAGEDDON形态

由欧美加机械天使变形成的六足歩行形态。上部装备有冲击加农炮、能发射出最大出力的PSG量子反应炮。

强攻型机械天使?AssaultWalker形态

由阿尔发战机变形而成、拥有飞行形态和机器人形态两个特征。外表和河森的另一部作品VF-1女武神的GERWALK形态很像。

强攻型阿尔戴尔塔机械天使

只存在于设定中而未在本编登场。基本因为和太阳月亮的合体模式相同、所以被认为和太阳月亮同样的威力。

双机合体

OVA版中出现的型态，阿波罗为了阻止逃走的西薇亚，强制将两架Vector直接以连结部进行合体，因为构造不完全无法变成机械天使仍以Vector的型态行驶。

堕天翅族的兵器

捷陆毕姆兵

堕天翅族派出的人型兵器。长长的手脚和尖锐的爪子是特徴。头部能发射光束。速度相当快、能用无法猜测的行动来扰乱机械天使。有各种形态，也有用特殊能力来攻击。有时会有堕天翅或灵魂进来驾驶。

捷陆毕姆?BlumenBlood

有着像花朵般的头的捷路毕姆兵。由于传送头翅的灵魂而让他的力量更加发挥出来。

神话兽

堕天翅族使用生命之树之力而产生出来的对人类攻撃用兵器。有着各种造型和能力。其他还有以较小型的神话兽“小型兽”。

收获兽

为了吸收生命源而补抓人类的神话兽。有着像是双髻鲨的巨大头部、会从腹部发射光线来将人类加以吸收抓走。

Xibalba

神话兽之一。有巨大的爪子、爪子也能变成钻头状而在地底作高速移动。可以分离出无数的刺像是诱导弹一样来攻击。

月亮捷陆毕姆

由头翅给予“月亮”之力的捷陆毕姆兵。擅长计算和敌人的距离、来避开攻撃后、发射电撃弹来加以攻击。

Antikhton

有着正十二面体的构造、表面上无法确定有十面的有着神圣几何学模様的神话兽。看到它时，会因为歪曲掉自己的认识构造而加强自己的负面感情。

Grave捷陆毕姆

有着非常坚硬的装甲、而能弹开所有攻撃的重量级捷路毕姆兵。有着钻头状的手、除了能使出强力的拳击、也能使用像是导弹的飞行攻击。

泰塔尼亚

能产生梦的神话兽。被它的梦囚禁的人会一直沉睡着而持续吸收普拉那。

捷陆毕姆?イスキューロン

錬翅从神话中复制而作成的两翅専用捷路毕姆兵。设计成能接受两翅的强力力量、锤子状的手腕一击能生出可怕的破坏力。然后它的身体也能分离、所以也擅于回避和攻撃。

捷陆毕姆?シュルルクベラ

头翅和音翅驾驶的捷陆毕姆兵。有着复座式的驾驶舱、有着无法从那美丽的样貌想像出来的快速攻击。取下它腰部的裙子部分、能用来作为双剑攻击。

军霸&混军霸

2体能变为1体的特殊神话兽。如果打倒其中之一，其心脏会瞬间转到另一个身上而有着可说是不死的身体。因此不同时打倒两个的话就无法击败它。

黑理娜

能利用元素人深层心理的“恐怖”加以实体化的镜子型神话兽，长的像是理娜。有着锐锐的牙齿、能将咬中的人加以吸收他的生命源。

蒙吉

以奈米为单位的超小型神话兽。因为它的小、而能侵入所有地方、可以把人类的食物加以吃光。也能够侵食机械天使。

木乃伊机械天使

有着像是原版机械天使形状的高次元量子模式、然后连合体也完全抄袭的机械天使型的神话受。当然也合体成太阳、月亮、火星三形态、并且依据不同的合体来攻击。

捷陆毕姆?ヴェルルゼバ

由头翅操控、最强的捷陆毕姆兵。有着比普通捷陆毕姆更高的战斗力和更快的速度、怎么样的姿势都能攻击?防御。能从两个手腕出现剑、而用像是特技般的攻击来搅乱敌人、还能因此使出一击必杀的攻击。和机械天使的战斗相当激烈。

火星捷陆毕姆

由成为堕天翅族的诗翅（希乌斯）驾驶的火星战机和捷路毕姆兵合体成的人型兵器。在诗翅喊出“天翅合体”后而成。活用捷路毕姆兵的速度、而能反复使出星空剑。能用背部移动，也能由捷路毕姆兵的手腕部使出光束和尖爪攻撃。在捷路毕姆兵的部位受伤的话、还能叫出另一个捷路毕姆兵来交换（口号是“再生合体”）。

Halbe

由于诗翅（希乌斯）来到亚特兰提亚而让世界神话的平衡发生变化、使生命之树作出像是雪的形状收获神话兽。接触者会长出像是冬虫夏草的花、而被吸尽生命源。因为从亚空间大门直接降落下来、使堕天翅族能在亚特兰提亚就能大量吸收生命源。