故事设定在第二次世界大战后，日本的国家主权受制于美国。90年代中期。日本首都制药公司在大脑机能领域开发出了新药。新进和平塾得知后开始推行雅典娜计划。共聚集了26个小于5岁的孩子，人工培养出类学者症候群。但药物严重的副作用导致孩子相继死亡，最终计划以失败告终。在这些孩子中NINE和TWELVE一起逃出了试验基地，而未曾逃走但幸存下来的FIVE则秘密被美国政府收留。

长大后NINE和TWELVE于某日在青森县的核废料处理设施中合同抢走了秘密开发的雏形原子弹，之后他们二人以斯芬克斯的代号针对参与了雅典娜计划的政府官员进行复仇。于是他们成功地炸毁了东京都厅的部分建筑，以此向社会引起警示。

半年后，暑假即将开始前的夏日里，先前不明身份的两人化名为九重新(其中九代表9)的9与久见冬二(日语中“冬”与10读音相同，二则指2)的12以转校生的名义来到一所高中，但不久又离开，期间他们在一栋大楼制造了恐怖袭击事件，并以此为某一计划的开始。之后两人开始以斯宾克斯(スピンクス)为名，在城市制造炸弹袭击事件(并未伤及人员)向他们所憎恨的已终止进行的“雅典娜计划”的策划者及执行者复仇，为此展开了与日本警视厅(特别是柴崎健次郎)的对战。

雅典娜计划(アテネ计画)

在90年代中期，专门从事脑机能研究的日本首都制药公司偶然开发出一种新药，成为一切的开端。新进平和塾看中他们的研究成果，于是就策划出“雅典娜计划”，毫无保留地投放大量研究费用和最优秀的人才。该计划成立的最终目标就是要用人工的方法，培育出一群有近似学者症候群的小朋友，换句话说就是他们想制造出一群人工天才。

不过那种新药不是对所有人都有效，只是对在成长期，即是五岁以下的小朋友才有效。因此主导这个计划的团体-新进平和塾，便为全国五岁以下的孤儿进行智能测试，将通过测试的小朋友召集回来。最后一共集合了26个小孩进行计划，他们全都是白老鼠。他们把那个地方称为“租界”，在那里进行实验。那里的小孩全都没有名字，因为是用实验号码来称呼他们。

不仅如此，新药的药效不是普通人的肉体和精神能够轻易承受。很多实验体的身体支持不了，又或是精神上出现严重问题，结果大部分都受不住而死掉。到最后，雅典娜计划以失败告终。

美国政府发现了这计划后随之介入，于是计划被迫于7年前被迫终止。实验结束之后，只Five存活下来，被美国机构接收，NINE和TWELVE则8年前(计划终止前一年)于“租界”放火，破坏保安系统，并且翻墙逃出。

每集列表

话数	日本标题	标题	剧本	分镜	演出	作画监督	总作画监督
#1	FALLING	坠落	矢野焦点	渡边信一郎	立川让	秋田学	中泽一登
#2	CALL & RESPONSE	呼叫与回应		立川让	青井小夜	山田歩
#3	SEARCH & DESTROY	搜索与毁灭		山冈实		秋田学
#4	BREAK THROUGH	突破	濑古浩司	青井小夜		岸友洋
#5	HIDE & SEEK	捉迷藏	熊谷纯	立川让		秋田学
#6	READY OR NOT	准备好了没	瀬古浩司	松尾衡 立川让	山冈实 岩田和也	山下喜光 秋田学 岸友洋
#7	DEUCE	平分	熊谷纯	鹿间贵裕	许平康	鹿间贵裕
#8	My Fair Lady	窈窕淑女	猪原健太	宫繁之	猪狩崇	西村贵世 中泽一登
#9	HIGHS & LOWS	高贵与卑贱	瀬古浩司	久木晃嗣 立川让 佐藤真二	久木晃嗣 武藤健司	山下喜光
#10	HELTER SKELTER	狼狈与混乱	猪原健太	三原三千夫	向井雅浩	秋田学
#11	VON	Von	濑古浩司	渡边信一郎 立川让 久木晃嗣	渡边信一郎	中泽一登 山下善光

位于东京下町的日式咖啡馆“LYCO RECO”。

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故事发生在遥远的未来。由于人类过度开采地球资源，地球变得荒芜而不再适合人类居住。人类在寻找新能源时发现了“熔岩燃料”，但“熔岩燃料”的开采会吸引来半机械生命体“叫龙”(叫竜(きょりゅう))的攻击。为对抗叫龙，幸存的人类发明了人形战斗机甲“FranXX”，并将男孩和女孩训练成“操纵者”(パラサイト，Parasite)，配成一对共同驾驶 FRANXX 与叫龙作战。其中一名男孩广在过去被视为神童。但他在一次失败后变得无法驾驶 FRANXX，这让他失去生存的欲望，直到他遇见一位名叫“02”的女性操纵者。故事由此展开。

登场机体

第13都市部队

鹤望兰(ストレリチア，Strelizia)

广与02的FRANXX机体。头部有着尖角、以白色为主的机体。02单独驾驶的情况下会进入Stampede Mode的四足野兽型态。配有名为“Queen Pike”的巨型长矛。

鹤望兰·天燕(ストレリチア・アパス，Strelizia Apus)

鹤望兰的巨大FRANXX机体。

鹤望兰·真·天燕(ストレリチア・真・アパス，Strelizia True Apus)

鹤望兰变身02新娘的巨大FRANXX机体。

翠雀(デルフィニウム，Delphinium)

莓与五郎的FRANXX机体。持有两把剑型武器“Envy Shop”。

青葙(アルジェンティア，Argentea)

未来与揃目(纯位数)的FRANXX机体。配备爪型武器“Night Claw”，擅长以高速进行接近战。

金雀(ジェニスタ，Genista)

开始时由心与太操纵的FRANXX机体，后改由心与满驾驶。有着看似大衣的重装甲，配有名为“Rook Sparrow”的附刺刀重型火炮。心曾在单独驾驶的情况下进入过Stampede Mode的四足野兽型态，但只持续数秒就被满制止。

吊兰(クロロフィッツ，Chlorophytum)

开始时由生野(郁乃)与满操作的FRANXX机体，后改由生野与太驾驶。手臂上一对名为“Wing Spang”的部件足以令它飞行一段时间，内藏的高速机炮使它擅长打游击战和进行支援。

第13都市部队以外的机体

第26部队量产机(第26部隊量産機)

26部队的FRANXX机体。机身以黑色为基础，眼睛部位为护目镜式，和13部队的机体不同，无法呈现出表情。不过机体性能相当，以采取联合攻击为主。

九式(九式(きゅうしき))

9's部队的专用的白色FRANXX机体。与其他FRANXX机体不同，是由雄雌蕊都可以担任机体和负责操作。

用语

APE

由来源、身份不明的科学家组成，统治人类的机构。

黄血球(黄血球)

人造血球，身为驾驶者的孩子们的血液中特有的成分，是与FRANXX进行同调时必需的化学物质。

EXLIXIR注射(エリキシル注射)

对于体质较弱的孩子们进行的药剂注射。使其身为Parasite的适应性大幅提升，但有着只有15%生还率的副作用。

大人/小孩(オトナ/コドモ)

在这个世界上已经进化的人类，“孩子”们都被以编号(Code Number)称呼。

叫龙(叫竜(きょりゅう))

袭击人类的巨大生物们的总称。以体型大小分为最小型的康拉德级(Conrad)、约有FRANXX两倍大小的莫霍罗维奇级(Mohorovičić)，一般简称莫霍级(Moho)，和有着超大体型的古腾堡(Gutenberg)级，以及有古腾堡级数倍大小，力量足以掀翻生态堡的超雷曼级。就算是同级也有不同的姿态与能力。血液为蓝色，有着会向熔岩燃料产生的能量反应处聚集的特性，必须破坏体内的核心才能将其消灭。在FRANXX被开发出来之前，击破叫龙需要动用数枚核弹才行。

实际上是叫龙人所制造、用来对抗VIRM的生物兵器。

Stampede Mode(スタンピード・モード)

指FRANXX脱离操纵者的控制，变形、暴走状态的情况。

第13生态堡“樱”(第13プランテーション「セラスス」，Plantation Cerasus)

主人公们所属的第13部队被分配到的生态堡(Plantation)。由于02正式配属至此处，所以被列入特别观察的对象之中。

于第15话大裂口攻略战中，在山脉型叫龙的强袭、西瓜虫型叫龙们的入侵、巨臂型叫龙的镇压下，陷入半毁坏的地步。

第26生态堡“菊”(第26プランテーション「クリサンセマム」，Plantation Coleostephus)

与“樱”连接的生态堡。第15话大裂口攻略战中被突然从正下方蹦出了山脉型叫龙击沉。

寄生植物(パラサイト，Parasite)

FRANXX的搭乘、操纵者们的总称。年纪都在十几岁左右，只会给予战斗所需的情报与资料，除此之外的事项皆为封锁状态，操纵者会给予编号互相称呼，在作息时间与活动空间都有着严格的管制。只有13都市部队成员是因为广的提议与命名才有了各自的名字。

雌蕊/雄蕊(ピスティル/ステイメン，Pistil/Stamen)

FRANXX的女性操纵者被称为雌蕊(Pistil)，男性被称为雄蕊(Stamen)。

FRANXX(フランクス)

人类为了对抗叫龙所制作的机器人兵器。

其运动性能与可施展的动作完全依照雌蕊的身体状态而定，在受创时对雌蕊会产生幻痛，受创严重的话会导致雌蕊昏厥使机体性能停止。必须要在雄蕊与雌蕊互相信赖的情况下才能发挥出机体真正的性能。

已知在搭乘的情况下会造成驾驶员的老化，如未来在大裂缝作战后就有头发发根开始变白的情况发生，若是一次大量使用机体的能量，就会像生野(郁乃)那样瞬间白头。

试作型的FRANXX为单人驾驶模式，由于当时大人的驾驶员已失去生殖能力而无法满足启动机体的需求，才需要投入具有黄血球、拥有生殖能力的孩子们驾驶，并改成现在的双人驾驶模式。

正极性脉冲/负极性脉冲(ポジティブパルス/ネガティブパルス，Positive Pulse/Negative Pulse)

搭乘FRANXX时，两名操纵者之间必须同调，为此称之为两人(操纵者)所发出的信号。

米斯特尔汀(ミストルティン，Misteltein)

通称“鸟笼”。种植园(Plantation)内“孩子”们所生活的区域。

魔物与王子殿下(まものと王子様)

02在年幼时所获得的绘本，而她亦在此学懂“Darling”一词。

绘本内容讲述身为魔物的公主希望与人类王子结婚，公主之后找到魔女并求她将自己变为人类，但时限一到公主便会打回原型，必须杀掉王子才能维持人类外表，最终公主不忍而毅然离去。

叫龙人(叫竜人(きょりゅうじん))

于本作故事开始前的6000万年前的太古时代，与来自宇宙的侵略者VIRM交战、和现在的人类有着完全不同的文明的古代种族。

VIRM(VIRM(ビルム))

来自宇宙的侵略者，被叫龙公主称为“真正的敌人”而一直警戒着。

要求宇宙中其他生命体舍弃肉体并与他们加以同化的侵略者，不从者就会对其展开全面战争。对于人类意见保持中立的态度