在21世纪中叶，联合国强制性地减少二氧化碳排放水平，以缓和全球暖化危机。 结果，经济市场转移到碳贸易。后来，一次巨大地震毁坏了日本关东地区，在无法缴付碳税的情况下，只好把东京变成吸收二氧化碳、全世界最大的“密林区”。与此同时，阿特拉斯（アトラス）计划则开始重建东京和监督政府组织，反政府组织METAL AGE（メタル?エイジ）则由于它压迫自然环境而反对。然而，阿特拉斯只能容纳350万人，并且多数人民不允许移居进去，只能在地上以难民的日子苟延残喘。故事则围绕一名18岁的少女北条国子而展开。

用语

阿特拉斯（アトラス，Atlas）

东京都中心耸立的超级空中都市，13层的建筑物，每层面积650万平方米高数百米，只能供3,500,000人居住。平民要移居到里面只有购买“阿特拉斯公债（アトラス国债）”或抽奖两种方法。国民亦分为Ａ至Ｇ阶级，A至D级可以入住阿特拉斯，Ａ阶级者拥有生杀大权，多为阁僚及特权阶级（例：鸣濑凉子）。普通居民顶多成为Ｂ阶级人士。

阿提特斯各层名称：

第三层：新六本木

第四层：新代代木

第五层：新霞关

第六层：新迎宾馆

第八层: 阿特拉斯公社总部和和政治机能的集中地。

第零层：元皇居

第十三层：新皇居

在A阶级上尚有两种更高级的身份，即AAA和AA，其实都是指阿特拉斯下任的领袖的候选人。本来只有AA，但因为武彦为了逼使阿特拉斯最高决策层提早委任新的领袖，而追杀其他的AA成员。阿特拉斯只好在呼声最高的国子和美邦中，故意以人质和武力威逼其破解阿特拉斯的主电脑的宙斯密码，但因为两人都在指定时间内成功解码，而只好暂时把两人称为AAA和作全面保护，以备下次再选举。至于其他AA成员仅有凉子正式登场。而后宙斯突然因为其为旧日本皇室顺序合法继承人授与国仁AAA的称号，香凛以平民身份成功解码又再度增加了AAA的候选人，结果引发了操作者认为其出现故障而把格式化，结果引起自卫队的数据链路失效和金属世纪乘虚而入，展开了故事终局的战斗

阿特拉斯公社（アトラス公社，Atlas Corporation）

推动阿特拉斯计划的公司，拥有和日本政府不相上下的权力。其外观颇像出云大社。第一任总裁为北条凪子。

伊卡洛斯（イカロス，Icarus）

人造卫星，负责监测二氧化碳排放量。

美杜莎（メデューサ，Medusa）

拥有预知碳素税指数的能力、具人工智能的程式，由香凛及张等人研发，比香凛想像中成长得更快。本体位于“避税港”、马绍尔群岛海底。

秋叶原（あきはばら，Akihabara）

治外法权的地区兼非武装地带，全日本最大的黑市。多数非法组织（例：METAL AGE）均在这儿购买枪枝、武器等用品。目前态度为中立。

代达罗斯（ダイダロス，Daedalus）

是一种以遗传因子所制造出来能吸收大量二氧化碳、繁殖力极高的植物，长于“密林区”里。由于会释出有毒的氮氧化物，尽管降低了要缴付的碳税，却导致该区被污染，人类无法居住。

特别设定机械

珀耳修斯以希腊神话人物命名的，原著中全光学隐形的航空母舰，使用最新拟态装甲，甚至可以假装成别鲸鱼和小岛，即使目视也难以识别的，是日本所建造的最新锐武器，国仁亦在舰上服役。

XB-35动画中为了不被发现和骇客入侵，金属世纪特地买下这架古董的B-2的原型改良，有低可侦测性和全手动能完全电波静默，可以轻易接近阿特拉斯的防空区内。

泰坦原著中末段登场的联合国军的空中母舰，是人类历来最大的飞行器，连日本首相都不知道其存在。使用太阳能发电人造卫星供电起飞和发射荷电粒子炮，把被水蛭子附身者实子烧成骨灰。

每集列表

故事设定在24世纪。彼时人类在火星上进行地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被称为“水星”(Aqua)。在此星球上有个以过去被称为“水都”的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia)，因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱;而其中有一种驾驶贡多拉穿梭于运河之间、带领观光客游览整座城市的职业，称为领航员(Undine)。

出身于地球(故事中称为“行星Manhome”)的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，在“亚利亚公司”(Aria Company)见习;身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。

在本作品里出现的Undine(本意为水之精灵温蒂妮)指的是专为观光导览的贡多拉操控者。能从事的只有女性，是Aqua的明星职业。

领航员手上是否有戴手套为能力的指标：见习生的手为双手套(Pair)，半熟手为单手套(Single)，能独当一面的老手则无手套(Prima)。这是因为有本事的领航员不必使用过多的力量即可操控贡多拉、手也不大会起水泡，所以也就没有戴手套保护的必要了。

Pair 升级 Single 的测验是操控贡多拉到达称为“希望之丘”的地点，而此为测验内容、其位置与路程皆禁止泄漏;要升格为Prima，虽须通过贡多拉协会特定的考验，但升级并无明确标准，一般是交由各家公司或负责指导的前辈，关于测验的方法或标准完全由主考官决定。Prima 的平均升格年龄为18～20岁，成为 Prima 后便可允许为自己取个通称。

可以自由营业载客的只有无手套，单手套需有负责指导的无手套陪同。渡船(Traghetto)则允许单手套自行营业的，费用上比起Prima 较为便宜，也是由于 Prima 所操控的贡多拉较为安全之故。灯里经常使出“不收取费用，而以朋友的名义乘船”的钻漏洞招数，因为“规则上所禁止的是单手套以下的领航员所控船之营业行为，并非禁止让人一同乘船”，而周遭的人们也会默许。此招的发明者是以消磨时间为目的而想免费乘船的看火人阿晓;动画里的发明者则是小爱，只是后来阿晓也免费乘船。此外，单手套也能以助手的身份搭乘无手套所操控的贡多拉，动画中却有身为双手套的艾里须搭乘雅典娜或晃所操控之贡多拉的场面，小说里同样也有雅典娜的贡多拉让艾里须搭乘的情况。在月刊Undine第3集(18月号)里，艾里须操纵贡多拉，却在有雅典娜搭乘的情况下接受采访，想来也是用这个招数来随机应变。

领航员的制服为统一，夏天为类似水手服的衬衫(亚利亚公司的设计有很大的不同，衬衫的前襟为西服领，只有后领还保留水手服的形式)、贴身衣则为下䙓带有开口的连衣裙，再加上帽子、鞋子、和半指手套，胸口系上领结;冬季服饰方面，从长袖连衣裙的上面、肩膀的地方披着系有领结的短斗蓬(手套的设计也和夏天不同)。每家公司的服饰花样、帽子、领结、鞋子、手套、及连衣裙下䙓的开口位置不尽相同，成为各家公司的特色。另外在袖子和帽子上则带有各家公司的标识。

讲述冈岛绿郎，本来是一位普通的日本公司职员，在一次运送公司违法资料的途中被绑票，期间向公司求助时被公司抛弃后在一个名为黑礁商会的佣兵船队里做见习水手的故事。故事的地点设在一个虚构的泰国海滨城市——罗阿那普拉（Roanapur）。黑礁商会的雇主多为聚集在罗阿那普拉的各个黑帮势力，任务一般是在海上运送各种各样的“货物”或协助别人逃跑。黑礁商会主要的运输工具是一艘配备鱼雷的海上快艇。

本作包含大量对暴力和犯罪的描述，同时亦加插了些许黑色幽默。从故事的背景设定以至角色和其对白都可以看出作者对科恩兄弟和昆廷·塔伦蒂诺等导演，与及暴力美学的致敬。同时基于作者对枪械的浓厚兴趣，在黑礁里出现的各种武器和运输工具大部分都在现实中存在的。而在动画中对武器的描写也非常细腻，因此黑礁无论是漫画抑或动画均受一部分军事、枪械迷爱戴。

世界观设定

黑礁商会

罗阿那普拉当中小有名气的运输业者，与大部分组织的关系良好，目前成员只有四个人，主要的受雇工作内容大多都是以运输军火和窃取重要文件等非法物品运输业务为主。

莫斯科大饭店

俄罗斯黑手党，为罗阿那普拉众多黑帮中最强的势力之一。，在罗阿那普拉的分枝由巴拉莱卡带领，成员大多为前苏联红军。

三合会（中国香港黑帮三合会罗阿那普拉分部）

在罗阿那普拉担任调停以及联系各帮派的和事佬角色，与莫斯科旅馆和黑礁商会的关系良好。

暴力教会

当地的一家教堂，由神职机构以及慈善事业的掩护下进行军火走私以及毒品贩卖，为故事中当地最大且唯一被其他黑帮所同意下经营的军火供应商，所有神职人员都一律配带武器，此处为中立地带，任何擅自以武力攻击此处者都会遭受毁灭性的反击。

裴洛基欧家族

罗曼阿普拉的意大利黑帮，由于无法在当地占据有利地位而被祖国的总部施压，原本打算以汉赛尔与葛丽特打乱平衡，趁机占有一席之地，但计划失败后打算将双胞胎灭口，却反被汉赛尔与葛丽特全部铲除。

国家社会主义白人团结党

美国的少数派激进政党，信奉纳粹主义，企图建立新纳粹的势力。

鹫峰组

日本东京的黑道组织。

香砂会

和鹫峰组同为加盟和平会的黑帮。

真主党

存在于现实的伊斯兰教恐怖组织，为黎巴嫩的主流党派之一，立场上与以色列敌对，较为同情巴勒斯坦，因此多次与以色列隔空交火，甚至支持对以色列进行恐怖攻击的巴勒斯坦解放组织（PLO），令临近的沙特阿拉伯和约旦敌视。