本来是侦探培训学校BULE寄以厚望的天才、能解开无数谜团的未来名侦探鸭乃桥论，却因为在解开犯罪谜底之际会无自觉且自己也没有相关记忆的将犯人逼到自杀，因此被侦探培训学校BULE禁止从事侦探工作。对侦探工作抱有憧憬与对此的无上才能的论于是一蹶不振，自暴自弃的过着消极的生活，直到某日被刑警一色都都丸找上门来求助，无法压抑内心那想要解开谜团的渴望的论于是和都都丸合作，利用他的刑警身份、自己则扮成都都丸助手的姿态开始介入了一连串的案件之中。

一直以来过着普通日常生活的主人公樱羽一时，

某天因遭到甲贺忍者的袭击，得知了自己身为伊贺忍者第19代正统继承人的真实身份，被卷入伊贺与甲贺长久以来对立的忍者世界中。

为了生存，一时认为自己也必须成为忍者来保护自己，他下定决心进入忍术学园学习，直面残酷的命运。