出云风子8岁时，造成了包括父母在内的270人死亡意外，自此10年闭门不出。拥有“不运”能力的她在一直追看的长篇少女漫画连载完结后，决定自杀。此时她遇见拥有“ 不死”能力的安迪。安迪凭借其强大的再生能力，即使在风子“不运”能力的影响下仍能生还。阻止风子自杀后，两人出发寻找让安迪死去的方法。

随后，风子发现世上还有其他人拥有类似的异能。能够否定某事物的人被称为“否定者”，亦有由否定者组成的组织“UNION”。“UNION”拥有“圆桌”，职责为完成 “默示录”所给予的任务，例如去讨伐UMA（本作的怪物）等，以规避世界再被添加“规则”，“规则”集满100条后将世界灭亡。另一由“否定者”组成的“UNDER”是“ UNION”的对立组织，但两者的目的都是“弑神”。

“UNION”首领朱易丝和安迪的前身维克特借由“圆桌”进行轮回，不断挑战神的试炼。圆桌仅能由一人进行轮回（只有此人会有上一轮记忆），最多进行100次。故事进 行时是第99次，由朱易丝主导轮回，而风子是第一次与“UNION”众人相遇，成为他们弑神的全新希望。然而“UNION”面临的许多任务棘手无比，加上“UNDER”争 夺“圆桌”和干预任务，世界灭亡无可避免地降临。风子被众人推派为第100次轮回的主导者，她决心在该轮回中找回所有同伴，阻止发生在“否定者”身上的悲剧，以及与“UN DER”成员结为同盟。

本作前身为于《周刊少年Jump》2019年第9号连载的47页单篇漫画《不死+不运》（アンデット＋アンラック），为当时“俊英集结！冬之单篇6连弹”特集的第2部 单篇，在网络上获得好评。2019年10月确定发展成连载，户冢在半个月内搬家，11月让助手入驻开始画第1至3话。对于主角风子以枪为武器的设定，户冢自觉是受到《银河 铁道999》主角星野铁郎所影响。

2040年代的虚构日本城市新滨市，经过第三次和第四次世界大战洗礼的近未来科技已可将人类除大脑外的所有身体器官用生化电子的义体代替，并将人类大脑改装成与具有互联网功能的电子脑。上层社会和有经济条件的中产阶级人类纷纷进行义体手术，加装先进的电子脑，并用性能更高的人造义肢替换原有的身体器官——赛博格（生化人）已然渐渐成为社会常态。

人类社会的全面义体化（电子化）虽然带来了巨大的便利，却也不可避免地催生出了一种新的犯罪方式——电子犯罪。电子化并互联网化的人类开始受到黑客攻击，暴露在大脑被入侵、记忆被篡改等危险之中。日本政府因此专门成立了首相直属的特别情报机构“公安九课”（也就是所谓的“攻壳机动队”），来应对这种新兴的犯罪。故事中女主角草薙素子自幼便全身义体化，装备有最先进的军用义体，并在电子设备中如鱼得水，是出色的黑客。2029年正式加入公安九课，并以她卓越的指挥能力获得了队员们的信赖，被亲切地称为“少佐”。

《攻壳机动队》系列因其赛博朋克并带有反乌托邦性质的世界观著名。作品中对于未来科技有着精密的设想、考据和描绘，很多出现在其中的概念如今已然成为了现实，《攻壳机动队》也因此获得了众多硬科幻爱好者们的赞赏，并对后世的许多科幻作品有着显著的影响。（具体细节请参考#总体评价）

就《攻壳机动队》的不同版本比较来说，士郎正宗原著的漫画以短篇单元剧为主，人物通常比较轻松幽默，剧情也并非异常复杂，但往往有探讨研究各种科技或社会问题的大段对白文字，因此在分类时属于青年漫画。押井守导演的著名动画电影则十分严肃，人物角色完全没有漫画中轻松的儿童个性，以探讨深刻的哲学话题为主，电影整体也营造出一种沉闷、昏暗并略悲观的氛围。神山健治导演的电视动画则大概介于两者之间，如要分类的话应该是含有大量政治剧情的科幻警察刑侦电视剧。