“魔剑”是指在一步一杖的距离内，一旦施放就绝对无法闪避和招架的必胜剑技。世界已知有六种魔剑。

金伯利魔法学校是一所名校，每年都吸引了不少新手魔法师入学。这些新生内心怀抱着骄傲与使命，但迎接他们的却是各种威胁，例如是地下迷宫、强悍的高年级生、以及派系斗争等。主角奥利佛努力地与同伴一起在这样的魔境当中求生，并在这段期间遇见了武士少女奈奈绪，与她缔下不解之缘。

春天──名校金伯利魔法学校今年也有新生入学。

他们身穿黑色长袍，将白杖与杖剑扠在腰间，内心怀抱着骄傲与使命。

迎接这些新手魔法师的，是开满樱花的盛开之路与魔法生物的游行。

然而，他们也只有一开始能够满怀期待。

金伯利内暗藏着各种威胁，会随意吞噬学生的地下迷宫，

像怪物一样的高年级学生，以及围绕亚人种的人权议题展开的派系斗争──

奥利佛努力与同伴一起在这样的魔境当中求生，

并在这段期间遇见了于腰间扠著一把日本刀的武士少女──奈奈绪，

与她缔下不解之缘。

以两人的魔剑为中心展开的故事，如今正式开始。

这世上有着52枚「X-Playing Cards」的存在，

只要被选上就可以使用卡牌的特殊能力。

玩家集团「HIGH CARD」收到回收这些任务的指示，

被选定的5名成员将潜入危险之中，展开卡牌争夺战。

故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。

主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。

本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。