14岁的初中生楠本赖子性格阴暗，没什么朋友。有一天，班上才色兼备的美少女的柚木加菜子突然对她说道“我们是对方的转世”。因为加菜子常说些不可思议的事情，并且经常读很难的文学杂志，赖子一时不知如何是好，不过内心孤独的二人逐渐变得亲密起来。二人约定乘坐最后一班列车去看湖，可是加菜子却在中央本线武藏小金井站的站台被人推下，并被列车碾过。

那辆列车正好乘坐着在下班路上的刑警木场修太郎。修太郎将加菜子送到医院，在那里他看到了加菜子的姐姐阳子。阳子和他暗恋的女优美波绢子长得一模一样。

受伤濒死的加菜子被送到谜之研究所，并且受到集中治疗。

这时，多摩地区一带，发现了很多被分解的尸体。为这个事件取材的记者中禅寺敦子和陪同的小说家关口巽、杂志编辑鸟口守彦在森林迷路了，并发现了谜一般的建筑。那是一个正方形的巨大的“匣子”。加菜子正是在其中接受治疗。

此时，在严密的戒备下之中，应该在接受治疗的加菜子忽然失踪了...

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昭和30年（1955年），6名17岁少年因犯罪而进入“湘南特别少教所”的二舍六房。他们对同屋里较年长的樱哥的教导铭记心中，出狱后，面对世间的痛苦、不合理，坚强地开始各自的人生。

上世纪中叶，漆黑阴森的湘南特别少年院二舍六房迎来了新的住客：因伤害罪和杀人未遂被捕的水上真理雄（小栗旬 配音）、强壮孔武的远山忠义（黒田崇矢 配音）、偷窃欺诈成性的前田升（朴璐美 配音）、有着异国英俊面容的横须贺丈（羽染達也 配音）、酗酒暴力的怪力男松浦万作（脇知弘 配音）以及狡诈精明的野本龙次（藤原啓治 配音）。黑暗的过去，悲伤的童年，让这群少年的未来充满绝望。幸运的是，二舍六房的前辈樱木六郎太（小山力也 配音）担当起教育少年们的责任，在芜杂的战后日本社会以及混乱黑暗的少管所内，樱木带着6名少年朝着光辉的梦想矢志不移前进……

本片根据安部让二的同名漫画原著改编（漫画家柿崎正澄但当作画）。

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漫画与动画的差异

阿丈逃狱：漫画一开始是阿丈和水魚。动画只有阿丈逃出。

卷心菜女友：漫画中提及卷心菜女友在湘南特少进行演出慰问事件。动画未提及。

佐佐木参选：漫画中六人报复佐佐木事件中旅馆的床上有个被打伤的男孩。动画改为床上只有被服。

检控官拜访：漫画中检控官取消对真理雄的监控后有去野本家吊唁故友。动画未提及，改为一句带过。

阿丈登台：漫画中乐队Golden Boys的吉他手在阿丈获邀音乐节后求阿丈加入其乐队，被拒绝后到原来阿丈打杂的乐队Five Lemons处寻事，遭到报复。动画没有提及。

兵哥在部队：漫画中提及兵哥在部队已经晋升为一士以及在部队中的一些事。动画未提及。

台风登陆：漫画中提及台风在关东登陆时六人的际遇，重点描写兵哥跟随自卫队为防范河川泛滥而出动的相关故事。动画未提及。