在东京求学的粕壁隼，因为接到奶奶的死讯而回到了阔别三年的老家，却发现奶奶所经营的咖啡厅里竟然住着五个女孩子。他本想拆掉这家店，与过去一刀两段，却在跟这五个女孩子相处过程中想起了奶奶开店的初衷，打消了拆除老店的想法，并决定和这五个女生一起重新开始经营这家店。

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在21世纪中叶，联合国强制性地减少二氧化碳排放水平，以缓和全球暖化危机。 结果，经济市场转移到碳贸易。后来，一次巨大地震毁坏了日本关东地区，在无法缴付碳税的情况下，只好把东京变成吸收二氧化碳、全世界最大的“密林区”。与此同时，阿特拉斯（アトラス）计划则开始重建东京和监督政府组织，反政府组织METAL AGE（メタル?エイジ）则由于它压迫自然环境而反对。然而，阿特拉斯只能容纳350万人，并且多数人民不允许移居进去，只能在地上以难民的日子苟延残喘。故事则围绕一名18岁的少女北条国子而展开。

用语

阿特拉斯（アトラス，Atlas）

东京都中心耸立的超级空中都市，13层的建筑物，每层面积650万平方米高数百米，只能供3,500,000人居住。平民要移居到里面只有购买“阿特拉斯公债（アトラス国债）”或抽奖两种方法。国民亦分为Ａ至Ｇ阶级，A至D级可以入住阿特拉斯，Ａ阶级者拥有生杀大权，多为阁僚及特权阶级（例：鸣濑凉子）。普通居民顶多成为Ｂ阶级人士。

阿提特斯各层名称：

第三层：新六本木

第四层：新代代木

第五层：新霞关

第六层：新迎宾馆

第八层: 阿特拉斯公社总部和和政治机能的集中地。

第零层：元皇居

第十三层：新皇居

在A阶级上尚有两种更高级的身份，即AAA和AA，其实都是指阿特拉斯下任的领袖的候选人。本来只有AA，但因为武彦为了逼使阿特拉斯最高决策层提早委任新的领袖，而追杀其他的AA成员。阿特拉斯只好在呼声最高的国子和美邦中，故意以人质和武力威逼其破解阿特拉斯的主电脑的宙斯密码，但因为两人都在指定时间内成功解码，而只好暂时把两人称为AAA和作全面保护，以备下次再选举。至于其他AA成员仅有凉子正式登场。而后宙斯突然因为其为旧日本皇室顺序合法继承人授与国仁AAA的称号，香凛以平民身份成功解码又再度增加了AAA的候选人，结果引发了操作者认为其出现故障而把格式化，结果引起自卫队的数据链路失效和金属世纪乘虚而入，展开了故事终局的战斗

阿特拉斯公社（アトラス公社，Atlas Corporation）

推动阿特拉斯计划的公司，拥有和日本政府不相上下的权力。其外观颇像出云大社。第一任总裁为北条凪子。

伊卡洛斯（イカロス，Icarus）

人造卫星，负责监测二氧化碳排放量。

美杜莎（メデューサ，Medusa）

拥有预知碳素税指数的能力、具人工智能的程式，由香凛及张等人研发，比香凛想像中成长得更快。本体位于“避税港”、马绍尔群岛海底。

秋叶原（あきはばら，Akihabara）

治外法权的地区兼非武装地带，全日本最大的黑市。多数非法组织（例：METAL AGE）均在这儿购买枪枝、武器等用品。目前态度为中立。

代达罗斯（ダイダロス，Daedalus）

是一种以遗传因子所制造出来能吸收大量二氧化碳、繁殖力极高的植物，长于“密林区”里。由于会释出有毒的氮氧化物，尽管降低了要缴付的碳税，却导致该区被污染，人类无法居住。

特别设定机械

珀耳修斯以希腊神话人物命名的，原著中全光学隐形的航空母舰，使用最新拟态装甲，甚至可以假装成别鲸鱼和小岛，即使目视也难以识别的，是日本所建造的最新锐武器，国仁亦在舰上服役。

XB-35动画中为了不被发现和骇客入侵，金属世纪特地买下这架古董的B-2的原型改良，有低可侦测性和全手动能完全电波静默，可以轻易接近阿特拉斯的防空区内。

泰坦原著中末段登场的联合国军的空中母舰，是人类历来最大的飞行器，连日本首相都不知道其存在。使用太阳能发电人造卫星供电起飞和发射荷电粒子炮，把被水蛭子附身者实子烧成骨灰。

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泡沫经济以来十几年间，世界上贫富差异激化日本也没有例外。 富人们为了寻求自己的欲望和快感，东京已经成为了充满了欲望的快感都市。 因护照问题而逗留在国内，无所事事的战地摄影家杂贺在某一天突然接受委托，要到一个秘密俱乐部进行暗访。 可以进出这个俱乐部的，都是一些从名人中选出来的特别人物，它被称为黑暗中的社交场 --- 六本木俱乐部 据说，只要成为其中的会员，就可以享受到极致的快乐。成功潜入俱乐部的杂贺，遇到了神秘的少女，神乐她被六本木俱乐部的老板水天宫当作俱乐部的台柱来控制。杂贺向带着神乐逃离，却没有想到，他接触神乐之后产生一种超能力。此外，来自六本木的追踪者，也因为本能唤醒自身的超能力。 六本俱乐部还有神乐身上究竟隐藏了什么秘密?杂贺的孤独之战开始了。

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