在史上最大规模的世界大战结束后,各国认知到战争太不符合成本效益,于是在缔结和平协议,摒弃明刀明枪的光明战争后,投入大量资源训练间谍,展开以资讯战为主的影子战争。
女主角之一、代号“花园”的百合是迪恩共和国的间谍学生,因自己冒失的性格而成为学校中的吊车尾。有一天,她被招募到由实力强大的间谍“燎火”克劳斯刚创立的“灯火”小队。“灯火”是专门解决“不可能任务”的间谍组织。虽然怕死但一心想着出人头地的百合到了“灯火”的根据地“阳炎宫”后,在大堂遇见其他六名少女,才发现这支小队除了长官克劳斯之外,其他成员都是跟自己年龄相近,而且在其他间谍学校也是吊车尾的问题学生。再者,克劳斯虽然身怀极为高超的间谍技术,却因自己太过于天才而缺乏教导他人的能力,更令百合对一个月后的任务担心不已。她们在阳炎宫一起生活时有一些规矩,包括第26条“七人合力生活”、第27条“外出时要拿出真本事”等等,也是莫名其妙。就这样子去执行“不可能任务”,恐怕难逃一死。百合面对眼前的必死困局,下定决心展开计划。
原来在迪恩共和国最强的间谍团队“火焰”覆灭后,克劳斯身为仅存的成员,亲自从各大间谍学校中挑选多名少女,创立间谍团队“灯火”。他根据“火焰”最后任务惨败的情形,判定“火焰”中存在叛徒,而且阳炎宫内可能存在窃听器,因此在各大间谍培育学校中,刻意选取尚未毕业的吊车尾学生,以避免人员情报外流。在第一次任务前,“灯火”一直假装成团队内只有七人来混淆视听。在成功完成生化武器夺还任务后,克劳斯原本打算解散“灯火”,并将成员送回培育学校。不过,在成员的坚持下,“灯火”继续运作。
自从个性内向的前辈遇见长瀞早濑后,他的生活被搞得天翻地覆。长瀞注意到前辈被其他女生揶揄嘲弄时,表现出不知所措的反应,她发现这样很有趣,便开始不断戏弄他。她的戏弄实际上是在表达对前辈的好感,不过前辈并没有察觉。
某天放学后偶然去了图书室,却在那里被超级“抖S”学妹给盯上了!欺负、刁难学长,吵吵闹闹的她的名字是——『长瀞同学』!可恨却又可爱。饱受苦难却又想陪在她身边。这是让你的内心有什么东西觉醒的“S娇少女”的故事。