东叶月(能登麻美子 配音)爱上了身为同性的初美(清水爱 配音)，然而，她深爱的人儿却在十六岁生日那天莫名消失了。为了寻找初美，叶月来到了图书馆，在这里，等待着她的是名叫莉莉丝(小林沙苗 配音)的图书管理员。莉莉丝告诉叶月，初美的真身其实正是创世始祖夏娃，此时的她正在无数个平行空间里的某一个中生活。

莉莉丝意外发现叶月的样貌和亚当很像，因此而爱上了她，于是，两人结伴，踏上了寻找初美的旅途。穿越在一个又一个迥异的世界中，遇见各种各样的旅人，叶月和莉莉丝并不知道，这趟旅途的终点在哪里，亦不知初美是否会在那里等待着她们。

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鸣海孝之是一位面临考试的三年级学生，每天平平凡凡地生活。他与死党平慎二及水泳部主将速濑水月一直是好友的关系。后来他认识了一直对他有好感的凉宫遥。在速濑水月穿针引线下向孝之表白成功。

同样喜欢孝之的正是他的好朋友速濑水月，她知道孝之和凉宫遥开始恋爱后变得迷失。在暑假结束的一天，当孝之正赶往与凉宫遥约会途中遇到速濑水月，她以生日的借口希望孝之买一只戒指作为生日礼物，怎知这就是恶梦的开始：当孝之来到与凉宫遥的约会地点时，看到一个已经在处理中的伤害现场以及染血的蝴蝶结，那人就是为了等待迟到的鸣海孝之而遇上车祸的凉宫遥。

三年后，孝之放弃大学深造而成为餐厅侍应，水月放弃游泳而成为OL，两人过着同居生活。一天孝之收到凉宫遥苏醒的消息，但凉宫遥的记忆还停留在三年前，孝之、水月及凉宫遥的家人欺骗凉宫遥，说她在昨天遇到车祸。孝之在这三年里仍然无法忘记凉宫遥，正面临影响三人命运的交叉点。由于电视动画版是依据游戏版水月路线的结局，2007年推出OVA版(游戏中凉宫遥结局)。

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