剧情大纲

第一部 江户篇（1～6）

女主角风在某次偶遇之下遇到了两位正在流浪的武士，无幻与仁。结下梁子的两人打算分出高下，而风斥喝两人停战，并委托两人一起寻找有向日葵气味的武士，三人就此踏上旅程。仁是无住心剑道场的弟子，因为杀死师父而屡遭其他弟子追杀，除此之外，他们的旅途也总是充斥刀光剑影。他们解决了两个帮派之间的斗争，按照荷兰东印度公司使节提供的线索前往长崎。

第二部 长崎篇（7～14）

三人出了箱根关所，沿途打工筹措旅费，经过滨松后，三人在海边遇到无幻的旧识骸，他们同样被流放的罪犯，曾结伙当过海盗。无幻再次接受骸的邀请参与抢劫，不料遭他陷害，死里逃生之后，才知道仁、骸和自己同样遭到骸的妹妹小坐设计，但他饶了小坐一命。

第三部 关西篇（15～26）

抵达大阪之后，三人因为迟迟找不到“有向日葵气味的武士”而争执，一度分道扬镳，在两人问清楚风的理由后，三人重修旧好。风得到了那位武士名为霞清藏的线索，她向两人坦白该人就是抛弃自己的父亲，且要在找到父亲后打他一顿。三人在旅途中结识了瞽女沙罗，她因为孩子被人要胁而奉老中之命无幻和仁拔刀相向，尽管她的武艺远超过两人，但在知道自己只是遭到利用后，沙罗自愿败给了无幻。其后，官府再派出过去被称为剑神的刈屋景时追杀仁，同时杀死参与岛原之乱的霞清藏及其亲族。

风抵达霞清藏所在的生月岛。她被与无幻有仇的三兄弟掳为人质，负伤的无幻为了让风脱困而弃械，之后险胜三兄弟。风终于找到了卧病在榻的霞清藏，他虚弱得令风无法下手，在风简短交待自己和母亲的消息后，霞清藏向女儿道歉，之后他被刈屋杀死。仁在与刈屋对决时，得知他便是使自己和师父反目的原因，运用了师父传授的最终招式将其击败。

旅程告终的无幻与仁终于得以再战，他们的刀在交锋时双双断裂，而两人也放下了决斗的念头，成为了彼此的伙伴，随后，三人分道扬镳。

本作主角直树，由于5年前的某起意外，失去父母及所有记忆。由叔父涩垣家怃养长大，并过着一般日本高中生的生活。在升上高中二年级时，转学生天崎美琴突然从空中掉到自己身上，原本平静的学生生活亦发生改变。在剧中的100年后、由于陨石冲击，全球流行一种名为Marbas的致命性传染病毒，导致全球人口降至数万人的程度。未来人为了避难及研究抗体，以时空转移装置来到现代避难，并寻求治疗之法。该项行动被称为圣地计划（Operation Sanctuary），相关人员全部转至莲美台学园，以教师或学生的身份一边融入日常生活、一边进行计划。此作剧情的前半段是高中学生的日常生活，后半段则以圣地计划的相关内容为主。

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