《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。

非常普通的高中生——多华宫仄，某天在扫除时发现了被扔在垃圾桶里的布偶。布偶身上写了“晴天 有时 校舍会从天而降”的文字。后来校舍钟楼真的如这段文字所言，开始往仄的头上倒下。此时，仄的同班同学火火里绫火出面拯救了仄。两人之间的故事也就此展开。

用语

工房魔女（工房の魔女）

提倡保护世界，在人们聚集形成的城市建立工房，为了让魔法不在城市内被滥用而加以管理的魔女组织。

塔之魔女（塔の魔女）

提倡随意使用魔法，目的虽然不明但是她们总是企图让世界陷入混乱，是一群无论世界变成什么样无论多少人死去都不在乎的魔女组织。

据火火里绫火所说如果世界落入她们手中的话或许“人类会灭亡，地球会爆炸，大魔王会复活，长颈鹿的脖子会更长”。

冬月市（冬月市）

仄与绫火居住的城市，本作故事的舞台。

由风音担任工房长的职务，在12区内有着100名工房魔女。

KMM团（KMM団）

塔之魔女5人组所组成的同好会。

每集列表

没有神社供奉、缺少香火的落魄神明夜斗，因居无定所，无所事事，饱餐不定，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大理想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱(五斗米)折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。

有一日，可爱的女中学生日和在那儿遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的夜斗，并开始一同生活。