在一个海洋占了七成的星球，自从塞壬的出现，失去了九成的海权。为了合力抵抗塞壬，白鹰、皇家、铁血与重樱这四个阵营组成碧蓝航线阵营来阻止海洋威胁。而铁血与重樱受到塞壬的影响之下退出并且背叛碧蓝航线阵营，另组赤色中轴引发战争，人类的命运陷入了泥沼之中…。

除上述四个主要阵营外，游戏中开始实装北方联合、东煌、自由鸢尾、维希教廷、撒丁帝国的少数船只。

曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。

被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业(石川由依 配音)、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲(长绳麻理亚 配音)、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂(山本希望 配音)，个性好强但心地善良的哈曼(伊藤明日香 配音)，面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢?

高中生须藤要某天收到同学邀请，游玩名为“达尔文游戏”的APP游戏，因此被卷入一场涉及生死的超能力战斗。

达尔文游戏（ダーウィンズゲーム）

简称“D?game”，手机上的社群网络游戏，本作的剧情起源，是一款神秘的杀戮游戏，开发者不明。

点击收到参加讯息中的连结后会从萤幕中出现蛇咬中D游戏的参加者，每位玩家的初始点数为30点。

游戏内容是以夺取其他玩家的点数为主，每1点点数可以换取10万日币，而搜集点数的同时自身的位阶也会升阶，升阶时可解锁各种机能，进行进化。

根据玩家所属的位阶，定期要支付一定的点数，且玩家的位阶越高，每月可以获得一定的点数配给。

位阶分类从A到D级，而一个位阶又分为4级，最高位阶为A1，达到最高阶级之需求点数为99999。

点数也可在游戏中的商城进行课金购买事物之外，还能用来呼叫支援玩家前来协助战斗，但一次点数耗量为5点，也就是50万日币。

失去所有点数的情况下会GAME OVER，身体会类似被分解般消灭，而恶意公开此游戏的存在，账号就会被强制删除，玩家也会直接死亡。

一旦参加游戏后就无法退出，除非通关或杀死GM。

目前已知该游戏在智能手机上即使没有网络也能运作，推断为营运商对于该游戏程式进行了伪装，实质上真正运作程式的因素，是GM使用了操纵电波的异能使程式运作。

异能（シギル）

为“达尔文游戏”的另一大特点，进入该游戏的每位玩家都能使用的超能力，于不同的世界有不同的说法，像是日本邑就将预知能力称之为“诗希流”、多目的能力则称作“战壳”，而鬼人族则称之为“荒神力”等别称。

异能的强度会依自身的心理层面与锻练成正比，意念越强则发动的影响力越大；锻练越久则异能的精度与熟练度越高，但要促成异能觉醒，极大因素就是心理上的觉悟。

异能本身有不同的使用限制，有距离、次数、身体情况、外在因素等限制，能力者若要将能力发挥得淋漓尽致，则要完全熟悉自己的异能；反之也能从熟悉对手的异能而找出破解之道，进而不让对手太过了解自身的异能也是致胜重点，因此“达尔文游戏”不完全只有依赖异能的战斗，能力者本身的武术或战略头脑等也是战斗的关键资本。

异能不限于只有人类能使用，动物也能使用异能。

同系列异能也有等级之分，同系列对战时，只有最高阶异能会完全胜出。

异能本身也有分其种类，而种类中又细分各种特性，目前已知种类如下：

基础五大系

念动系：目前已知能力为“具现化”、“空间移动操作”、“运动量控制”、“特定元素操作”类等。

超感觉系：目前已知能力分类暂时不明。

化学炼成系：目前已知能力为“有害物质生成”类。

精神操作系：目前已知能力为“幻影投射”类。

身体变化系：目前已知能力为“武器形成”类。

特殊系

光学操作系：目前已知能力为“幻觉能力”类。

幻影系：目前已知能力分类暂时不明。

未确认系统：属特殊例外，能力者的属性栏都会显示“资料错误”，目前被营运商赋予名字的技能只有“火神槌”，而该技能偏向念动系中的具现化能力。