永远本来与妹妹刹那生活在战国时代的森林中，4岁时森林发生大火，两姊妹失散，永远在寻找刹那的途中遭时代树传送到令和时代，被日暮草太收养。转眼间十年过去，在战国时代担任赏金猎人的诸叶与除妖师刹那，为了拿下妖怪三目上臈互相较劲，却被三目上臈夺去二人分别拥有的珍珠，混战中她们也被时代树传送到现代，永远和刹那重逢，但刹那却因为幻梦蝴蝶的咒术失去对永远的记忆。为了夺回刹那的梦境和记忆，永远跟着诸叶、刹那回到动荡不安的战国时代，展开冒险。

永远、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女们。

幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永远与刹那。永远穿过时代树的穿越时空之隧道，从战国时代来到了现代。她被戈薇的家族日暮家养育长大，成长为精通武道的女中学生。另一方面，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是戈薇与犬夜叉的女儿，作为赏金猎人得到了「妖怪杀手诸叶」这一别名，每天都在进行除妖的工作。

自从永远与刹那分离以来过了10年。时代树的穿越时空之隧道再度开启。永远与出现在现代的刹那重逢，但刹那不知为何忘记了永远的事情。

包括与刹那一同来到现代的诸叶在内，永远她们这些「半妖的夜叉姬」，开始在现代以及战国时代尽情大闹!

圣玛格诺利亚共和国每天都遭受着邻国“帝国”的无人兵器“军团Legion”的侵略。万幸的是，共和国也成功研发出同型兵器以应对其攻势，并勉强在没有人员伤亡的情况下，化解了来自邻国的威胁。

明面上确实没有人员伤亡，可是，实际上伤亡者并非为零。因为在共和国85区之外，还存在着一个不存在的“第86区”，而被烙上“86”印记的少年少女们会驾驶着“有人驾驶的无人机Regios”，并日以继夜地战斗着。

率领着年轻士兵昂首迈向黄泉的少年辛，与从大后方通过某种特殊的通信手段指挥着他们作战、名为蕾娜的少女指挥管制官(Handler)，发生在他们两人之间激烈又悲惨的战斗以及离别的故事，在此拉开帷幕。