学业优秀、正在备考高中入学考试的由崎星空，在一个雪夜中偶遇在街对面小憩的少女月读司，并对她一见钟情。正当星空跨过街道打算向司搭讪时，迎面却驶来了一辆卡车。幸得司舍身相救，星空得以保住性命，但司却没有留下名字便转头离去。害怕司会像辉夜姬一样就此和自己永别的星空，不顾身上的重伤起身奋力追赶司，并对其告白。司告诉星空“如果你愿意和我结婚，那我就跟你交往”，星空当即答应，随后昏倒在地。

之后，在病房里苏醒的星空，每日都在进行复健和念书，在重读一年中三后在高中入学考试中夺得榜首。但对司念念不忘的星空放弃入学，心怀与司重逢的期望搬出父母家开始了独自生活，每天都全身心投入到各类打工中，但工作数年却依然未能找到司。在星空满18岁那年的某天晚上，司突然造访星空的住处，来意正是要兑现在那个雪夜中与星空的承诺。星空虽然对此感到一头雾水，但仍然与司办理了结婚登记，互不了解的两人，在婚后的共同生活中感情日渐加深。

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在东京求学的粕壁隼，因为接到奶奶的死讯而回到了阔别三年的老家，却发现奶奶所经营的咖啡厅里竟然住着五个女孩子。他本想拆掉这家店，与过去一刀两段，却在跟这五个女孩子相处过程中想起了奶奶开店的初衷，打消了拆除老店的想法，并决定和这五个女生一起重新开始经营这家店。

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日本的御宅族文化在神秘组织“SSC”出现后遭到镇压，此时一位热爱御宅族文化的男子“御宅英雄”与仰慕他的三名魔法少女一起率领御宅族们挺身反抗SSC，双方展开一场壮烈的战斗。

2008年——因一股神秘的力量出现，

日本的动画、游戏、漫画、音乐、铁道、cos等御宅文化被消灭。

就这样，在维持秩序的「SSC」维护下，御宅文化几乎消失殆尽。

为了夺回御宅文化，比任何人还深爱秋叶原以及御宅文化的「御宅英雄」，

以及崇拜他的3名魔法少女「安那其」、「Blue」、「Pink」举起反旗。

舞台为2011年的日本，秋叶原革命军与SSC首领「SHOBON」展开激战。